Exercice choix d'amorce

[Arthur.dgr]

Bonjour, je cherche des exercices sur les choix d'amorces en PCR car sur le poly du TAT de cette année je n'en ai pas trouver.

Donc ça serait pour savoir où est-ce que je pourrai en trouver en quantité ?

[Marouabaïne]

Salut , 

Normalement tu en trouve pas mal sur les annales , regarde surtout celles des années 2019-2020 / 2020-2021 /2021-2022 sessions 1 et 2 . 

 

Bon Courage

[Arthur.dgr]

Merci beaucoup je vais allé regarder ça

 

J'ai une question aussi car je ne sais jamais si je doit regarder le brin que j'ai et retrouver la séquence ou chercher la séquence sur le brin complémentaire. Ou je dois faire les 2 ? @Marouabaïne

[Marouabaïne]

Tu dois faire les 2 pour être sûr de ta réponse . 

[Arthur.dgr]

Par exemple ce que je ne comprend pas on à par exemple ça :

 

 

5' AATTCGAGCTCGATCGATGACGTAGCTAGC ---//--- ACGTGAGCAGCTGATGCTAGTCGAGCGATGCAGC 3'

 

En en question on à ça :

 

Peuvent ils utiliser les amorces suivante ?

A -  5' AATTCGAGCTC 3' et 5' GAGCAGCTGA 3' 

 

J'ai dit au pif mais est ce que la première amorce de la question on ne regarde que la partie de gauche ou on peut aussi regarder à droite si elle peut correspondre et pareil pour la deuxième amorce de la question est ce que l'on doit regarder que dans la partie de droite ?

[Jurimi]

Coucou, à l'époque de PACES les prof pouvait faire les 2 (il fallait regarder les amorce dans les partie droite et gauche), normalement maintenant la première amorce doit correspondre à la partie de gauche et la deuxième à la partie droite. 

Après si tu fait des annales qui date un peu fait attention car ils peuvent mettre les 2 (mais pour l'examen de cette année les profs ne doivent plus le faire).

[Arthur.dgr]

Ok d’accord merci beaucoup car ducoup j’ai fait 1 ex de paces c’était des 2 côtés et après pass le cote correspondre a son endroits dans la

question 

[Jurimi]

La si je reprend ton exemple, les amorce donné ne sont pas bonne.

En effet elles ne sont pas complémentaire ni anti-parallèle.

 

5' AATTCGAGCTCGATCGATGACGTAGCTAGC ---//--- ACGTGAGCAGCTGATGCTAGTCGAGCGATGCAGC 3'

 

Peuvent ils utiliser les amorces suivante ? NON

A -  5' AATTCGAGCTC 3' et 5' GAGCAGCTGA 3' 

 

3' TTAAGCTCGAG 5' et 3' CTCGTCGACT 5' (

attention à l'orientation 3'/5' car si ils te mettent ces amorces :

5' GAGCTCGAATT 3' et 5' TCAGCTGCTC 3' => c'est juste)

 

 

[Arthur.dgr]

Mais est ce que sur mon exemple utilisé la première amorce est juste ou non ? (je sais que la deuxième est fausse) @Jurimi

[Jurimi]

La première amorce est fausse aussi :

5' AATTCGAGCTCGATCGATGACGTAGCTAGC ---//--- ACGTGAGCAGCTGATGCTAGTCGAGCGATGCAGC 3'

 

5' AATTCGAGCTC 3' cette amorce est exactement la même que sur le brin de l'énoncé : elle n'est pas complémentaire, ni anti-parallèle (orientation 5' -> 3' comme sur le brin de départ). Pour être juste ça aurait du être : 3' TTAAGCTCGTG 5' (cette amorce aurait été aussi juste : 5' GAGCTCGAATT 3', c'est juste l'orientation qui change donc il faut bien faire attention à ce point)

[Arthur.dgr]

Ha oui d'accord il ne faut pas les 5' du même côté ok j'ai compris merci beaucoup

 

[Jurimi]

SI ! Les profs peuvent représenté les amorces avec les 5' du même côté que le 5' du brin de l'énoncé.

Dans ce cas là, l'amorce sera "à l'envers". C'est ce que j'ai écrit entre parenthèse dans mon précédent message : 5' GAGCTCGAATT 3' = JUSTE (même si 5' du même côté mais c'est comme si tu lisait de la droite vers la gauche le brin de départ)

5' AATTCGAGCTCGATCGATGACGTAGCTAGC 3'

[Arthur.dgr]

Ha oui c'est quelque chose de compliqué à comprendre, il y aura un TD sur ça ?

[Jurimi]

Oui bien sûr, notamment au 3e TD.

[Arthur.dgr]

Haaaa heureusement 

En tout cas merci beaucoup pour ton temps et ton aide qui m'a beaucoup aidé

[Marouabaïne]

Coucou , bon je viens t’expliquer car les réponses qui t’ont été apportés ne sont pas justes ; 

Il y a 3 heures, Arthur.dgr a dit :

AATTCGAGCTCGATCGATGACGTAGCTAGC ---//--- ACGTGAGCAGCTGATGCTAGTCGAGCGATGCAGC 3'

 

En en question on à ça :

 

Peuvent ils utiliser les amorces suivante ?

A -  5' AATTCGAGCTC 3' et 5' GAGCAGCTGA 3' 

 

Je reprend ton exemple , 

 

Pour ta première amorce on a la même séquence donc pour l’instant on est bon. Maintenant ce qui concerne ta deuxième amorce on te la donne dans le sens 5’3’ alors que nous il nous  faut une amorce dans le sens 3’ 5’ ; 

 

Donc on va dans un premier temps procéder a faire le complémentaire de la deuxième partie de notre brin codant ; 

ACGTGAGCAGCTGATGCTAGTCGAGCGATGCAGC

TGCACTCGTCGACTACGATCAGCTCGCTACGTCG

 

Une fois ceci fait ; la super important il faut que tu regardes dans le sens DROITE A GAUCHE , tu remarque que on a pas la sequence de notre amorce B , donc finalement on peut pas utiliser ce couple d’amorce car la deuxième amorce est fausse . 

 

Je fais ici un exemple:

 item B - 5’ AATTCGAGCTC 3’ et 5’ AGCATCAGCTGC 3’

 

Donc la notre première amorce est juste car correspond parfaitement a la première partie de notre brin codant . Concernant notre deuxième amorce (AGCATCAGCTGC) , corresponds aussi au complémentaire de la deuxième partie de notre brin codant  ( je t’ai surligné en bleu en lisant de droite a gauche), 

 

donc item B est juste !  

 

Voilà tout j’espère que j’ai été clair