lecture directe d'une séquence

[titine]

Bonjour !
J'aimerai comprendre pourquoi un item est VRAI. Dans l'annale 2022 session 1, UE11 QCM4 item C on nous dit qu'on utilise une amorce pour un séquençage et qu'on obtient par lecture directe la séquence du brin codant. Or cette amorce se situe sur l'ADNc justement donc selon moi on devrait obtenir la séquence du brin complémentaire lorsqu'on utilise cette amorce, et donc on pourrait revenir à la séquence du brin codant dans un second temps mais pas par "lecture directe". Pouvez-vous m'indiquer pourquoi cet item est vrai svp ?

 

[Cassolnousmanque2]

Coucou @titine, 

Alors ça c’est vraiment une question de génome pur 

 

Prenons l’exemple suivant : 

5’ —— promoteur —————— séquence codante ————Terminateur —————- 3’ 

3’ —————————————————————————————————————————5’

 

5’ —— promoteur —————— séquence codante ————Terminateur —————- 3’ 

 

                                                    ———> amorce 2 

3’ —————————————————————————————————————————5’

 

Donc tu vois bien que la séquence que tu obtiens avec l’amorce 2 correspond à celle de ton ARNm d’où la lecture directe

C’est juste ça la question 

 

C’est plus clair pour toi ? 

[titine]

D'accord merci ! et donc si l'amorce est sur le même brin mais dans l'autre sens comme on synthétise de 5' en 3' on obtiendra la séquence du brin complémentaire ?

[Cassolnousmanque2]

Quand tu dis sur l’autre brin tu veux dire si on était dans cette situation là ?

 

5’ —— promoteur —————— séquence codante ————Terminateur —————- 3’ 

                                                      amorce 2 <———

 

3’ —————————————————————————————————————————5’

 

Si c’est de ça que tu parles, alors tu auras la séquence complémentaire effectivement mais elle sera synthétisée dans le sens inverse donc attention à ne pas confondre le 5’ et le 3’ et donc on aura une lecture indirecte de la séquence de l’ARNm

 

[titine]

Je ne comprends pas 

Avec le schéma du QCM de l'annale je vois ça :

5’ —— promoteur —————— séquence codante ————Terminateur —————- 3’ 

                                                    ———> amorce 2 

l'amorce s'hybride donc avec le brin codant ?

 

Aaaaah mais non, il faut voir les deux brins sous leur schéma de fleche et boite. Donc si l'amorce est en haut c'est hybridé avec l'ADN codant et si elle est en dessous c'est avec le brin complémentaire ici ? (on le voit aussi avec le sens de l'amorce). 
Dis moi si je me trompe haha.
Et donc si on hybride avec le brin complémentaire l'amorce est toujours dans un sens 5' 3' mais tu précises qu'il faut faire attention car le 5' est à droite c'est bien ça ?

[Cassolnousmanque2]

Alors l’amorce comme tu l’as dit va permettre à la polymérase de faire une synthèse de 5’ en 3’

Or comme tout extrémité 5’ doit faire face à une extrémité 3’, alors deux extrémités 5’ ne peuvent pas se faire face 

Donc l’amorce ne peut pas s’hybrider comme tu le dis 

Les deux seuls cas d’hybridation de cette amorce sont ceux que j’ai t’ai mis plus haut 

 

On ne dessine pas les deux brins mais il y en a 2 fais attention !!

il y a 7 minutes, titine a dit :

Et donc si on hybride avec le brin complémentaire l'amorce est toujours dans un sens 5' 3' mais tu précises qu'il faut faire attention car le 5' est à droite c'est bien ça ?

Oui, en gros apprends les deux schémas que je t’ai mis, y a pas d’autre possibilité ;) (pour une fois que c’est « simple », profites-en)

[titine]

D'accord merci !

[evalanine]

coucou @Cassolnousmanque2 désolée de te déranger, j'ai une petite question sur les amorces, par exemple la 2 je pensais qu'elle était placée un peu après le début du gène 1 et que du coup on pourrait pas avoir sa séquence entière, d'après le qcm à priori elle est placée en début de séquence donc c'est bon, ma question du coup c'est est-ce que toutes les amorces quand elles sont placées comme celles dans ce qcm commencent à lire le brin du début, ou dans certains qcm elles sont placées avant pour lire le début ? 

 

c'est absolument pas clair je suis désolée... 

merci d'avance !!

[Cassolnousmanque2]

Coucou @evalanine, 

si l’amorce démarre avant le gène c’est bon aussi 

Tant que la séquence entière du gène est encadrée alors c’est bon 

[evalanine]

ok ça marche mais dans tous les cas quand les amorces sont placées dans ce qcm on considère qu'elles lisent le début du coup c'est ça 

[Cassolnousmanque2]

J’aurais aimé te dire que oui mais il y a deux ans ils avaient considéré que non….