QCM 4 Annales PACES doublants 2020-21

[YannickCouNiTat]

Bonjour bonjour !

Je rencontre quelques problèmes de compréhension sur cette annale :) C'est l'item E qui me semble bizarre... (bon ça fait tout un cheminement à faire pour arriver jusque là mais j'aimerais bien un peu d'aide quand même )

 

 

Voilà l'énoncé et les plasmides sur lesquels on travaille... en gros, ce qu'on a fait jusque là, c'est inséré la séquence [Promoteur eucarote hépatocytes spécifiques - ADNc codant fIX - Terminateur] dans le plasmide pAAV8 avec l'enzyme de restriction BamH1. On cherche ensuite à déterminer quels plasmides on a dans les différents clones bactériens via différentes enzymes de restriction, et en gros ce qu'on trouve c'est que le clone 1 possède le vecteur avec la séquence qui est orienté dans le bon sens, le clone 2 possède le vecteur sans la séquence et le clone 3 possède le vecteur orienté dans le mauvais sens (ce qui est confirmé par la correction ci-dessous).

 

Malgré tout cela, je ne comprends pas comment l'item E est faux... en effet, si on a notre cassette d'expression insérée dans le mauvais sens, la transcription de celle-ci se fera dans le mauvais sens, donc on aura ni une transcription, ni une traduction possible, non ? 

 

Aussi, je me questionnais par rapport à l'item B (que j'avais marqué faux parce que pour moi c'était surtout Nco1 qui nous donnait cette information lol), mais du coup, l'utilisation de n'importe quelle enzyme de restriction possédant au moins un site de restriction sur un plasmide permet d'identifier sa taille, non ? Si on avait la même question avec BamH1 ou Mlu1... ça aurait été vrai aussi ?

 

Je sais que ça fait un peu beaucoup mdrrr, mais si quelqu'un pourrait me donner un coup de main, ça serait franchement super !

 

Je vous remercie d'avance :)

 

 

[Cassolnousmanque2]

Re @YannickQueNiTet, 

Petit qcm de plasmides, ça fait plaisir 

 

E. Alors déjà pour commencer voici les deux plasmides correspondant aux clones 1 et 3

J’ai calculé la nouvelle position des sites de restriction pour les deux clones (si tu as des questions sur ça n’hésite pas) : 

https://zupimages.net/viewer.php?id=23/10/6w7m.jpeg (clone 1)

https://zupimages.net/viewer.php?id=23/10/hw0u.jpeg (clone 3)

 

Tu vois donc bien que ça correspond aux résultats que tu obtiens sur le gel pour les deux clones donc c’est qu’à priori ton modèle est correct (c’est un moyen de vérifier que tu n’as pas fait d’erreur)

 

Ta cassette d’expression est insérée soit dans un sens, soit dans l’autre sauf que comme tu prends dans le même insert le promoteur, la séquence à transcrire et le terminateur, alors peu importe le sens d’insertion ces trois séquences se suivront toujours dans le même sens

C’est pour cela que la transcription et a priori la traduction sont possibles (tu as probablement un cadre de lecture ouvert dans la séquence même si on ne te le dit pas explicitement)

 

B. Tu vois qu’il y a un site de restriction pour Pst1 sur l’insert donc en fonction des résultats que tu obtiens sur le gel après migration tu sauras si tu as eu une insertion (pas d’insertion = 1 bande, 1 insertion = 2 bandes), et dans quel sens elle s’est faite (en fonction de la taille respective des deux fragments qui change puisque la position des sites de restriction pour Pst1 sur l’insert change, regarde les deux schémas que je t’ai mis au début du message)

 

Voilà, j’espère que c’est plus clair pour toi ;)

Dis moi si tu as d’autres questions 

[YannickCouNiTat]

il y a 29 minutes, Cassolnousmanque2 a dit :

Re @YannickQueNiTet, 

Petit qcm de plasmides, ça fait plaisir 

 

E. Alors déjà pour commencer voici les deux plasmides correspondant aux clones 1 et 3

J’ai calculé la nouvelle position des sites de restriction pour les deux clones (si tu as des questions sur ça n’hésite pas) : 

https://zupimages.net/viewer.php?id=23/10/6w7m.jpeg (clone 1)

https://zupimages.net/viewer.php?id=23/10/hw0u.jpeg (clone 3)

 

Tu vois donc bien que ça correspond aux résultats que tu obtiens sur le gel pour les deux clones donc c’est qu’à priori ton modèle est correct (c’est un moyen de vérifier que tu n’as pas fait d’erreur)

 

Ta cassette d’expression est insérée soit dans un sens, soit dans l’autre sauf que comme tu prends dans le même insert le promoteur, la séquence à transcrire et le terminateur, alors peu importe le sens d’insertion ces trois séquences se suivront toujours dans le même sens

C’est pour cela que la transcription et a priori la traduction dont possibles (tu as probablement un cadre de lecture ouvert dans la séquence même si on ne te le dit pas explicitement)

 

B. Tu vois qu’il y a un site de restriction pour Pst1 sur l’insert donc en fonction des résultats que tu obtiens sur le gel après migration tu sauras si tu as eu une insertion (pas d’insertion = 1 bande, 1 insertion = 2 bandes), et dans quel sens elle s’est faite (en fonction de la taille respective des deux fragments qui change puisque la position des sites de restriction pour Pst1 sur l’insert change, regarde les deux schémas que je t’ai mis au début du message)

 

Voilà, j’espère que c’est plus clair pour toi ;)

Dis moi si tu as d’autres questions 

Re ! Alors je comprends bien du coup pourquoi le E est vrai, je te remercie ! J'avais pas instinctivement dissocié l'orientation de l'ADNc par rapport à son promoteur et l'orientation du groupement ADNc+Promoteur, mais du coup je comprends mieux ;)

 

Je suis d'accord avec ce que tu dis pour l'item B, mais je suis pas sûr que ça réponde à la question étant donné que là on demande si Pst1 permet de déterminer la taille des plasmides, pas s'il permet de distinguer les plasmides possédant l'insert ou non et s'il est bien orienté ou non, tu vois ? Et du coup, si à cette question on nous avait demandé à la place pour BamH1, Nco1 ou n'importe quel enzyme de restriction du plasmide, ça aurait été vrai ?

[Cassolnousmanque2]

il y a 7 minutes, YannickQueNiTet a dit :

Je suis d'accord avec ce que tu dis pour l'item B, mais je suis pas sûr que ça réponde à la question étant donné que là on demande si Pst1 permet de déterminer la taille des plasmides, pas s'il permet de distinguer les plasmides possédant l'insert ou non et s'il est bien orienté ou non, tu vois ? Et du coup, si à cette question on nous avait demandé à la place pour BamH1, Nco1 ou n'importe quel enzyme de restriction du plasmide, ça aurait été vrai ?

Alors en soit pour le coup comme on ajoute une séquence dans le plasmide et qu’on n’enlève rien, peu importe l’EdR que tu utilises effectivement ça fonctionnera 

Après méfie toi des cas où tu dois soustraire un morceau du plasmide que tu enlèves quand tu ajoutes l’insert parce que quelques fois tu peux te faire piéger par le fait que l’insert aie la même taille que le fragment que tu as enlevé ou qu’en coupant par une certaine EdR tu obtiennes des fragments de même taille avec l’insert et dans le plasmide d’origine 

[YannickCouNiTat]

il y a 16 minutes, Cassolnousmanque2 a dit :

Alors en soit pour le coup comme on ajoute une séquence dans le plasmide et qu’on n’enlève rien, peu importe l’EdR que tu utilises effectivement ça fonctionnera 

Après méfie toi des cas où tu dois soustraire un morceau du plasmide que tu enlèves quand tu ajoutes l’insert parce que quelques fois tu peux te faire piéger par le fait que l’insert aie la même taille que le fragment que tu as enlevé ou qu’en coupant par une certaine EdR tu obtiennes des fragments de même taille avec l’insert et dans le plasmide d’origine 

Génial, merci pour toutes ces clarifications, j'ai tout bien compris, tu gères ! :D