question qcm techniques

[agent_P]

hello j'aurais besoin d'aide par rapport a l'item D de ce qcm : 

https://zupimages.net/viewer.php?id=23/08/3fdg.jpg

https://zupimages.net/viewer.php?id=23/08/b0a8.jpg

elle est comptée vrai et dans la correction il est écrit "La séquence IRES commence à partir de l’amorce 3", mais je comprends pas, parce que en soit pour moi on peut utiliser l'amorce 3 pour savoir si la séquence IRES est présente, mais on peut pas séquencer la séquence IRES avec l'amorce alors qu'on connait pas sa séquence puisqu'on la cherche .... pas très clair ma phrase 

qqn peut m'éclairer svp ? 

merci :))

[Cassolnousmanque2]

Coucou @agent_P, 

Si l’amorce est complémentaire de la séquence que tu veux reconnaître, alors elle se fixera et le séquençage sera possible 

On utilisera le système de ddNTP, ce qui nous permettra de faire le séquençage selon Sanger 

Donc finalement on pourra connaître l’enchaînement nucléotidique précis du gène IRES

 

Le piège éventuel de ce type de qcm serait de faire commencer l’amorce 3 un peu après le début du gène, ce qui ne te permettrait pas d’avoir le séquençage du gène en entier mais seulement une partie de ce dernier, auquel cas l’item aurait été faux 

 

Est-ce que ça t’aide un peu plus ?

[agent_P]

coucou @Cassolnousmanque2, j'avoue avoir un peu de mal a comprendre, autant le fait que la ce soit compté juste parce que l'amorce commence pile poil au début du gène mais que par contre si ca avait commencé a peine plus loin ça aurait pas marché je comprends, mais j'ai du mal à saisir l'idée qu'on puisse trouver la séquence d'un gène en positionnant l'amorce sur le gène, pourquoi on positionne pas plutot l'amorce avec le début du gène ? 

[Cassolnousmanque2]

@agent_P, en gros l’extrémité 5’ de ton amorce correspond exactement au complémentaire du brin que tu vas séquencer (en l’occurrence ici le brin du bas)

 

Je reprends le schéma de génome du S1 : 

5’ ————————————- 3’ 

                                       <-   5’ 

 

3’ ————————————- 5’

 

Ici ton amorce va faire exactement la même chose que sur ce schéma 

Elle va donc commencer au premier nucléotide de ton gène d’intérêt et on aura séquencé l’équivalent de la séquence du brin du bas, donc on en déduira la séquence du haut 

 

Mais ton amorce aurait pu être en amont de ton gène d’intérêt, ça n’aurait pas posé problème pour le séquençage dans le sens où on aurait obtenu une séquence comprenant le gène d’intérêt + la partie en amont