Questions annales Recherche

[Anaëlle2022]

Bonsoiiiir

 

Une soirée idéale pour bosser la recherche n'est-ce pas ?

Donc évidemment questions bonsoir parce que je suis trop nuuulle (et encore je comptais faire beaucoup plus d'annales mais étant pas ouf je galère, mais vous en faites pas chers tuteurs, je vais toutes les faire et vous envoyer des maaagnifiques posts pour chacune d'entre elles ha ha)

Bonne chance à celui qui voudra me répondre

On y va let's goo

Déjà c'était pour avoir une confirmation parce que j'hésite... Mais quand on fait un clonage orienté on aura 2 sites de restriction différents sur 2 endroits différents, du coup on fait la petite soustraction et l'addition. Mais pour un non-orienté on fait pareil on est d'accord ? On peut pas avoir un bout qui s'insère uniquement à partir d'une enzyme au même endroit, on est obligés d'en avoir 2 et de faire quand même notre petite soustraction ?

 

Ensuite les fameuses annales

Maraîchers 2020

Qcm1A (oui 1A on se moque pas svp, d'ailleurs désolée mais j'arrive pas à mettre le fichier c'est trop lourd )

Mais je comprends pas pourquoi on les sélectionne grâce à l’ampicilline parce que pour moi, comme il est à part + promoteur procaryote toutes les bactéries pourront avoir cette résistance, qu'elles soient transformées ou non ...

 

Maraichers 2019

Pour le qcm 2B on nous dit que la molécule a une étiquette histidine et on a cet item "la protéine B peut être purifiée en utilisant des anticorps dirigés contre l'étiquette Histidine" compté vrai. Dans le fond je suis archi d'accord bien sur, mais pour moi on avait dit en cours que pour les étiquettes histidines il fallait prendre des ions métalliques et que les anticorps c'étaient pour des antigènes spécifiques.. Du coup juste j'oublie cette partie et je considère que dès qu'on a des Ac du truc ça marche ?

 

Pour le qcm 3B (désolé là il faut aller voir l'annale pour comprendre ha ha), mais il est compté juste qu'on peut utiliser uniquement l'enzyme BamH1, or y'en a que un dans le plasmide pour le coup ha ha. Du coup ça renvoie à la question du haut, mais j'en déduis que c'est possible d'en avoir qu'un et qu'il s'insère, mais à ce moment là quand est ce qu'on peut savoir si il s'insère sur une seule à un endroit ou la même enzymes à plusieurs endroits différents ? Je sais pas si je suis très claire, dîtes moi si ça l'est pas du tout ça m'étonnerait pas mdr

 

J'ai aussi ce qcm sur les fiches du TAT mais y'a un truc que je comprends pas même avec la correction

 

Dans cet item quand j'essaye de faire les calculs, je trouve bien 110 et 310 mais pour les deux derniers je comprends pas, parce qu'en faisant la logique inverse je me rend compte qu'ils ont gardé la place de HindIII à 2600, mais pour moi il faut le décaler de 800Pb vu qu'on ajoute 800pb pour mettre le promoteur et obtenir 6000pb à la fin ??

 

Révélation

@Cassolnousmanque2 comme prévu le fameux post ha ha, d'ailleurs ça y est je connais TOUTES mes réactions de chimie orgaaa, j'ai bien ragé sur certaines mais ça va, maintenant go annales, je sais pas comment t'as fais pour faire toutes les réactions + toutes les annales en 1 jour, là j'avoue t'as tout mon respect

 

Voilaaaa merci d'avance !

 

 

Edited February 5, 2023 by Anaëlle2022

[Cassolnousmanque2]

Coucou @Anaëlle2022 !

Ravie de voir ce long et super intéressant message que voilà

il y a une heure, Anaëlle2022 a dit :

Bonne chance à celui qui voudra me répondre

Je te souhaiterai en retour bonne chance à toi qui lira ce message qui risque d'être fort utile mais long 

Comme dit Xavier Lacassagné "Opiniâtre et constante, la persévérance est une mère-courage et patiente de la réussite" 

Après ce petit instant philosophie, on repart sur les réponses à tes questions : 

 

il y a une heure, Anaëlle2022 a dit :

Déjà c'était pour avoir une confirmation parce que j'hésite... Mais quand on fait un clonage orienté on aura 2 sites de restriction différents sur 2 endroits différents, du coup on fait la petite soustraction et l'addition. Mais pour un non-orienté on fait pareil on est d'accord ? On peut pas avoir un bout qui s'insère uniquement à partir d'une enzyme au même endroit, on est obligés d'en avoir 2 et de faire quand même notre petite soustraction ?

Effectivement, quand on fait un clonage orienté on aura forcément deux sites de restriction puisque les enzymes de restriction coupent sur des enchainements de nucléotides différents. On devra donc soustraire la taille du morceau entre les deux sites de restriction et rajouter celle de l'insert pour calculer la taille du plasmide recombinant. Ce plasmide recombinant ne sera pas forcément plus grand que le plasmide initial. 

 

Par contre, dans le cas d'un clonage non orienté, on peut avoir deux cas de figure : 

- soit on coupe au niveau de deux sites qui auront exactement la même séquence nucléotidique auquel cas il faudra soustraire la taille du morceau entre les deux sites et rajouter celle de l'insert lors du calcul de la taille totale du plasmide recombinant. Le plasmide recombinant ne sera pas forcément plus grand que le plasmide initial.

 

- soit on coupe au niveau de un seul site, on ouvrira donc le plasmide et on insèrera la séquence d'intérêt. Dans ce deuxième cas, il n'y aura rien à soustraire dans le calcul de la taille totale du plasmide recombinant. Le plasmide recombinant sera donc forcément plus grand que le plasmide initial.

 

il y a une heure, Anaëlle2022 a dit :

Ensuite les fameuses annales

Maraîchers 2020

Qcm1A (oui 1A on se moque pas svp, d'ailleurs désolée mais j'arrive pas à mettre le fichier c'est trop lourd )

Mais je comprends pas pourquoi on les sélectionne grâce à l’ampicilline parce que pour moi, comme il est à part + promoteur procaryote toutes les bactéries pourront avoir cette résistance, qu'elles soient transformées ou non ...

Les bactéries initiales ne possèdent pas de plasmide. Au premier semestre, en UE1, on vous a dit que les bactéries pouvaient contenir des plasmides mais pas nécessairement. 

Donc les bactéries que tu as au départ n'ont pas le plasmide pCOV ni pCOVpro dans leur cytoplasme. L'expérience consiste à intégrer le plasmide dans ces bactéries et à voir l'expression de différents gènes (ici COV2). 

Par défaut, les bactéries sont donc sensibles à l'ampicilline. Si on les cultive sur un milieu contenant de l'ampicilline, elles ne vont pas pousser et elles vont toutes mourir. 

Si les bactéries intègrent le plasmide recombinant (pCOVpro), alors elles auront effectivement le gène de résistance à l'ampicilline puisqu'il est sous le contrôle d'un promoteur procaryote comme tu l'as dit. 

Enfin, si les bactéries intègrent le plasmide non recombinant (pCOV), alors elles auront également le gène de résistance à l'ampicilline pour les mêmes raisons. 

 

Une bactérie transformée c'est une bactérie qui a intégré le plasmide. Elle est "transformée par rapport à ce qu'elle était auparavant". Retiens le comme ça si ça t'aide

C'est pourquoi l'item A est vrai 

 

 

[Cassolnousmanque2]

il y a une heure, Anaëlle2022 a dit :

Maraichers 2019

Pour le qcm 2B on nous dit que la molécule a une étiquette histidine et on a cet item "la protéine B peut être purifiée en utilisant des anticorps dirigés contre l'étiquette Histidine" compté vrai. Dans le fond je suis archi d'accord bien sur, mais pour moi on avait dit en cours que pour les étiquettes histidines il fallait prendre des ions métalliques et que les anticorps c'étaient pour des antigènes spécifiques.. Du coup juste j'oublie cette partie et je considère que dès qu'on a des Ac du truc ça marche ?

Alors effectivement dans le cours on vous dit qu'il faut du cobalt ou du nickel mais comme tu l'as dit, si tu disposes d'un anticorps dirigé spécifiquement contre ta protéine d'intérêt alors ça va fonctionner

Donc pas d'inquiétude sur ce qcm, tu as bien compris !! 

[Cassolnousmanque2]

il y a une heure, Anaëlle2022 a dit :

Pour le qcm 3B (désolé là il faut aller voir l'annale pour comprendre ha ha), mais il est compté juste qu'on peut utiliser uniquement l'enzyme BamH1, or y'en a que un dans le plasmide pour le coup ha ha. Du coup ça renvoie à la question du haut, mais j'en déduis que c'est possible d'en avoir qu'un et qu'il s'insère, mais à ce moment là quand est ce qu'on peut savoir si il s'insère sur une seule à un endroit ou la même enzymes à plusieurs endroits différents ? Je sais pas si je suis très claire, dîtes moi si ça l'est pas du tout ça m'étonnerait pas mdr

Dans ce qcm tu veux cloner le promoteur eucaryote tissu spécifique du plasmide pPROM dans le plasmide pLaminine

Pour savoir si tu peux utiliser uniquement BamH1, il faut que tu vérifies qu'il y a bien deux sites BamH1 de part et d'autre de ta séquence d'intérêt (ici le promoteur eucaryote tissu spécifique). Ici c'est bien le cas, tu as un premier site à 800 pb et un deuxième site à 1600 pb. Ensuite tu vérifies la présence d'un site BamH1 dans le plasmide pLaminine et tu vois effectivement qu'il y en a un seul à 1300 pb. Par conséquent, je te renvoie à la réponse à ta première question, on va simplement ouvrir le plasmide pour insérer la séquence du promoteur eucaryote tissu spécifique.

 

Attention, explications un peu plus difficiles à partir de là mais je suis sûre que tu vas très vite comprendre !!  

 

Sur le plasmide pPROM : 

Si tu veux tu as 2 sites BamH1. Au niveau de chaque site il va se passer la même chose. L'enzyme de restriction BamH1 va couper entre deux nucléotides particuliers au niveau de ce site de restriction, ce qui donnera pour chaque site, deux demi sites de restriction BamH1. Donc au total, sur le plasmide pPROM on aura deux demi sites de restriction BamH1, ce qui permettra au plasmide de se recirculariser. Sur l'insert on aura également de part et d'autre au niveau des extrémités 1 demi site de restriction BamH1 à chaque extrémité (donc 2 au total). 

 

Sur le plasmide pLaminine :

Si tu veux, au départ tu as 1 site BamH1. On coupe ce site BamH1 donc on obtient 2 demi sites BamH1. Chaque demi site BamH1 de pLaminine va accueillir par complémentarité de séquence un demi site BamH1 de l'insert issu de pPROM ce qui permettra de former le vecteur pLaminine recombinant. 1/2 site BamH1 + 1/2 site BamH1 = 1 site BamH1

Donc sur le plasmide pLaminine recombinant on aura au final 2 sites de restriction BamH1 (chaque site ayant été formé par 1/2 site BamH1 de l'insert et 1/2 BamH1 de pLaminine)

 

Est-ce que tu y vois plus clair ? 

[Cassolnousmanque2]

il y a une heure, Anaëlle2022 a dit :

J'ai aussi ce qcm sur les fiches du TAT mais y'a un truc que je comprends pas même avec la correction

 

Dans cet item quand j'essaye de faire les calculs, je trouve bien 110 et 310 mais pour les deux derniers je comprends pas, parce qu'en faisant la logique inverse je me rend compte qu'ils ont gardé la place de HindIII à 2600, mais pour moi il faut le décaler de 800Pb vu qu'on ajoute 800pb pour mettre le promoteur et obtenir 6000pb à la fin ??

Alors pour ça tu as entièrement raison. On est actuellement en train de refaire cette fiche puisqu'il y a notamment cette erreur qu'on a repérée. 

Dès qu'on aura fini de tout corriger on remettra la nouvelle fiche sur la librairie.

Donc encore une fois, pas de panique tu as très bien compris !!!

 

Déjà félicitations d'être arrivée jusque là, j'espère que ces mécanismes là sont plus clairs dans ton esprit. Il y a plein de choses que tu as comprises ne t'en fais pas donc tu es dans la bonne voie ! Continue comme ça !! 

[Cassolnousmanque2]

Il y a 1 heure, Anaëlle2022 a dit :

@Cassolnousmanque2 comme prévu le fameux post ha ha, d'ailleurs ça y est je connais TOUTES mes réactions de chimie orgaaa, j'ai bien ragé sur certaines mais ça va, maintenant go annales, je sais pas comment t'as fais pour faire toutes les réactions + toutes les annales en 1 jour, là j'avoue t'as tout mon respect

Révélation

Wouah ! bravo déjà, tu as beaucoup progressé donc ça c'est super !! Je t'avais dit que c'était un peu une technique barbare et qu'il valait mieux la fractionner sur plusieurs jours ;) 

Au moins, tu as déjà fait une grosse partie du travail ! Avec l'entraînement j'espère que ça ira !

 

[Anaëlle2022]

Je peux pas tout mettre en solution mais si je pouvais je le ferais vraiment

C'est PARFAIT t'es géniale

 

Révélation

En plus je sais pas si t'as vu mais 1 j'ai capté comment on faisait pour mettre du contenu caché et 2 j'ai mis un émoji différent pour chaque message parce que tu mérites d'avoir de la diversité parce que vraiment tes réponses là elles sont insanes.

Question recherche ? --> @Cassolnousmanque2

 

[Cassolnousmanque2]

il y a 6 minutes, Anaëlle2022 a dit :

Je peux pas tout mettre en solution mais si je pouvais je le ferais vraiment

C'est PARFAIT t'es géniale

 

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En plus je sais pas si t'as vu mais 1 j'ai capté comment on faisait pour mettre du contenu caché et 2 j'ai mis un émoji différent pour chaque message parce que tu mérites d'avoir de la diversité parce que vraiment tes réponses là elles sont insanes.

Question recherche ? --> @Cassolnousmanque2

 

avec plaisir ! si t'as d'autres questions qui te viennent tu me diras ! 

Révélation

et oui pour les émoji j'ai remarqué !! 

Bon courage pour la suite ;)