Études d'ADN

[Raiponceatout]

Salut, je ne suis pas sur de moi sur cette diapositive https://zupimages.net/viewer.php?id=23/01/5i7r.png de la prof. Ma question est : est ce que le ddXTP s'arrête à chaque nouveau A (dans le cas d'un ddATP) ou alors il s'arrête à n'importe quel A? 

 

Merci bonne soirée :)

[AAAAH]

Coucou !

 

 

Voilà comment j'aurais représenté ce qu'il se déroule lors d'un séquençage. En gros tu pars de ton amorce, sur laquelle va se continuer la synthèse d'un brin d'ADN complémentaire à la matrice. Dans le mélange, on te dit qu'il y a non seulement les désoxyribonucléotides qui permettent la réplication, mais également des didésoxyribonucléotides, qui vont venir la bloquer. 

 

Le brin d'ADN commence donc à se créer, ce qui donne ATCGTC que l'on voit plus haut. Ici, deux choses peuvent se passer, soit l'ADN polymérase va prendre un dATP, soit elle va prendre un ddATP. Dans le premier cas, la réplication continue, et dans le second, on se retrouve avec un brin bloqué par le ddATP, et qui restera donc ATCGTCA. Ces deux évènements se produisent de manière aléatoire, donc il peut y avoir 1000 brins bloqués par le ddATP et 0 qui continuent avec le dATP, ou au contraire uniquement des brins qui continuent et aucun qui ne se bloque. En pratique, on effectue assez de réplication pour que la probabilité que cela arrive soit négligeable. 

 

Le brin qui continuera, c'est-à-dire ATCGTCA, va donc être répliqué complémentairement à la matrice jusqu'à ce qu'il rencontre la nécessité de produire à nouveau un A. Encore une fois, deux possibilités peuvent arriver. Cela se déroule à l'identique jusqu'à ce que l'on arrête l'expérience. On se retrouve alors avec plein de brins que l'on va analyser par électrophorèse pour déterminer leur taille. A partir de cela, on en déduit la position de chaque A dans le code génétique que l'on étudie (si un brin fait 12 bases, cela veut dire qu'il a été bloqué par un A à la position 12). 

 

J'ai du mal à comprendre ta question, mais le ddATP ne choisit donc pas où il arrive, tout se déroule selon un modèle aléatoire. 

 

Je précise que la réplication est loin d'être la partie de l'UE Recherche que je maitrise le mieux, donc si un tuteur ou ma co-RM passe par là et peut venir confirmer ou invalider ma réponse, ce serait super !

[Raiponceatout]

merci @AAAAH, j'ai mal posé ma question mais c'est la réponse que j'attendais ;)

[AAAAH]

Avec plaisir ! J'espère juste ne pas t'avoir raconté de bêtises 

[barbiedocteur]

2 hours ago, AAAAH said:

Je précise que la réplication est loin d'être la partie de l'UE Recherche que je maitrise le mieux, donc si un tuteur ou ma co-RM passe par là et peut venir confirmer ou invalider ma réponse, ce serait super !

Yess je suis d'accord avec ce que t'as dit

Je rajouterai juste pour que ce soit parfaitement clair que on est sur un modèle probabiliste : De façon aléatoire la polymérase va ajouter un ddATP au lieu d'un dATP, et avant l'expérience on fait des petits calculs pour être sûr que statistiquement, on va avoir assez de ddATP pour qu'à la fin du séquençage on ait des fragments de toutes les tailles possibles (soit que au moins un ddATP a été ajouté à la place de tout dATP). 

Hésite pas si c'est pas clair, mais sinon pas besoin de trop te torturer avec cette notion, le maître mot ça reste que c'est aléatoire :D

[AAAAH]

Révélation

il y a 7 minutes, barbiedocteur a dit :

modèle probabiliste

aaaaah c'était ça le bon mot  les cours de maths sont distants 

 

[AAAAH]

Coucou @Raiponceatout !

 

Je reviens sur le sujet pour corriger une erreur dans ma réponse qu'on m'a remonté (mercu @sucrecannelle !!!).

 

Le brin d'ADN est synthétisé complémentairement à la MATRICE et non à l'amorce, qui permet, elle, de commencer la réplication.

 

Désolé pour l'erreur !

 

Révélation

Je corrige aussi ma réponse initiale pour ne pas induire en erreur ceux qui tomberaient dessus

 

[Raiponceatout]

c'est tout ce qu'il me fallait merci à vous deux @barbiedocteur @AAAAH