question annale

[agent_P]

saluut, (@Vaiana il me semble que c'est toi qui a fait les compils d'annales en bioch donc peut être pourras tu m'aider ? )

évidemment jpp mettre de capture donc je ferai sans, mais j'aurai besoin d'aide pour la résolution de qcm : 

 

annale purpan 2016, QCM 10 item B, je comprends pas comment trouver le bon pHi : ATRNDW : le premier AA c'est l'Asn et le dernier c'est le tryptophane, donc pour calculer le pHi j'avais fait : a-aminé (de l'asn) + a-carbox (du trypto) / 2 

mais dans la correction c'est le groupement b-carbox qui est pris en compte je comprends pas pourquoi 

 

pareil pour purpan 2017 QCM 1, pour le calcul du pHi sur la séquence MEHQK je comprends pas pourquoi on prend le noyau imidazole ? 

 

merci :))

Edited December 11, 2022 by eosiph

[Insolence]

Coucou @eosiph!

 

Je vais refaire le calcul détaillé pour que tu comprennes bien.

 

Pour le QCM 10 :

Le peptide c'est : ATRNDW soit Ala-Thr- Arg - Asn -Asp-Trp

 

Les AA qui nous intéressent et leur pK :

- Ala puisqu'il porte le N terminal donc on utilisera pKb = 9.5

- Arg puisqu'il porte un radical chargé (noyau guanidium) donc on utilisera pKr = 12.5

- Asp puisqu'il porte un radical chargé (groupement β-carboxylique) donc on utilisera pKr = 3.9

- Trp puisqu'il porte le C terminal donc on utilisera pKa = 2.1

 

La charge du peptide selon le pH :

On a deux chaines acides (le Cter et le radical de l'Aspartate) donc 2 charges moins et deux chaines basiques (le Nter et le radical de l'Arginine) donc 2 charges positives.

 

On range toutes ces infos dans un joli tableau :

On remarque qu'entre pH = 3.9 et pH = 9.5 , le peptide est neutre. Son pHi est donc la moyenne de ces 2 pH soit : (3.9 + 9.5)/2 = 6.7

 

Pour le QCM 1 je te renvoie à ce post où le calcul avait été fait :

 

C'est plus clair :) ?

Edited December 11, 2022 by Insonoëlence

[Vaiana]

Il y a 5 heures, eosiph a dit :

saluut, (@Vaiana il me semble que c'est toi qui a fait les compils d'annales en bioch donc peut être pourras tu m'aider ? )

 

Heureuse que tu utilises ma compilation hihi !

La tutrice a été plus rapide 

[agent_P]

@Insonoëlence merci c'est super détaillée et super précis donc j'ai compris pourquoi on prenait en compte tous les pk, mais j'ai un problème : je ne sais pas du touuut lire le tableau ? j'avais pas du tout l'habitude de faire comme ça et je comprends pas du tout l'histoire des charges +, - et 0 rangés comme ça :

par exemple pour calculer le pHi du Trp j'avais pour habitude de faire la formule de base pka + pkb / 2 pour avoir la forme zwitterion mais ça coïncide pas avec ce qu'il y a dans le tableau (quand y avait un radical ionisable je me faisais une frise)

est ce que tu pourrais essayer de m'expliquer comment c'est rangé ? parce que la c'est la panique 

merci :)

[Insolence]

On va reprendre tout ça @eosiph, pas de panique :) !

En fait pour calculer le pHi d'un peptide ça te sert pas à grand chose de calculer celui de tous les AA qui le compose. Il faut voir le peptide comme un ensemble. 

Pour le tableau, je vais t'expliquer la première ligne avec le Trp et tu me diras si t'as besoin de plus d'explications.

Le Trp est situé en fin de peptide : il porte l'extrémité C terminale. Son pK est donc de 2.1. Si pH< pKa alors son groupement carboxylique sera sous forme COOH, sinon il sera sous forme COO-. C'est pourquoi, dès qu'on dépasse pH = 2.1 (pH = pKa quoi) le Trp est chargé négativement tandis que lorsque pH<2.1 alors le Trp est neutre.

 

[agent_P]

@Insonoëlence MERCIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII c'est super clair