Question biochimie

[Evanninho]

Bonjour j’ai qq question en biochimie ou j’aurais besoin d’aide :

 

1) quand on nous dmd de calculer cb d’ATP pour savoir si il est déjà activé ou non il suffit de regarder si c’est une oxydation complète (actif)/ dégradation complète(inactif) ou c’est au nom de l’AG qu’on le devine ?

 

2) pk dans la b-oxydation on utilise 2ATP pour activer un AG ? 
 

3) quand on dmd ce que produit le cycle de krebs c’est un GTP ou un ATP car dans les exos sa varie et j’aurais bien aimé être fixé

 

4) glycolyse pas besoin d’02 pour se faire et b-oxydation elle en a besoin c’est ça ? 
 

5) noyau stéroïde c’est C19 et stérane/sterol C17 ? 
 

6)dans les AA : liaisons hydrophobe = covalente ? Pour la structure quaternaire 

 

Voilà c’est tout en espérant que vous avez de super réponses merci d’avance ! 

[lu0303]

Hello @Evanninho,

je vais essayer de répondre à toutes tes questions ! 

 

  On 12/8/2022 at 12:32 PM, Evanninho said:

1) quand on nous dmd de calculer cb d’ATP pour savoir si il est déjà activé ou non il suffit de regarder si c’est une oxydation complète (actif)/ dégradation complète(inactif) ou c’est au nom de l’AG qu’on le devine ?

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alors je t’avoue que je n’avais jamais fais gaffe à ces info sur oxydation et dégradation mais je pense que ça peut fonctionner. Mais en effet, un moyen detre sur et de ne pas se tromper c’est de regarder le nom et voir s’il y a marqué CoA-SH et pareil si tu as la structure de l’AG, tu peux regarder s’il est déjà activé ou pas 

 

  On 12/8/2022 at 12:32 PM, Evanninho said:

2) pk dans la b-oxydation on utilise 2ATP pour activer un AG ? 

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enfait cette étape necessite l’utilisation d’ATP et libère 1 AMP + 2 Pi sauf que ca necessite tellement d’énergie qu’il faut utiliser l’énergie de 2 chaînons phosphates ce qui est l’équivalent à la consommation de 2 molécules d’ATP 

 

  On 12/8/2022 at 12:32 PM, Evanninho said:

3) quand on dmd ce que produit le cycle de krebs c’est un GTP ou un ATP car dans les exos sa varie et j’aurais bien aimé être fixé

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le cycle de krebs va former du GTP puis ce GTP sera retransformé en ATP par la chaine respiratoire. Mais bon, tout ca porte un peu à confusion parce que des fois ils parlent de GTP seulement, puis d’ATP donc, je te conseille de demander à la prof sur moodle pour savoir si elle accorde une importance entre les deux, ou si les deux peuvent être compté juste 

 

  On 12/8/2022 at 12:32 PM, Evanninho said:

4) glycolyse pas besoin d’02 pour se faire et b-oxydation elle en a besoin c’est ça ? 

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Alors la glycolyse dans le cytosol est anaérobie donc elle n’a pas besoin d’O2 en effet pour se faire, et vu que la ß-oxydation se fait dans la mitochondrie, tu es dans un endroit aérobie. 

 

  On 12/8/2022 at 12:32 PM, Evanninho said:

5) noyau stéroïde c’est C19 et stérane/sterol C17 ? 

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alors stérane c’est C17 et stéroïde et stérol c’est C19 

 

  On 12/8/2022 at 12:32 PM, Evanninho said:

6)dans les AA : liaisons hydrophobe = covalente ? Pour la structure quaternaire 

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je ne serai pas trop répondre à cette question, qu’est ce qui te fait faire un lien entre hydrophobe et covalent ? 

J’espère avoir répondu au max à tes questions, n’hésites pas si tu as besoin :)

[Evanninho]

@lu0303 merci pour ta réponse ! 
 

  On 12/8/2022 at 12:54 PM, lu0303 said:

, qu’est ce qui te fait faire un lien entre hydrophobe et covalent ? 

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Bah on sait que les liaison H et VDW sont non covalente et elles sont utilisés dans la structure 2  et pour la structure 4 on utilise des liaisons hydrophobes et  SDS page ne coupe que des liaisons hydrophobe donc si elle coupe que des hydrophobe c’est qu’elles sont diff des liaisons H et VDW mais ducoup je sais pas si c’est vrmnt valable donc tu peux m’expliquer ce qu’est une liaison hydrophobe stp ? 

  On 12/8/2022 at 12:54 PM, lu0303 said:

Mais en effet, un moyen detre sur et de ne pas se tromper c’est de regarder le nom et voir s’il y a marqué CoA-SH et pareil si tu as la structure de l’AG, tu peux regarder s’il est déjà activé ou pas

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@lu0303Tu aurais un exemple du nom  de AG activé et inactivé fin comment les différencie réellement avec le palmitique par exemple car j’ai un peu de mal en vrai 

 

[lu0303]

  On 12/8/2022 at 1:18 PM, Evanninho said:

@lu0303 merci pour ta réponse ! 
 

Bah on sait que les liaison H et VDW sont non covalente et elles sont utilisés dans la structure 2  et pour la structure 4 on utilise des liaisons hydrophobes et  SDS page ne coupe que des liaisons hydrophobe donc si elle coupe que des hydrophobe c’est qu’elles sont diff des liaisons H et VDW mais ducoup je sais pas si c’est vrmnt valable donc tu peux m’expliquer ce qu’est une liaison hydrophobe stp ? 

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okok je vois mieux ton raisonnement maintenant. Enfait dans mon cours, j’ai noté que les proteines peuvent soit avoir une abondance de liaisons covalente (fibreuses) soit des liaison faibles (globulaires) je ne vois pas où il y a de liaisons hydrophobes. 

parce que tu as aussi les détergents normaux qui coupe les interactions hydrophobes.

Est ce que tu peux me donner la partie de cours ou tu vois noté liaison hydrophobe ? 

[Evanninho]

  On 12/8/2022 at 12:54 PM, lu0303 said:

Mais en effet, un moyen detre sur et de ne pas se tromper c’est de regarder le nom et voir s’il y a marqué CoA-SH et pareil si tu as la structure de l’AG, tu peux regarder s’il est déjà activé ou pas

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@lu0303Tu aurais un exemple du nom  de AG activé et inactivé fin comment les différencie réellement avec le palmitique par exemple car j’ai un peu de mal en vrai 

 
et justement dans les protéines fibreuses on nous dit que protéines hydrophobes peuvent être cassé par des détergent 

[lu0303]

  On 12/8/2022 at 2:02 PM, Evanninho said:

Tu aurais un exemple du nom  de AG activé et inactivé fin comment les différencie réellement avec le palmitique par exemple car j’ai un peu de mal en vrai 

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Alors regarde : 

ici, il n’est pas activé 

 

alors que dans cet item la, il y a le CoA, ce qui veut dire qu’il est déjà activé

 

C’est plus clair ? :) 

 

  On 12/8/2022 at 2:02 PM, Evanninho said:

et justement dans les protéines fibreuses on nous dit que protéines hydrophobes peuvent être cassé par des détergent 

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enfait, ce que coupe le détergent cest l’effet hydrophobe de l’agencement de tes sous unités dans ta structure quaternaire, mais cet effet hydrophobe ce n’est ni une liaison covalente, ni une liaison faible. On va quand même attendre l’avis de @Fabuloël et @Kapybara parce que je n’ai pas envie de te dire de bêtises ! 

[Evanninho]

@lu0303 Ahh d’accord oui ça partait bcp plus claire pour l’activation et d’accord attendons leur avis ducoup 

[Fabulo]

Ohlala j’ai pas eu la notif, désolé @Evanninho..

Le SDS utilisé électrophorèse est un détergent puissant qui rompt les liaisons hydrophobes que forment les aa hydrophobes entre eux. Les liaisons hydrophobes dont des liaisons de faible énergie, c’est un cas particulier de liaisons de VdW.

Si dans le cours le prof dit que le SDS casse que les liaisons hydrophobes alors tu retiens ça !! Mais d’après mes recherches, le SDS donne des anions qui vont se fixer sur la protéine lui donnant cette structure allongée (plus de conformation 3D car dénaturée) par répulsion, donc toutes les liaisons de faible énergie semblent impossibles.