Questions génome 2

[Evanninho]

Bonjour j’ai encore qq questions car il y a des exos dans les annales ou j’ai bloqué notamment sur l’exo avec Luciferase qq peut m’expliquer la démarche à suivre car c’est toujours la même chose mais j’arrive pas à capter lequel est exprimé ou : 

 

Ensuite j’ai 2,3 questions de cours ou je suis pas sure donc j’prefere que ce soit validé (par des gens qui maitrise plus que moi )  

1) le 1er nucléotide d’une série c’est le seul à être triphosphate ? 
 

2) ADN polymerase = ARN depedante = dXTP  

, ARN polymerase = ADN depedante = XTP car dans les exos il dmd souvent le ..TP donc je préfère être sure de l’infos la une bonne fois pour toute 

 

3) ARNsn c’est synthétiser par ARN pol 2 ou 3 ? 
 

4) ADN polymerase alpha (réplication) vu que c’est la même étape de l’ARN polymerase (primase) c’est une ADN pol ou ARN pol ? 
 

voilà en espérant que la super ekp de génome me débloque !! 

[Cassolnousmanque2]

Coucou @Evanninho

Alors en fait la notion de gène rapporteur tu la comprendras vraiment au S2 dans l'UE recherche mais pour résoudre ce qcm tu as juste besoin de comprendre que si tu as de l'activité luciférase, alors ça veut dire que ton gène d'intérêt est exprimé (en gros c'est ce que dit la phrase "Sous contrôle du promoteur à étudier, la mesure de l'activité luciférase est un reflet de l'activité du promoteur du gène d'intérêt")

 

Je reprends pas à pas la résolution des qcm : 

 

Qcm 19 Rangueil 2020 : 

 

Etape 1 : Infos importantes à repérer dans l'énoncé : 

- protéine spécifiquement exprimée dans les muscles squelettiques -> si je regarde dans d'autres tissus je ne dois pas la retrouver 

- si j'ai l'activité de la luciférase, alors j'ai eu l'expression (transcription + traduction) de ma protéine

- 4 plasmides -> lesquels ? pour l'instant on n'a pas plus d'infos 

- transfert dans des muscles -> devrait fonctionner 

- transfert dans des cellules intestinales -> ne devrait pas fonctionner 

- carré blanc -> site de liaison du facteur de transcription intact 

- carré noir -> site de liaison du facteur de transcription muté -> à ce stade quelle peut être la conséquence d'une mutation ? ne change rien ou inhibe/diminue la transcription ou augmente/ induit la transcription 

- 48 heures de culture -> on laisse le temps aux cellules d'exprimer ou non le gène d'intérêt (parce que l'expression n'est pas immédiate)

- je regarde le schéma et j'essaye de voir à quoi correspond chaque plasmide : plasmide du haut = contrôle car il n'y a pas de promoteur , 2e et 3e plasmides = promoteur normal , 4e plasmide = promoteur muté 

Et tu réfléchis à ce qui pourrait arriver pour chaque plasmide : plasmide 1 -> rien n'est transcrit , plasmide 2 et 3 -> ça devrait fonctionner, plasmide 4 -> on ne sait pas, ça dépend de ce que fait la mutation (rien/inhibe/active)

 

Une fois ce travail fait (vraiment il est super important !) tu peux passer à l'étape 2 de résolution 

 

Etape 2 : Réponse aux questions 

A.  C'est une question de cours -> item vrai 

B. Pour les cellules musculaires, on a dit précédemment que c'était censé fonctionner : or les bandes blanches montrent une absence de la luciférase -> c'est donc les cellules intestinales -> item faux 

C. Pour les cellules intestinales, on a dit précédemment que ça ne pouvait pas fonctionner : or les bandes hachurées montrent une activité de la luciférase -> c'est donc les cellules musculaires squelettiques -> item faux 

D. La mutation correspond au carré noir. Sur le plasmide du bas (avec le site de fixation du facteur de transcription muté) on voit qu'il n'y a pas d'activité luciférase ni dans les cellules intestinales ni dans les cellules musculaires, donc la mutation empêche probablement la fixation du facteur de transcription -> item vrai 

E. On a dit que l'expression du gène d'intérêt ne se faisait que dans les cellules musculaires. Pourtant, si la nucléotide muté pouvait lier le facteur de transcription alors on aurait une activité luciférase ce qui n'est pas le cas ici -> item faux

 

Est-ce que c'est plus clair pour ce premier qcm déjà ? 

 

 

[Cassolnousmanque2]

Passons maintenant au deuxième qcm 

 

Question 6 Purpan 2020 : 

 

Alors déjà pour résoudre le qcm il manquait une info qui aurait du être rajoutée (elle était indiquée dans les qcm précédents lors de l'épreuve) : Le gène d'intérêt est exprimé spécifiquement dans les cellules du foie. 

 

Maintenant qu'on a ces infos on repasse par la même méthode de résolution que précédemment : 

 

Etape 1 : Infos importantes à repérer dans l'énoncé :

- 3 plasmides :

             plasmide 1 : sans promoteur -> il ne devrait pas y avoir d'expression

             plasmide 2 : promoteur normal -> l'expression devrait fonctionner 

             plasmide 3 : promoteur muté -> plusieurs possibilités = rien ne se passe ou expression diminuée/inhibée ou expression augmentée/induite -> à ce stade tu ne peux pas savoir laquelle c'est 

- Si on a de la luciférase alors on aura l'expression du gène d'intérêt (même phrase que dans l'autre qcm)

- cellules neuronales -> il ne devrait rien se passer

- cellules hépatiques -> on devrait avoir une expression du gène d'intérêt 

- 48 heures de culture -> on a laissé le temps aux cellules d'exprimer le gène d'intérêt 

 

Etape 2 : Réponse aux questions : 

A. C'est du cours, pour que la luciférase soit exprimée, il faut nécessairement qu'elle soit mise en présence de son substrat qui est la luciférine -> item vrai

B. On voit que les barres blanches montrent une absence d'activité de la luciférase donc ça correspond bien aux cellules neuronales -> item vrai

C. On voit que les barres hachurées montrent une activité luciférase donc ça correspond bien aux cellules hépatiques -> item vrai

D. Avec un gène muté, tu vois sur la figure de droite que le gène d'intérêt (ainsi que la luciférase) ne sont pas exprimés (la petite bande noire supérieure à la blanche c'est de l'artéfact = du bruit) donc effectivement si le gène est muté, le facteur de transcription ne peut pas se lier -> item vrai 

E. Puisque l'expression du gène d'intérêt ne se fait que dans les cellules hépatiques, peut-être effectivement que c'est parce que la protéine est présente uniquement dans les cellules hépatiques. La région -150 pb correspond à l'endroit où les facteurs de transcription peuvent se lier -> item vrai

 

Voilà voilà ! Finalement je le répète encore une fois mais l'étape 1 vous avez tendance à la sauter mais c'est vraiment la plus importante, parce qu'après le qcm devient beaucoup plus facile à résoudre 

 

Il y a 13 heures, Evanninho a dit :

Ensuite j’ai 2,3 questions de cours ou je suis pas sure donc j’prefere que ce soit validé (par des gens qui maitrise plus que moi )  

1) le 1er nucléotide d’une série c’est le seul à être triphosphate ? 
 

2) ADN polymerase = ARN depedante = dXTP  

, ARN polymerase = ADN depedante = XTP car dans les exos il dmd souvent le ..TP donc je préfère être sure de l’infos la une bonne fois pour toute 

 

3) ARNsn c’est synthétiser par ARN pol 2 ou 3 ? 
 

4) ADN polymerase alpha (réplication) vu que c’est la même étape de l’ARN polymerase (primase) c’est une ADN pol ou ARN pol ? 
 

voilà en espérant que la super ekp de génome me débloque !! 

Alors maintenant concernant les questions de cours : 

 

1. Effectivement car il ne subira pas la libération d'un pyrophosphate puisqu'il ne forme pas de liaison phosphodiester avec son phosphate en 5' 

Par contre tous les autres nucléotides arriveront sous la forme NTP (ou dNTP) et seront intégrés sous la forme NMP (ou dNMP) après la libération du pyrophosphate lors de la formation de la liaison phosphodiester entre le 3'OH du nucléotide déjà intégré dans l'ARN (ou l'ADN) et le 5'Phosphate du nucléotide à intégrer 

 

2. Alors ça n'a aucun rapport 

ADN polymérase = je fabrique de l'ADN 

ADN dépendante = ma MATRICE (et pas amorce par pitié) est de l'ADN 

ARN polymérase = je fabrique de l'ARN 

ARN dépendante = ma MATRICE (j'insiste à nouveau, pas l'amorce) est de l'ARN 

 

dXTP = désoxyribonucléotide triphosphate -> intégré dans l'ADN 

XTP = ribonucléotide triphosphate -> intégré dans l'ARN 

 

3. J'aurais dit l'ARN Pol III  @yeisir tu dirais quoi ? 

 

4. Alors c'est la subtilité, l'ADN polymérase alpha synthétise les amorces d'ARN dans la réplication eucaryote (mais elle a d'autres spécificités qui ne sont pas à connaître pour vous, d'où son nom) 

 

Voilà j'espère avoir pu t'aider ;) 

 

Bon courage !!

[Evanninho]

Wooh incroyable nan c’est trop t’es trop forte merci x100 @Cassolnousmanque2 pour la luciferase j’ai cerné l’élément qui me manquait pour comprendre ce type d’exo c’est juste la phrase

Il y a 2 heures, Cassolnousmanque2 a dit :

"Sous contrôle du promoteur à étudier, la mesure de l'activité luciférase est un reflet de l'activité du promoteur du gène d'intérêt")

Qui effectivement est essentiel pour l’exo  donc vrmnt tu gère à mort et ensuite pour les questions de cours tout est nickel comme pour  le reste de explication juste j’ai vrmnt du mal avec ces AD/RN polymerase j’ai bien compris que ça voulait juste designer ce que ça synthétiser à la fin mais déjà 

 

Il y a 2 heures, Cassolnousmanque2 a dit :

ADN dépendante = ma MATRICE (et pas amorce par pitié

Je croyais qu’elle avait besoin d’amorces comparé à ARN pol mais ducoup non ? 
Et ensuite ARN pol = je fait de l’ARN à partir de ARN ( ex:primase)  

ADN pol = je fait de l’ADN à partir de l’ADN (ex : ADN pol de la réplication ou PCR )

reverse transcriptase différent de ARN et ADN polymerase = je fait de l’ADN à partir d’ARN ( ex : telomerase) 

 

mais ce que je ne comprend pas c’est dans la transcription on a bien des ARN pol qui a partir ADN crée ARNm 

 

j’avoue que cette notion est peu claire pour moi dsl si ducoup je suis pas trop claire dans les explications mais je sais pas comment faire pour expliquer mieux 

En tous cas un grand grand merci à toi pour le temps que t’a pris pour rédiger le msg t’es au top !!! 

[Cassolnousmanque2]

@EvanninhoAlors non en fait la notion de polymérase et de dépendance sont indépendantes : 

A chaque fois il faut que tu te demandes : quelle est ma matrice ? et qu'est ce que je veux synthétiser ?

 

Dans le cas de la réplication : 

- les amorces d'ARN sont synthétisées à partir d'ADN comme matrice -> on a une ARN polymérase ADN dépendante qui correspond à la primase

-  les brins d'ADN sont synthétisés à partir d'ADN comme matrice -> on a une ADN polymérase ADN dépendante qui correspond à l'ADN pol III, pol I, pol delta, pol epsilon 

- les télomères d'ADN sont synthétisés à partir d'ARN comme matrice -> on a une ADN polymérase ARN dépendante qui correspond à la télomérase 

 

Dans le cas de la transcription : 

- on fabrique l'ARNm à partir d'ADN comme matrice -> on a une ARN polymérase ADN dépendante qui correspond aux ARN polymérases II

 

Dans le cas de la reverse transcription :

- on fabrique de l'ADNc à partir d'ARNm comme matrice -> on a une ADN polymérase ARN dépendante qui correspond à la reverse transcriptase 

 

Si tu as bien suivi, tu te rends compte que amorce n'est pas la même chose que matrice (la matrice c'est le brin d'en face sur lequel tu te bases pour faire le complémentaire)

et que les notions de polymérase et de dépendance sont pour le coup indépendantes ;) 

 

Voilà j'espère que c'est un peu plus clair ! 

 

Il y a 2 heures, Evanninho a dit :

Wooh incroyable nan c’est trop t’es trop forte merci x100 @Cassolnousmanque2

Toujours là pour vous répondre

 

Bon courage

[Evanninho]

@Cassolnousmanque2 Oue oue bah c’est super clair merci bcp juste parce que le avec le XTP ou dXTP je préfère être sur : ex avec ARN pol ARN depedante elle aura besoin de XTP et une ADN pol ARN depedante pareil XTP mais une ADN pol ADN depedante du dXTP c’est ça ? On a donc ce dont elle dépend = au type d’énergie qui lui est associé ?
Et aussi lesquels ont besoins d’une amorces (et pas matrice ) ? 

Edited December 7, 2022 by Evanninho

[Cassolnousmanque2]

Le 07/12/2022 à 12:43, Evanninho a dit :

@Cassolnousmanque2 Oue oue bah c’est super clair merci bcp juste parce que le avec le XTP ou dXTP je préfère être sur : ex avec ARN pol ARN depedante elle aura besoin de XTP et une ADN pol ARN depedante pareil XTP mais une ADN pol ADN depedante du dXTP c’est ça ? On a donc ce dont elle dépend = au type d’énergie qui lui est associé ?
Et aussi lesquels ont besoins d’une amorces (et pas matrice ) ? 

@Evanninhoalors non pas complètement 

ARN pol -> fait de l'ARN donc a besoin de XTP (peu importe si elle est ARN ou ADN dépendante) 

ADN pol -> fait de l'ADN donc a besoin de dXTP (peu importe si elle est ARN ou ADN dépendante) 

 

les ADN Pol ont besoin d'une matrice, pas les ARN pol 

 

J'espère avoir pu t'aider ! Bon courage !! 

[Evanninho]

@Cassolnousmanque2 super bah nickel pour le XTP juste pour les amorces t’a pas trop rep mdr mais dans mon cours il y a marqué primase donc ARN polymerase a besoin d’amorce et telomerase ADN polymerase pas besoin d’amorce 

donc ADN pol = pas amorce et ARN pol = amorce ? 

[yeisir]

il y a 57 minutes, Evanninho a dit :

@Cassolnousmanque2 super bah nickel pour le XTP juste pour les amorces t’a pas trop rep mdr mais dans mon cours il y a marqué primase donc ARN polymerase a besoin d’amorce et telomerase ADN polymerase pas besoin d’amorce 

donc ADN pol = pas amorce et ARN pol = amorce ? 

Coucou,

En faisant des recherches j'ai trouvé que les ADN polymérase ont besoin d'amorce alors que l'ARN polymérase non. Après je ne peux pas te le confirmer à 100%