Génome

[PEPETTE]

Salut les tuteurs 

J'ai besoin de vous pour le génome je dois avouer que pour les exercices types j'ai beaucoup de mal et je voulais savoir si vous pouviez me les expliquer 

J'ai aussi quelques questions cours: 

-Je ne comprends pas bien qu'elles sont les différences entre RT-PCR et PCR?

-A quoi correspond reverse transcription (3'->5'?)

- Dans une de vos corrections vous avez mis que l'ARN est plus instable que l'ADN car son sucre contient une fonction hydroxyde en plus (je suis d'accord) mais est ce la seule raison ? 

- Aussi, dans un autre QCM vous avez mis :la somme des A+T est toujours égale à G+C et vous avez compté l'item faux, je voulais savoir pourquoi et si c'était en général ou seulement dans le cas de pathologies? 

 

Concernant les exercices, est ce que vous pourriez me donner dans les "grandes lignes" les étapes à suivre et ce que je dois cibler dans mon analyse

J'essaie de vous envoyer en capture d'écran dans les prochains posts mais ça n'a pas l'air de vouloir s'y mettre

Sinon il s'agit des sujets que vous avez remis à jour des années précédentes sur le génome: 7ème et 10 ème QCM de PURPAN 

 

 

 

 

 

 

 

Edited November 12, 2022 by PEPETTE

[PEPETTE]

10ème question : La structure protéique simplifiée du facteur de transcription YY1 est la suivante,
ZnF indiquant des structures en doigts de zinc :

A. Le domaine de liaison à l'ADN de YY1 est vraisemblablement localisé dans la région C.
terminale de la protéine.
B. L'organisation des domaines de Y Y1 est identique à celle des récepteurs nucléaires.
C. Les ions Zn2+ interagissent avec les bases de l'ADN.
D. Les charges positives des structures en doigt de zinc permettent l'interaction avec l'ADN.
E. Pour activer la transcription, il est envisageable que YY1 une fois fixé sur son site de
reconnaissance recrute un coactivateur de transcription.

7ème question : Pour déterminer si le site de reconnaissance du facteur de transcription Y Y1 joue un rôle dans la transcription du gène Peg3, ce site est muté de façon à ne plus lier le facteur de
transcription. Les amorces utilisées sont représentées ci-dessous. Les oligodésoxynucléotides a et b présentent à leur extrémité une courte séquence qui ne s'hybride pas avec l'ADNc et qui renferme des sites de restriction. Les oligodésoxynucléotides c et d contiennent en leur milieu la mutation représentée par une croix. Cette mutation ponctuelle n'empêche pas une bonne hybridation avec l'ADN à amplifier.

 

Je ne parviens pas à vous envoyer la suite j'espère que vous trouverez...

Mercii

 

[Flèche]

Coucou @PEPETTE !

 

A mon avis tu auras plus de visibilité si tu poses ta question directement dans la section "cours PASS" puis dans "UE1 - Génome", car je ne suis pas sûre que bcp de gens regardent encore les archives...

 

Révélation

Si jamais vous passez par là @Cassolnousmanque2 et @yeisir vous saurez probablement mieux que moi

 

[Cassolnousmanque2]

Coucou @PEPETTE, 

je vais à la bu, je te fais une réponse détaillée à toutes tes questions dès que j'arrive 

 

 

[PEPETTE]

Merci beaucoup !!

 

[Cassolnousmanque2]

@PEPETTE

1) Concernant la PCR et la RT-PCR 

Alors la RT-PCR c'est une technique qui permet de passer de l'ARNm mature à l'ADNc 

Dans cet ADNc tu auras donc que les exons et pas les introns puisque comme la maturation de l'ARNm aura été faite, les introns auront déjà été éliminés 

La RT-PCR se fait par reverse transcription par la reverse transcriptase qui va utiliser l'ARNm comme matrice pour synthétiser de l'ADN : c'est donc une ADN polymérase ARN dépendante 

Ensuite tu auras un gel d'électrophorèse pour voir si tu détectes ton ADNc ou pas, ce qui veut dire que tu avais bien l'ARNm au départ 

 

La PCR c'est une technique d'amplification de l'ADN (en gros c'est un peu la même chose que la réplication), tu vas obtenir des milliers de copies après 30-40 cycles et tu détecteras la présence de ces ADN sur un gel d'électrophorèse 

 

Grâce à la PCR et à la RT-PCR tu vas pouvoir savoir si tu as des anomalies dans ton ADN/ARN, des mutations, des délétions, des insertions etc en fonction de l'hybridation ou non des amorces que tu vas utiliser

 

est-ce que sur cette partie ça va ou pas ? sinon je te réexplique y a pas de soucis 

 

2) Concernant la reverse transcription 

Du coup j'ai un peu répondu à ta deuxième question en même temps, la reverse transcription c'est le fait de passer de l'ARNm à l'ADNc 

La reverse transcriptase va synthétiser l'ADNc de 5'->3' en se fixant en 3' de l'ARNm par complémentarité 

Sens de synthèse 5'->3' et sens de lecture du brin matrice 3'->5' 

 

3) Concernant l'instabilité des ARNm 

Je ne sais pas si le fait qu'il y ait un hydroxyle en 2' soit la seule raison qui puisse expliquer l'instabilité de l'ARNm mais dans tous les cas il faut que tu retiennes celle là

 

4) Concernant la construction de l'ADN

La somme de A+T n'est jamais égale à la somme de C+G en principe sauf cas particulier (si tu as 5 A et 5 G dans ton ADN, alors tu auras 5 T et 5 C) puisque A et T s'apparient ensemble et que C et G s'apparient ensemble 

 

Si je fais un exemple pour que ce soit plus compréhensible : 

Soit la séquence d'ADN suivante :

5' AGGCTGATCCTAGTTCAGCCCT 3'

3' TCCGACTAGGATCAAGTCGGGA 5' 

 

Si on calcule le nombre de chaque nucléotide sur les deux brins : 

nombre de A : 10

nombre de T : 10 

-> donc nombre de A = nombre de T, ce qui est normal car A et T s'apparient

-> donc A+T = 10+10 = 20 

 

De même : 

nombre de C :12 

nombre de G : 12 

-> donc nombre de C = nombre de G, ce qui est normal car C et G s'apparient

-> donc C+G = 12+12 = 24 

 

Est-ce que tu as compris ? 

 

Il y a 9 heures, PEPETTE a dit :

Concernant les exercices, est ce que vous pourriez me donner dans les "grandes lignes" les étapes à suivre et ce que je dois cibler dans mon analyse

5) Concernant la méthode pour les exercices de recherche 

Pour les exercices, concernant la méthode que je te propose de suivre : 

1) tu lis l'énoncé (et les schémas s'il y en a) et tu surlignes ce qui te parait important (si tu préfères faire un schéma pour synthétiser les infos c'est possible aussi)

2) tu identifies à quoi sert chaque chose que tu as surlignée à l'étape précédente (donc te te réfères à tes connaissances de cours)

3) tu lis les questions qui te sont posées et tu essayes de faire le lien entre l'utilité de chaque chose surlignée et la question posée 

4) tu essayes de d'analyser les figures et tu réponds aux questions posées 

 

6) Concernant la 10e question de Purpan 2013

A. Tu vois qu'en Cter tu as des séquences ZnF. Or ce sont des séquences en doigt de zinc (cf énoncé) et tu sais que le Zn2+ est chargé positivement 

Comme l'ADN est chargé négativement, et que les charges opposées s'attirent (- attire + et inversement), alors l'ADN va se lier à ce niveau là 

B. Les récepteurs nucléaires ont une organisation C2C2 ou C2H2, ce n'est pas le cas ici 

C. cf (A), si l'ADN est chargé négativement c'est parce qu'il possède des phosphates qui sont chargés - 

D. cf (A) et (B) 

E. Un coactivateur de transcription permet de recruter l'ARN polymérase sur son site d'initiation et permet l'induction de la transcription 

Donc les réponses vraies sont ADE

 

7) Concernant la 7e question de Purpan 2013 

J'ai rédigé la réponse sur papier : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/45/s17k.png

(je viens de me rendre compte que la qualité de la photo est pas top, je ne sais pas pourquoi ça fait ça parce que sur la photo d'origine on voit bien, j'espère que ça reste quand même lisible sinon j'essaierai de faire autrement... et aussi les deux questions hors programme c'est la D et la E) 

 

J'espère avoir pu t'aider et répondre à toutes tes questions, si jamais ce n'est pas le cas ou que tu as d'autres questions, n'hésite pas 

 

Bon courage tu vas y arriver

[PEPETTE]

Wahou, vraiment merci beaucoup @Cassolnousmanque2,  tout est très bien détaillé!! 

Je comprends beaucoup mieux grâce à tes explications

 

[PEPETTE]

@Cassolnousmanque2 J'ai encore une question concernant la 10B de purpan, comment sais tu que c'est C2C2 et C2H2 et vois tu que ce n'est pas possible ? 

Merci à toi

[Cassolnousmanque2]

Coucou @PEPETTE, 

Pour C2C2 et C2H2 c'est sur la diapo 28 du cours du Pr Langin 

On ne t'en parle pas dans l'énoncé donc j'ai supposé que c'était pas sous cette conformation là sinon ils l'auraient explicitement dit 

Pareil la structure ne ressemble pas à celle des glucocorticoides (diapo 27 du même cours du Pr Langin) car il n'y a pas de séquence GRE 

 

En vrai ne cherche pas trop loin pour cet item là, le Pr Langin aime bien mettre des items qui n'ont aucun rapport avec l'énoncé 

[PEPETTE]

@Cassolnousmanque2 super, merci beaucoup pour ton information et ta réactivité

[Cassolnousmanque2]

Le 13/11/2022 à 23:57, PEPETTE a dit :

et ta réactivité

ahah toujours là pour aider

 

D'ailleurs j'ai oublié de le préciser hier dans la correction du qcm 10 de Purpan mais c'est important, c'est pas les Zn2+ qui vont interagir avec l'ADN, ils sont juste là pour permettre l'interaction entre les Histidines ou les Cystéines (d'ou les conformations C2C2 OU C2H2) pour la formation des doigts de zinc

 

Bon courage à toi !