Hybridation amorces PCR

[Wiwii]

Bonjour, j'ai remarqué que dans les QCMs dans l'hybridation des amorces il pouvait y avoir des bases non complémentaires mais que ce soit une amorce quand même

ma Question: dans l'hybridation donc on peut avoir des mésappariement (genre c'est toléré?) Si oui jusqu'à quel point ? 

[Eve__]

Bonjour,

D'après moi en QCM, les mesappariements ne sont pas autorisés. En tout cas je n'ai jamais vu ça. Ou est ce que tu as vu ça, est ce que t'as un QCM d'exemple parce que je suis pas sûre de comprendre la?

[Wiwii]

il y a 5 minutes, Eve__ a dit :

Bonjour,

D'après moi en QCM, les mesappariements ne sont pas autorisés. En tout cas je n'ai jamais vu ça. Ou est ce que tu as vu ça, est ce que t'as un QCM d'exemple parce que je suis pas sûre de comprendre la?

Ah désolée c'est moi qui me suis mêlée les pinceaux à voir trop de lettre on en devient aveugle xD 

J'avais sauté une base du coup ça a tout décalé !!

[Cassolnousmanque2]

Coucou @Wiwii @Eve__, en vrai si les bases non complémentaires sont en 5' de l'amorce alors on peut les utiliser 

Je te fais un exemple : soit la séquence d'ADN suivante : 

 

5' AGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTA 5' 

 

et soient les amorces suivantes : 

 

Amorce sens (forward) : 5' GCCAGGTCGGTA 3' 

Amorce anti sens (reverse) : 5' AACATCGATTGT 3' 

 

On aura une hybridation comme suit :

5' AGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

                                3' TGTTAGCTACAA 5' 

 

5' GCCAGGTCGGTA 3' 

        3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTA 5' 

 

Ainsi tu auras un ajout de séquences en 5' de l'ADN lors de la réplication (après attention, la prof n'en parle pas trop, voire pas du tout, c'était juste pour te montrer la subtilité)

 

Est-ce que c'est plus clair pour toi ? 

J'espère avoir pu t'aider 

[Wiwii]

il y a 23 minutes, Cassolnousmanque2 a dit :

On aura une hybridation comme suit :

5' AGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

                                3' TGTTAGCTACAA 5' 

 

5' GCCAGGTCGGTA 3' 

        3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTA 5' 

 

Ainsi tu auras un ajout de séquences en 5' de l'ADN lors de la réplication (après attention, la prof n'en parle pas trop, voire pas du tout, c'était juste pour te montrer la subtilité)

 

Est-ce que tu pourrais m'expliquer cette partie stp ? j'ai pas très bien compris 

[passlatartiflette]

Ici, ce dont veut parler @Cassolnousmanque2 c'est que tu peux tout de même utiliser ton amorce si elle dépasse de son côté 5' (ou 3' de la séquence codante). La partie qui "dépasse" est un surplus et n'impacte pas l'hybridation ni l'élongation car ce côté ne correspond pas au sens de synthèse. Ce sont quelques nucléotides qui ne s'hybrident pas mais qui ne gênent pas. Tant qu'une partie de l'amorce est compatible pour s'hybrider, ça marche.

 

Est-ce que ça répond à ta question ?  

[Cassolnousmanque2]

Oui voila exactement, en 5' ça n'impacté par l'hybridation 

@Wiwii

Si je reprends le même exemple que précédemment (ne retiens pas ça, si tu le comprends c'est super mais ce mécanisme ne te sera pas demandé) : 

 

5' AGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

                                3' TGTTAGCTACAA 5' 

 

5' GCCAGGTCGGTA 3' 

        3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTA 5' 

 

En orange tu as des séquences en 5' des amorces, qui ne sont pas complémentaires de l'ADN 

Admettons qu'on fasse de la PCR :

 

1er cycle : 

5' AGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTACAA 5' 

 

et 

5' GCCAGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

        3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTA 5' 

 

2e cycle : 

5' AGGTCGGTACCTGACAATCGATGTT 3' 

3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTACAA 5' 

 

et 

5' GCCAGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

3' CGGTCCAGCCATGGACTGTTAGCTA 5' 

 

=> ce qu'il faut comprendre ici c'est que tu as toujours ton ADN de départ mais qu'en plus tu as rajouté des séquences en 3' (en jaune) puisque tu avais des séquences supplémentaires dans tes amorces au départ en 5' (en orange)

 

Est-ce que c'est plus clair ? 

En fait mon explication c'était juste pour éviter que tu fasses une généralité par rapport à ta question de départ 

[Wiwii]

Il y a 1 heure, Cassolnousmanque2 a dit :

Oui voila exactement, en 5' ça n'impacté par l'hybridation 

@Wiwii

Si je reprends le même exemple que précédemment (ne retiens pas ça, si tu le comprends c'est super mais ce mécanisme ne te sera pas demandé) : 

 

5' AGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

                                3' TGTTAGCTACAA 5' 

 

5' GCCAGGTCGGTA 3' 

        3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTA 5' 

 

En orange tu as des séquences en 5' des amorces, qui ne sont pas complémentaires de l'ADN 

Admettons qu'on fasse de la PCR :

 

1er cycle : 

5' AGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTACAA 5' 

 

et 

5' GCCAGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

        3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTA 5' 

 

2e cycle : 

5' AGGTCGGTACCTGACAATCGATGTT 3' 

3' TCCAGCCATGGACTGTTAGCTACAA 5' 

 

et 

5' GCCAGGTCGGTACCTGACAATCGAT 3' 

3' CGGTCCAGCCATGGACTGTTAGCTA 5' 

 

=> ce qu'il faut comprendre ici c'est que tu as toujours ton ADN de départ mais qu'en plus tu as rajouté des séquences en 3' (en jaune) puisque tu avais des séquences supplémentaires dans tes amorces au départ en 5' (en orange)

 

Est-ce que c'est plus clair ? 

En fait mon explication c'était juste pour éviter que tu fasses une généralité par rapport à ta question de départ 

Parfaitement clair !!!!! Merciiiiiiiii