qcm 6 TD2

[JoeLaMouc]

Bonjour,

 

j'écris ce message car je n'arrive pas à aborder le qcm 6 du td2 de génome : je n'arrive pas à lire les 3 résultats sur le gel d'agarose et donc je n'arrive pas à répondre au items. Je pense que je comprendrai cet exo en td mais comme je ne l'ai qu'après les exams blanc j'aurai aimé le comprendre maintenant.

 

Je mets le qcm en pièce jointe. Est ce que qq'un pourrait m'aider.

Edited December 6, 2022 by JoeLaMouc

[Cassolnousmanque2]

Coucou @JoeLaMouc

je te renvoie vers ce sujet dans lequel on a répondu à cette question 

 

bien évidemment si ça n’est toujours pas clair n’hésite pas à nous le dire et on te reexpliquera différemment ! 

[JoeLaMouc]

Malheureusement ce n'est pas encore très clair, je n'arrive vraiment pas à interpréter les trait ds les tableaux. A quoi correspond exactement un trait ? est ce qu'il faut seulement prendre en compte l'exon auquel est attachée l’amorce sens ou aussi celui où est attaché l'amorce anti-sens. L'absence de trait signifie-t-elle donc, pour le couple 1, que l’amorce sens 1 n'a pas trouvé l'exon 1 et que l'amorce anti sens4 (celle qui correspond au couple 1,2 et 3) ne l'a pas trouvé non plus, OU, cela signifie-t-il  que l'amorce sens 1 n'a pas trouvé l'exon 1 et que l'amorce anti-sens 4 (celle qui correspond au couple 1,2 et 3) n'a pas trouvé l'exon 4? Prend-t-on en compte les exons intermédiaire? Ds le cas du couple 2, les deux traits signifient-ils que l'amorce sens à trouvé 2 exons (2 et3)?

 

En fait je crois qu'il me faudrait un explication au cas par cas

[PrisonMike]

Salut JoeLaMouc !

 

Je te détaille l'interprétation des 3 gels.

 

D'abord petit rappel du principe, l'électrophorèse sur gel agarose va nous permettre d'étudier notre produit PCR ou RT-PCR:

- Est ce qu'il y a oui ou non eu amplification d'un fragment donné ? (présence ou absence d'une bande fluo sur le gel)

- Quelle est la taille des différents fragments ?

 

Point important de l'énoncé: seuls les exons 1,2 et 3 peuvent subir un épissage alternatif, donc tous nos ARNm possèdent les Exons 4 à 12 (c'est surtout le 4 qui nous intéresse car c'est la séquence d'hybridation des amorces anti-sens). On en déduit que si une amplification PCR avec couple 1 ne fonctionne pas, c'est que l'exon 1 a été supprimé par épissage (l'amorce n'a pas pu s'hybrider à sa séquence complémentaire donc pas d'amplification). Même chose pour une absence d'amplification avec couple 2 et 3.

 

Gel 1: Ici on est sur une PCR classique, on amplifie de l'ADN donc pas la peine de s'embêter avec de l'épissage.

- L'amplification avec couple 1 n'a pas fonctionné (car pas de bande): c'est normal car la séquence ciblée est beaucoup trop longue (Cf légende), la Taqpol est limitée à 10 kpb de polymérisation.

- L'amplification 2 donne une bande à 5850pb donc exon2 + intron2 + exon3 + intron 3 + exon4 = 5850 pb (inf à 10 000 donc logique)

- 3, exactement le même raisonnement que pour la 2

- 4, même raisonnement que pour la 1

 

Gel 2: Ca se complique puisqu'on passe sur de l'ARNm, donc il faut prendre en compte l'épissage. Il n'y a plus d'introns donc maintenant une absence d'amplification n'est plus attribuable à un problème de longueur du fragment. Absence d'amplification = suppression par épissage d'un exon cible d'une amorce PCR.

- couple 1: il y a amplification donc l'exon 1 est présent

- couples 2, pas d'amplification donc suppression de l'exon 2 par épissage

- couple 3, même chose que pour le couple 2

- couple 4: il y a amplification (sans surprise puisque pas d'épissage pour les exons 4 à 12)

 

Gel 3, Foie

- pas d'amplification du fragment ciblé par le couple 1, on déduit qu'il y a suppression de l'exon 1 par épissage (item A Faux)

- couple 2: il y a présence de l'exon 2 car il y a amplification (item C Vrai) mais on a 2 bandes distinctes. On déduit qu'on a amplifié 2 ARNm de tailles différentes: le plus lourd contient exon2 + exon3 + exon4. Le plus léger se distingue par une suppression de l'exon3 par épissage (item D Vrai). Je précise que la suppression de l'exon 3 n'a aucun impact sur l'amplification car cet exon n'est la cible d'aucune amorce PCR

-  couple 3: présence de l'exon 3

- couple 4 aucune surprise (item B Vrai)

 

 

J'espère que c'est plus clair. Hésite pas si tu veux un détail du raisonnement pour l'item E 

 

Tuteur Génome S1 2022-2023

 

 

 

 

[Cassolnousmanque2]

whaou magnifique cette réponse @PrisonMike

[JoeLaMouc]

c'est parfait ! Merci beaucoup, tu me sauves parce que j'étais vraiment ds la sauce avec cet exo. j'avais pas capté la légende en plus, mais en l'ayant compris maintenant c'est forcément beaucoup plus clair

il y a quand même un dernier truc qui me chiffonne (promis après j’arrête): c'est pourquoi après épissage de l'intron 3, le couple 3 fait 140 pd. S'il n'y a plus l'intron il devrait faire seulement 120 pd, soit la taille de l'exon 3 (comme indiqué ds l’énoncé), non?

 

[PrisonMike]

Après épissage, le fragment amplifié par le couple 3 correspond à exon3 + exon4 qui font respectivement 120pb et 20pb.

Pour les 4 couples, il y a amplification de l'exon 4 (c'est assez parlant quand on regarde les flèches d'ailleurs).

[JoeLaMouc]

ok merci beaucoup ! tu gères!