QCM problématique

[FrédoSwag]

Salut, je suis tombé sur un qcm et c'est un casse tête, je sais absolument pas par quoi commencer. Ce qcm est le suivant. Déjà quelqu'un pourrait m'expliquer ce qu'est le réactif d'edman ? Je sais qu'en n term y'a une leucine, mais les énoncés font que j'ai l'impression que ce peptide a 20 acides aminés deja pour le alpha entre le fait qu'il faut qu'il se termine par un aa aromatique et qu'on nous dit qu'il a 2 leucines et 2 valines, ca fait déjà un peptide à 5 AA et il reste plus que 4 AA pour le bêta et gamma ce qui est trop peu par rapport a ce que nous dis l'enoncé, donc je suis coincé je dois mal comprendre quelque chose, merci a celui qui voudra bien me décoincer ;)

Soit un peptide X comprenant 10 acides aminés. L’étude de sa structure primaire a donné les résultats suivants :

- l’action d’une aminopeptidase libère une leucine

- l’action de la chymotrypsine libère 3 peptides alpha, bêta, gamma. Ces 3 peptides sont séparés et étudiés

- l’action du réactif d’Edman sur le peptide alpha permet d’identifier successivement 2 leucines. Ce peptide a une réaction positive au réactif des groupements phénol. Son analyse en acides aminés après hydrolyse montre qu’il contient en outre 2 valines

- le peptide bêta a une réaction positive au réactif des groupements guanidium. Le réactif d’Edman permet d’identifier côté N-terminal une thréonine suivie d’un acide aminé possédant une fonction amide

- le peptide gamma absorbe à 280 nm. L’analyse des acides aminés de ce peptide après hydrolyse chlorhydrique révèle uniquement la présence de valine et tyrosine.

1. La séquence du peptide alpha peut être compatible avec la séquence :Leu-Leu-Val-Val-Tyr.

2. La séquence du peptide bêta peut être compatible avec la séquence :Thr-Asp-Arg.

3. La séquence du peptide gamma peut être compatible avec la séquence :Tyr-Val.

4. La séquence du peptide X correspond à l’enchaînement: peptide alpha-peptide bêta-peptide gamma

5. La séquence du peptide X correspond à l’enchaînement: peptide alpha-peptide gamma-peptide bêta

Edited October 29, 2022 by RatDeLaBU

[lucide]

Salut, je vais faire de mon mieux pour essayer de te faire comprendre ce QCM, il y a toujours un de ce genre qui tombe aux exam et il faut bien comprendre la technique, déjà si tu ne l'a pas déjà fait, je te conseil de prendre une feuille et de faire un schéma, de dessiner toutes les informations qui te sont données. 

À propos du réactif d'edman, si le prof ne vous en a pas parlé en cours, tu n'as pas besoin de connaître sa fonction, d'autant plus que dans l'énoncé tout est expliqué a propos de ce réactif. 

Ensuite, le peptide initiale contient 10 acides aminés et en effet le peptide alpha en possède déjà 5, il reste donc 5 acides aminés pour le peptide bêta et le peptide gamma ce qui n'est pas trop peu, un peptide peut très bien être composé de 2 AA. 

D'après les informations données par l'énoncé : 

il y a 39 minutes, RatDeLaBU a dit :

l’action d’une aminopeptidase libère une leucin

Donc le premier des 10 AA est une leucine 

 

il y a 41 minutes, RatDeLaBU a dit :

l’action de la chymotrypsine libère 3 peptides alpha, bêta, gamma. Ces 3 peptides sont séparés et étudiés

Le peptide contient 2 AA aromatiques et donc 2 des 3 peptides libérés possèdent 1 AA aromatique en fin de chaîne et le dernier peptide ne possède pas d'AA aromatiques du tout .

 

il y a 48 minutes, RatDeLaBU a dit :

l’action du réactif d’Edman sur le peptide alpha permet d’identifier successivement 2 leucines. Ce peptide a une réaction positive au réactif des groupements phénol. Son analyse en acides aminés après hydrolyse montre qu’il contient en outre 2 valines

Les leucines et les Valines n'étant pas des AA aromatiques, ont sait que l'AA avec un groupement phénol est une tyrosine et c'est de plus un AA aromatiques donc il sera en fin de peptide alpha. 

Ces informations permettent de répondre au 1er item, qui est donc vrai, les 2 leucines sont consécutives, on sait que le dernier AA est une tyrosine et il reste 2 valine à placer qui peuvent très bien être là où elles sont.

 

il y a 57 minutes, RatDeLaBU a dit :

le peptide bêta a une réaction positive au réactif des groupements guanidium. Le réactif d’Edman permet d’identifier côté N-terminal une thréonine suivie d’un acide aminé possédant une fonction amide

Le seul acide aminé possédant un groupement guanidinium est l'arginine donc bêta commence par une thréonine puis est suivie d'un AA di carboxylique dont la 2eme fonction carboxylique peut être neutralisée sous forme d'un dérive amide et enfin d'une arginine. Ce peptide ne possède donc pas d'AA aromatique il est donc probablement le dernier peptide du peptide de base.

On peut donc répondre au 2eme item qui est vrai également vrai, l'aspartate étant un AA dicarboxylique. 

 

il y a une heure, RatDeLaBU a dit :

le peptide gamma absorbe à 280 nm. L’analyse des acides aminés de ce peptide après hydrolyse chlorhydrique révèle uniquement la présence de valine et tyrosine.

Il n'y a pas grand chose a comprendre a part qu'il contient uniquement valine et tyrosine et qu'une tyrosine, qui est un AA aromatique, doit être place en dernière place pour que la chymotrypsine fasse son effet.

On peut donc répondre au 3eme item qui est faux car la tyrosine est placée en première. 

 

Pour répondre aux deux derniers items et trouver l'ordre, toutes les cartes sont déjà dans nos mains. On sait que le premier aa est une leucine et le seul peptide contenant des leucines est le peptide alpha puis on sait aussi que le seul peptide qui ne contient pas d'aa aromatique donc il est en dernière position. 

Ainsi l'ordre est alpha - gamma - bêta et D est faux et E est vrai. 

Est ce que je t'ai débloqué ou est ce qu'il reste des zones d'ombres ? 

[FrédoSwag]

C'est parfait j'ai casiment tout compris juste l'avant dernière partie comme le deuxième AA a forcément un groupement amide, on en conclu que la seule place ou peut être l'arginine est en position 3 ? Et pour ce que t'as écrit "un dicarboxylique dont la deuxième fonction carboxylique peut être neutralisée sous forme d'un dérivé amide" ca veut dire que c'est soit un acide aspartique qui se transforme en asparagine soit un acide glutamique en glutamate ? 

Sinon dernier truc la plupart des exos types comme faut faire toutes ses cases tu sais et les remplir petit à petit, mais pour cet exos du coup ca a fait que je me suis trompé parce qu'il fallait prendre chaque groupe séparément, mais du coup tu conseilles de faire quoi plutôt de tout segmenter à chaque fois quitte à perdre son temps ou faire un bloc et changer si on voit que ca va pas ? Je sais pas si t'as compris ma question mais si jamais c'est pas très grave j'ai déjà super bien compris avec ton explication c'était super !

[lucide]

il y a une heure, RatDeLaBU a dit :

l'avant dernière partie comme le deuxième AA a forcément un groupement amide, on en conclu que la seule place ou peut être l'arginine est en position 3 ?

Exactement, étant donné que la thréonine est en N ter, il n'y a pas d'autre possibilité

il y a une heure, RatDeLaBU a dit :

Et pour ce que t'as écrit "un dicarboxylique dont la deuxième fonction carboxylique peut être neutralisée sous forme d'un dérivé amide" ca veut dire que c'est soit un acide aspartique qui se transforme en asparagine soit un acide glutamique en glutamate ? 

 

En glutamine attention ! Je te met un schéma pour voir la différence : 

Et je viens de me rendre compte que je t'ai dis une bêtise en lisant trop vite, l'item B est faux, c'est une arginine donc Asn et pas un aspartate Asp, désolé pour l'erreur.

 

il y a une heure, RatDeLaBU a dit :

Sinon dernier truc la plupart des exos types comme faut faire toutes ses cases tu sais et les remplir petit à petit, mais pour cet exos du coup ca a fait que je me suis trompé parce qu'il fallait prendre chaque groupe séparément, mais du coup tu conseilles de faire quoi plutôt de tout segmenter à chaque fois quitte à perdre son temps ou faire un bloc et changer si on voit que ca va pas ?

Alors je suis pas sûre d'avoir bien compris ta dernière question,  mais pour te répondre j'ai fait d'abord 10 cases d'affilé pour voir a peu près la structure en globale, puis redessiné chaque chaîne en fonction des données de l'énoncé et à la fin pour être sur de pas se tromper tu peux sectionner le peptide de départ et bien remettre toutes les AA et voir si tout te paraît cohérent. 

[FrédoSwag]

Il y a 4 heures, lucide a dit :

Exactement, étant donné que la thréonine est en N ter, il n'y a pas d'autre possibilité

 

En glutamine attention ! Je te met un schéma pour voir la différence : 

Et je viens de me rendre compte que je t'ai dis une bêtise en lisant trop vite, l'item B est faux, c'est une arginine donc Asn et pas un aspartate Asp, désolé pour l'erreur.

 

Alors je suis pas sûre d'avoir bien compris ta dernière question,  mais pour te répondre j'ai fait d'abord 10 cases d'affilé pour voir a peu près la structure en globale, puis redessiné chaque chaîne en fonction des données de l'énoncé et à la fin pour être sur de pas se tromper tu peux sectionner le peptide de départ et bien remettre toutes les AA et voir si tout te paraît cohérent. 

Ok c'est tout bon j'ai bien compris, et oui mince j'ai confondu le petit schéma m'a fait un bon rappel merci !!