Rôle de la ligase dans la réplication

[Névraxe]

Bonjour,

 

J’ai rencontré un petit problème concernant l’item suivant du CCB de l’année dernière compté faux : (QCM 13, C) « la ligase permet de réaliser une liaison phosphodiester entre le groupement OH situé en 3’ de l’ADN synthétisé par l’ADN polymérase delta et le phosphate de l’ADN synthétisé par l’ADN polymérase β »

 

La correction étant : « les liaisons se font de l’extrémité 3’OH à l’extrémité 5’P », j’ai pas l’impression que cela contredise l’item …

 

Merci !

[passlatartiflette]

Bonjour @Névraxe ! 

 

Je te renvoie vers ce post. N'hésite pas à me dire si tu as encore des questions, il n'y a pas de soucis !! 

Bon courage !

 

 

[Névraxe]

Merci beaucoup @passlatartiflette, mais je ne comprends pas finalement en quoi les deux ADN polymérase ont été inversées, puisque c’est justement l’ADN polymérase delta qui synthétise les fragments d’Okasaki, reliés par leur extrémité 3’OH à l’extrémité 5’P de l’ADN synthétisé par l’ADN polymérase β, ADN qui provient à la base de l’élimination des amorces d’ARN.

 

Tout ceci correspondant à la liaison phosphodiester 3’-5’, synthétisée par l’ADN ligase.

 

Je n’arrive pas à percevoir l’erreur. 

Edited October 22, 2022 by Névraxe

[passlatartiflette]

Dans ton cours il est dit : 

" La dernière liaison phosphodiester est synthétisé par l’action d’une ADN ligase reliant le 5’ de l’ADN synthétisé par l’ADN pol III/ ADN pol ε ou δ avec le 3’ de l’ADN synthétisée par l’ADN pol I / ADN pol β". (avec chez Pc/ Ec)

 

=> donc ta liaison phosphodiester est de 3'->5'. Donc en 3' tu dois avoir le brin synthétisé par ADN pol ß (et non delta) qui est la partie de l'amorce d'ARN supprimée puis synthétisée en ADN, alors que en 5' tu dois avoir le brin synthétisé par l'ADN pol delta (et non ß) qui est synthétisé en étape 2 de la réplication. Je pense qu'ici tu inverses les 2 ADNpol. 

 

Par ailleurs, attention, je te fais un petit récapitulatif sur les polymérases des étapes de la réplication CHEZ LES EUCARYOTES : 

1. ADN polymérase alpha : synthèse de Novo de courts fragments d'ARN de 5' vers 3'. (amorce)
2. ADN polymérase epsilon (pour brin continu) synthétise les brins précoces ; et ADN polymérase delta (pour brin discontinu) synthétise les brins suiveurs ou fragments d'Okazaki. --> les deux enzymes ont une activité polymérase de 5' vers 3' et aussi de relecture par exonucléase de 3' vers 5'. 
3. RNaseH dégrade les fragments d'ARN. 
4. ADN polymérase ß : activité polymérase de 5' vers 3' à partir de l'extrémité 3' du brin néosynthétisé pour combler les espaces laissés par la RNaseH. (+ activité exonucléase de relecture). 
5. ADN ligase :  relie en 5' le brin synthétisé par ADNpol epsilon ou delta qui est donc le premier brin synthétisé en étape 2 de 5' vers 3' donc son extrémité 5' est libre ; avec en 3' le brin synthétisé par ADN pol ß qui a remplacé l'amorce ! 

Il faut que tu arrives à le visualiser sur le schéma : (ne fait pas attention au nom des ADN pol, ce sont celles chez les Pc). 

 

 

Est-ce que c'est plus clair comme ça ou toujours pas ? Sinon, je te fais un schéma moi-même à la main que je t'envoie... Dis moi. @Névraxe

[Névraxe]

MERCI BEAUCOUP @passlatartiflette, j’ai tout compris, en fait là où je faisais erreur c’est que je pensais que l’ADN ligase agissait entre le bout de la flèche rose et le début de la flèche orange (sur ton schéma), auquel cas c’était bien liaison phosphodiester entre l’extrémité 3’OH de l’ADN polymérase delta et l’extrémité 5’P de l’ADN polymérase ß, mais en fait l’ADN ligase agit entre le bout de la flèche orange et le début de la flèche rose, ce qui inverse en effet les ADN polymérase, c’est bien ça ?

 

Merci en tout cas !

Edited October 22, 2022 by Névraxe

[passlatartiflette]

Ici, chez les Eucaryotes toujours (j'espère que le schéma ne te perturbe pas trop comme c'est chez les Pc...), la flèche rose est fait par la polymérase epsilon ou delta, brin continu ou discontinu. et la flèche orange ce sont les amorces d'ARN qui ont été remplacées par de l'ADN par la polymérase ß. 

=> donc ta liaison par la ligase se fait bien de la flèche orange vers la flèche rose oui ! 

 

C'est nickel @Névraxe!! Avec grand plaisir ;)

[Névraxe]

Parfait @passlatartiflette, juste une dernière petite question, du coup il n’y a rien qui fait la jonction entre le bout de la flèche rose et le début de la flèche orange ? Il doit sûrement y avoir quelque chose sinon le brin d’ADN néosynthétisé ne serait pas en un seul morceau mais en plusieurs petits morceaux, non ?

[passlatartiflette]

Biensûr ! D'un côté c'est l'ADN ligase qui fait la liaison comme on l'a vu au-dessus. Et de l'autre côté, il me semble que ça se fait naturellement et directement quand la polymérase ß fait son travail pour remplacer les amorces ARN en ADN, dans la continuité. => le brin néosynthétisé forme à la fin un brin continu comme celui d'ADN. 

Mais ne t'inquiète pas, Pr Couderc ne vous interrogera pas sur ces détails aussi précis, après c'est pas mal pour ta compréhension perso.