Orientation de l'ARN

[PH₂]

Bonjour bonjour !

 

J'ai un petit souci de compréhension concernant les sens 3' 5' pour l'ARN: 

Il est dit dans le cours:

" L’ARN est un enchaînement de ribonucléotides reliés par des liaisons phosphodiester orienté de 3’ vers 5’"

"L’acide ribonucléique se lit et s’allonge de 5’ vers 3’ comme l’ADN "

"La synthèse d’ARN est réalisée par une enzyme ARN polymérase ADN dépendante qui lit le brin non-sens (ou brin non codant) de l’ADN dans le sens 3’ –> 5’"

 

Quelle est la différence entre l'orientation et le sens de lecture? 

Pour la dernière phrase du cours, si j'ai bien compris, l'ARN lit l'ADN 3'->5', donc ça devrait être un ARN 5'3'?

 

Je vous remercie d'avance pour vos réponses !

[PASSiflore]

salut,

il me semble que la synthèse de l'ARN est 5' vers 3' mais il lit le brin d 'ADN a l'envers 3' vers 5' 

normalement la liaison phosphodiester se fait avec avec OH du ribose en  position C3

le sens de synthèse correspond au sens dans lequelle le dernier nucleotide vient se fixer sur l'enchainement 

tandis que le sens de lecture c'est le sens dans lequelle le brin s'allonge , il faut partir du haut vers le derniers

en quelque sorte le sens de synthèse remonte vers le haut  et le sens de lecture descend vers le bas 

je sais pas si c'est très claire ...

attend confirmation d'un tuteur j'ai pu me tromper 

[Cassolnousmanque2]

Coucou @PH₂

 

Si j’écris la séquence d’ARN suivante 

 

AUUGCCACGUCGAAGCUCUCGAGCU

 

Il faut toujours penser à l’orienter ! 

-> 5’ AUUGCCACGUCGAAGCUCUCGAGCU 3’

 

Comme te l’a dit @PASSiflore, tu as des liaisons phosphodiester qui se forment entre l’extrémité 3’OH de ton premier nucléoTide (je rappelle que c’est Sucre + Base + Phosphate) et l’extrémité 5’ phosphate du nucléotide suivant => tu as donc des liaisons qui se forment de l’extrémité 3’ vers l’extrémité 5’ donc on dit que les liaisons phosphodiester sont orientées de 3’ en 5’

 

Lorsque tu veux synthétiser de l’ARN, tu le fais à partir d’une séquence d’ADN double brin 

 

Par exemple pour synthétiser l’ARN que je t’ai écrit plus haut, on part de la séquence d’ADN suivante : 

 

5’ ATTGCCACGTCGAAGCTCTCGAGCT 3’ 

3’ TAACGGTGCAGCTTCGAGAGGTCGA 5’

 

Ton ARN polymérase va se fixer sur l’extrémité 3’ de ton ADN (il y en a 2 donc tu obtiendras 2 ARN différents en fonction de là où elle se fixe) et elle va synthétiser l’ARN de 5’ en 3’ (tout en lisant l’ADN de 3’ en 5’)

 

Si on fait un schéma ça donne : 

 

5’ ATTGCCACGTCGAAGCTCTCGAGCT 3’ 

   

5’ AUUGC  3’ ->->->->-> (sens de progression de l’ARN polymérase « -> »)

3’ TAACGGTGCAGCTTCGAGAGGTCGA 5’

 

1) Fixation de l’ARN polymérase ici

2) Synthèse de l’ARN de 5’ vers 3’ par l’ARN polymérase (elle ajoute A puis U puis U puis G puis C etc)

 

Elle va faire pareil sur le brin du haut mais dans l’autre sens ce qui donne : 

 

5’ ATTGCCACGTCGAAGCTCTCGAGCT 3’ 

                              <-<-<-<-<- 3’ CUCGA 5’. (Sens de progression de l’ARN polymérase « <-« ) 

 

3’ TAACGGTGCAGCTTCGAGAGGTCGA 5’

 

1) Fixation de l’ARN polymérase ici

2) Synthèse de l’ARN de 5’ vers 3’ par l’ARN polymérase (elle ajoute A puis G puis C puis U puis C etc)

 

Donc au final à la fin de la transcription, tu obtiens les deux ARN suivants : 

celui à partir du brin du bas : 5’ AUUGCCACGUCGAAGCUCUCGAGCU 3’ 

celui à partit du brin du haut : 5’ AGCUGGAGAGCUCGACGUGGCAAU 3’

 

Donc tu obtiens bien des brins d’ARN qui ont été synthétisés par l’ARN polymérase qui a : 

- lu chaque brin d’ADN de 3’ en 5’ 

- synthétisé le brin d’ARN de 5’ en 3’ 

 

Est-ce que ça te paraît plus clair avec les schémas ou pas ? N’hésite pas si tu veux d’autres explications !

[PH₂]

il y a 3 minutes, Cassolnousmanque2 a dit :

Coucou @PH₂

 

Si j’écris la séquence d’ARN suivante 

 

AUUGCCACGUCGAAGCUCUCGAGCU

 

Il faut toujours penser à l’orienter ! 

-> 5’ AUUGCCACGUCGAAGCUCUCGAGCU 3’

 

Comme te l’a dit @PASSiflore, tu as des liaisons phosphodiester qui se forment entre l’extrémité 3’OH de ton premier nucléoTide (je rappelle que c’est Sucre + Base + Phosphate) et l’extrémité 5’ phosphate du nucléotide suivant => tu as donc des liaisons qui se forment de l’extrémité 3’ vers l’extrémité 5’ donc on dit que les liaisons phosphodiester sont orientées de 3’ en 5’

 

Lorsque tu veux synthétiser de l’ARN, tu le fais à partir d’une séquence d’ADN double brin 

 

Par exemple pour synthétiser l’ARN que je t’ai écrit plus haut, on part de la séquence d’ADN suivante : 

 

5’ ATTGCCACGTCGAAGCTCTCGAGCT 3’ 

3’ TAACGGTGCAGCTTCGAGAGGTCGA 5’

 

Ton ARN polymérase va se fixer sur l’extrémité 3’ de ton ADN (il y en a 2 donc tu obtiendras 2 ARN différents en fonction de là où elle se fixe) et elle va synthétiser l’ARN de 5’ en 3’ (tout en lisant l’ADN de 3’ en 5’)

 

Si on fait un schéma ça donne : 

 

5’ ATTGCCACGTCGAAGCTCTCGAGCT 3’ 

   

5’ AUUGC  3’ ->->->->-> (sens de progression de l’ARN polymérase « -> »)

3’ TAACGGTGCAGCTTCGAGAGGTCGA 5’

 

1) Fixation de l’ARN polymérase ici

2) Synthèse de l’ARN de 5’ vers 3’ par l’ARN polymérase (elle ajoute A puis U puis U puis G puis C etc)

 

Elle va faire pareil sur le brin du haut mais dans l’autre sens ce qui donne : 

 

5’ ATTGCCACGTCGAAGCTCTCGAGCT 3’ 

                              <-<-<-<-<- 3’ CUCGA 5’. (Sens de progression de l’ARN polymérase « <-« ) 

 

3’ TAACGGTGCAGCTTCGAGAGGTCGA 5’

 

1) Fixation de l’ARN polymérase ici

2) Synthèse de l’ARN de 5’ vers 3’ par l’ARN polymérase (elle ajoute A puis G puis C puis U puis C etc)

 

Donc au final à la fin de la transcription, tu obtiens les deux ARN suivants : 

celui à partir du brin du bas : 5’ AUUGCCACGUCGAAGCUCUCGAGCU 3’ 

celui à partit du brin du haut : 5’ AGCUGGAGAGCUCGACGUGGCAAU 3’

 

Donc tu obtiens bien des brins d’ARN qui ont été synthétisés par l’ARN polymérase qui a : 

- lu chaque brin d’ADN de 3’ en 5’ 

- synthétisé le brin d’ARN de 5’ en 3’ 

 

Est-ce que ça te paraît plus clair avec les schémas ou pas ? N’hésite pas si tu veux d’autres explications !

Merci beaucoup !!! (J'espère que ça n'a pas été trop long à rédiger ces explications avec toutes ces couleurs)

C'est bien plus clair à présent, vraiment un grand merci !

il y a 26 minutes, PASSiflore a dit :

salut,

il me semble que la synthèse de l'ARN est 5' vers 3' mais il lit le brin d 'ADN a l'envers 3' vers 5' 

normalement la liaison phosphodiester se fait avec avec OH du ribose en  position C3

le sens de synthèse correspond au sens dans lequelle le dernier nucleotide vient se fixer sur l'enchainement 

tandis que le sens de lecture c'est le sens dans lequelle le brin s'allonge , il faut partir du haut vers le derniers

en quelque sorte le sens de synthèse remonte vers le haut  et le sens de lecture descend vers le bas 

je sais pas si c'est très claire ...

attend confirmation d'un tuteur j'ai pu me tromper 

Et merci à toi aussi pour ta réponse ! 

[Cassolnousmanque2]

il y a 2 minutes, PH₂ a dit :

Merci beaucoup !!! (J'espère que ça n'a pas été trop long à rédiger ces explications avec toutes ces couleurs)

C'est bien plus clair à présent, vraiment un grand merci !

C’est adorable mais ne t’inquiète pas on est là pour ça !! 

J’espère que ça t’a aidé et si tu as d’autres questions n’hésite vraiment pas !! 

[atomicbettyna]

Il y a 18 heures, Cassolnousmanque2 a dit :

tu as des liaisons phosphodiester qui se forment entre l’extrémité 3’OH de ton premier nucléoTide (je rappelle que c’est Sucre + Base + Phosphate) et l’extrémité 5’ phosphate du nucléotide suivant => tu as donc des liaisons qui se forment de l’extrémité 3’ vers l’extrémité 5’ donc on dit que les liaisons phosphodiester sont orientées de 3’ en 5’

 

Bonjour,

 

J'ai vraiment du mal à comprendre, les liaisons phosphodiester se formeraient pas plutôt entre l'extrémité 5' d'un premier nucléotide (donc sucre base phosphate) et l'extrémité 5' d'un nucléoSide suivant (parce que quand il se lie au phosphata il est sous forme sucre + base donc peut pas être considérer comme un nucléoTide), ou est ce que un phosphate qui serait lié à ce nucléoside en 3' fait qu'on le considère comme un nucléotide quand il se lie en 5'.

 

Edited October 1, 2022 by maaaaaaaaaaaaaaarc

[Cassolnousmanque2]

Coucou @maaaaaaaaaaaaaaarc, 

Alors pour comprendre cette notion je t'encourage à regarder ces diapos là (dans le cours du Pr Couderc)

diapo 23 : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/39/ssuj.png

 

Déjà tu peux y voir la différence entre

- les nucléoSides = sucre (ou ose c'est la même chose) + Base 

- les nucléoTides = sucre + Base + Phosphate = nucléoSide + Phosphate 

 

diapo 33 : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/39/ckzp.png

 

Tu vois que les phosphates (en jaune) sont situés au niveau du C5 selon la numérotation des carbones et que le OH sont situés au niveau de C3 (le C1 étant celui qui est lié à la base (en vert) et après tu descends pour compter les autres carbones, je précise au cas où que le OH en C2 permet de savoir si c'est un nucléotide de l'ADN (pas de OH en C2=> forme désoxyribose)) ou de l'ARN (OH en C2 => forme oxyribose))

 

Ce sont les nucléoTides qui se lient grâce aux ligases (= ADN ligases)

Quand tu as la formation d'une liaison entre deux nucléoTides tu as une liaison phosphodiester qui se crée entre le OH (en C3) du premier nucléotide et le phosphate (en C5) du nucléotide suivant puis tu auras la libération d'un pyrophosphate car tu formes la liaison à partir d'un nucléotide triphosphate 

 

Tu peux le voir avec des schémas sur les diapos suivantes 

 

diapo 40 : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/39/62eg.png

diapo 41 : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/39/0602.png

diapo 42 : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/39/lo4q.png

diapo 43 : https://zupimages.net/viewer.php?id=22/39/zdqk.png

 

la liaison phosphodiester se forme donc bien de 3' en 5' !

 

J'espère avoir pu t'aider ! et si tu as encore des questions n'hésite pas 

Edited October 1, 2022 by Cassolnousmanque2

[atomicbettyna]

Merci, c'est plus clair maintenant. 

: D

et désolé du dérangement. 

[Cassolnousmanque2]

@maaaaaaaaaaaaaaarc, pas de soucis ! Si tu as d’autres questions n’hésite pas on est là pour ça