Questions de Maturation

[Aveam]

Bonjour, j’avais quelques petites questions !

. La coiffe est-elle simplement la 7methylguanosine ou la 7methylguanosine + les 2 premiers nucléotides (on a un schéma comme ça dans le cours) ?

. Y-a-t-il des protéines chez les Procaryotes qui régulent l’ADN et plus précisément des histones, donc y-a-t-il de la chromatine chez les procaryotes ? L’ADN peut-il être condensé et décondensé chez les procaryotes ou est-il seulement toujours décondensé ?

. Ensuite page 38 du poly de génome, sur le schéma Place de l’épissage, il y a des sites donneurs GA et des sites donneurs UG (on parle donc bien des nucléotides GA et UG ?), et c’était pour savoir si ce sont toujours les mêmes sites qui sont donneurs et accepteurs, c’est-à-dire est ce que c’est toujours GA qui sera donneur et UG accepteur ou ça peut être un CU ou autre par exemple ? De plus si c’est le cas, est ce que GA et AG sera équivalent en termes de site donneur ou l’ordre des nucléotides est-il vraiment important ?

. Dans le polycopié toujours à la page 38, il y a des questions de colles en haut a droite, est ce que se sont toutes des affirmations vraies corrigées par la prof ? Ou alors certaines sont-elles fausses ?

Merci d’avance

​

[Lina]

Bonjour !

. Chez les eucaryotes la coiffe est uniquement la 7-méthyl-guanosine.

. Il existe des protéines qui régulent l'ADN chez les procaryotes mais ceux ne sont pas des histones, la prof ne précise pas lesquelles, il faut seulement savoir qu'il en existe c'est tout. On ne parle pas de chromatine chez les procaryotes, et donc pas d'eu/hétérochromatine.

. Pour l'épissage, si tu pouvais mettre l'image parce que la prof change les diapos d'une année à l'autre, mais elle ne s'était pas trop attardé sur les détails, il faut simplement savoir qu'il existe des sites donneurs et d'autres accepteurs et le fonctionnement général de l'épissage, rien de bien méchant  . Concernant l'équivalence entre GA et AG, ils ne sont pas équivalents car l'épissage se fait sur des séquences spécifiques donc l'ordre des nucléotide est important.

. Peux-tu mettre une photo ?

[Aveam]

Merci beaucoup pour tes réponses ! 

 

Alors voici la page 38 (je n'arrive pas à insérer l'image avec un taille pas trop grosse) :

http://image.noelshack.com/fichiers/2015/52/1450815217-20151222-202145.jpg

http://image.noelshack.com/fichiers/2015/52/1450815218-20151222-202127.jpg

 

Ensuite j’ai d’autres questions ^^ :

 

. Est-ce que s’il y a la proposition « Il peut y avoir des U dans l’ADN » on peut mettre vrai étant donné qu'il peut y avoir des démethylations lors de problèmes au niveau du génome ?

 

. Dans le poly du TAT, il y a marqué que on ne peut pas dire un nucléoside tri phosphate, mais je pense avoir entendu la prof dire qu'on pouvait dire nucléoside triphosphate, c’était pour que quelqu’un puisse me confirmer ça, du moins quelqu’un de cette année car peut être que l’année dernière ça ne se disait pas mais je suis presque sûre d’avoir entendu la prof dire ça. Mais peut être que je me trompe donc je demande confirmation ?

 

. De plus est-ce que c’est donc officiel que cette année Mme Couderc considère que les liaisons ester sont aussi comptées dans les liaisons riches en énergie lorsqu’elle demande combien il y en a ? Car apparemment l'année dernière ce n'était pas le cas et cette année la prof nous a dit que oui.

 

. Dans la page 53 du poly de génome (je ne mets pas la photo car il n’y en a pas vraiment besoin), on parle d’hybridation moléculaire, c’est marqué « Pour hybrider il faut des acides nucléiques simples brins à donc il faut dénaturer l’ADN ou l’ARN ». Mais ce que je ne comprends pas, c’est que pour l’hybridation moléculaire on ne devrait pas avoir besoin de dénaturer l’ARN étant donné qu’il est déjà simple brin non ? Je ne comprends pas vraiment pourquoi on cite l’ARN ici.

 

. Lorsqu’on parle des maladies acquises, c’est marqué sur le poly de la prof « Seules les cellules de l’organe atteint portent la mutation sur le gène incriminé », donc les gamètes ne sont pas atteints et ce n’est donc pas transmissibles à la descendance. MAIS voici ma question : si les gonades sont touchées, dans ce cas-là les gamètes sont atteints ? Dans ce cas-là c’est transmissible à la naissance ? Si mon raisonnement est juste et que la prof met « Les maladies acquises peuvent se transmettre à la descendance », devons-nous répondre vrai ou faux ?

 

. On nous dit que le BET colore l’ADN et l’ARN mais est-ce que le Cyber green colore également aussi bien l’ARN que l’ADN ou colore-t-il seulement l’ADN ?

. Je n’ai pas très bien compris ce qu’est réellement un hétéroduplex ? De plus je ne pense pas en avoir entendu parler cette année, je ne sais pas si j’ai laissé passer quelque chose ou pas ?

 

. Pour être bien sur il n’y a que les nucléotides triphosphate qui peuvent polymériser, pas les monophosphate ni diphosphate ?

 

. Où trouve-t-on les dinucléosomes ? Et que sont-ils vraiment, dois-je comprendre que ce sont deux nucléosomes accrochés mais pas sur le même brin d’ADN ?

 

. Et pour finir je n’ai pas trop bien compris la notion de séquence d’ADN « primaire », « secondaire » et « tertiaire (?) ».

[chloem]

Bonjour,

. La photo que tu as mis correspond à des précisions/corrections qu'elle avait donné l'an dernier suite à une colle de génome. Donc tout est vrai.

. C'est le genre de proposition qui pose souvent problème. Théoriquement (ou physiologiquement) on ne trouve pas de U dans l'ADN mais on peut en retrouver dans le cas d'anomalies. Perso je mettrai plutôt vrai, vu la formulation que tu proposes (mais je pense pas que la prof pose une question comme ça, ou alors elle précisera si on est dans le cas physiologique ou non). Après en cas de doute, il vaut mieux ne rien mettre

. L'an dernier en tout cas elle avait beaucoup insisté : à partir du moment où tu as un phosphate : on parle de nucléotide.

. L'an dernier elle nous avait dit que les liaisons esters sont riches en énergie mais moins que les liaisons anhydride d'acides. De tout manière si elle a dit en cours que ça compte alors compte le

. L'hybridation moléculaire concerne l'ADN comme l'ARN. Elle est à la base de toute les techniques utilisées (dont la RT PCR etc.) et ça correspond à faire des liaisons hydrogènes entre deux acides nucléiques complémentaires et antiparallèles simples brins. Il faut quand même dénaturer l'ARN, même si il est simple brin parce qu'il a tendance à se replier sur lui même, à faire des boucles etc. et du coup on est obligé de passer par la dénaturation pour ouvrir les liaisons et linéariser l'ARN.

. Ton raisonnement est juste si les gamètes sont mutés, dans ce cas là, ça devient à la génération suivante une maladie génétique héréditaire. Mais tu parles d'un cas vraiment particulier et la quasi totalité des maladies acquises ne peuvent pas se transmettre à la descendance. Ta réponse va vraiment dépendre de la formulation de l'item: si c'est le cas général ou non. Mais à aussi je pense pas qu'elle piège sur ça

. Le syber green se lie préférentiellement à l'ADN  double brin et est mieux détecté mais on pourrait l'utiliser pour du simple brin (avec une moins bonne efficacité) et donc pour de l'ARN. Mais là encore, vu que j'ai cherché à côté, si la prof ne l'a pas dit, elle ne posera pas de questions dessus

. J'avoue que j'en avais pas entendu parler ^^. D'après la définition: c'est une molécule d' ADN partiellement bicaténaire dans laquelle les deux brins ne possèdent pas que des séquences de bases rigoureusement complémentaires. En gros, les deux brins ne sont pas exactement complémentaires.

. Oui parce que la réplication a besoin de la dégradation d'un pyrophosphate par une phosphatase pour libérer de l'énergie nécessaire à la polymérisation.

. Désolée mais là je vois pas à quoi ça correspond.. :/ L'ADN eucaryote est associé avec des histones pour former des nucléosomes (les billes).

. L'ADN primaire correspond à juste la séquence de bases, qui se suivent de façon complémentaire et antiparallèle (linéaire). Secondaire et tertiaire, c'est quand l'ADN se replie, pour former des hélices, boucles etc.

Et voilà !!! j'espère que ça va t'aider.
Bon courage!

[Aveam]

Merci beaucoup ! Tes réponses m'ont éclairées ! J'ai tout compris

 

J'ai encore quelques questions (oui je sais je suis embêtante mais après je ne devrais plus en avoir car je viens de finir de réviser le génome eheh)

 

. Déjà je voudrais savoir quel est la différence entre le rôle de la glycosylase et de l'ADN polymérase I dans la réparation ? C'est quelques chose que je ne comprend pas trop...

 

. Ensuite peut-il y avoir de l'ADN circulaire chez les eucaryotes ? Si oui où ça ? Dans les mitochondries ? Dans ce cas là, les mitochondries ont un ADN sans télomères ? Les télomères existeraient donc chez les eucaryotes que dans l'ADN nucléaire ?

 

. Ensuite je me confond un peu entre transposons et retrotransposons, est-ce que la prof compte les retrotransposons dans les transposons (car un transposon ca ne devrait pas, a ce que j'ai compris, se répliquer mais juste se déplacer donc il n'augmente pas la taille du génome alors que les rétrotransposons peuvent se répliquer et se déplacer et augmentent donc la taille du génome. Or, dans plusieurs qcm il est marqué que les transposons PEUVENT se répliquer, donc je ne trouve pas ça logique, je ne comprend pas).

 

. Est-ce qu'il peut y avoir un gène, un ARN qui codent pour plusieurs protéines à la fois chez les Eucaryotes ET les Procaryotes ou seulement chez les Procaryotes ?

 

. Je n'ai aussi pas bien compris la différence entre opéron, cistron et donc qui est poly/monocistronique et pourquoi, on dit ca pour un ADN qui va donner plusieurs ARN ou un ARN qui va donner plusieurs protéines ? Si dans les eucaryotes au niveau nucléaire c'est comme ça est-ce que au niveau mitochondrial c'est la même chose ?

 

. Dans le polycopié du TAT, p 48 QCM 32 c'est marqué :

L'expérience visant à montrer que la réplication est bidirectionnelle :

A. A été réalisée en utilisant des nucléosides radioactifs ajoutés dans le milieu de culture des cellules.

B. A été réalisée en utilisant des nucléosides lourds (azote 15) ajoutés dans le milieu de culture des cellules.

 

La A est marqué Vraie et la B est marqué Fausse (sans justification). Donc je comprend donc que c'est faut car ce n'est pas des nucléosides lourds mais de la radioactivité MAIS est-ce que la A (et la B du coup aussi pour cette raison dans le même temps) n'est pas FAUSSE car c'est marqué NucléoSIDE à la place de NucléoTIDE ? Car sinon il n'y aurai pas d ephosphate donc pas de possibilité de répliquer non ?

 

. Et enfin, dans une molécule d'ADN, les sucres relient les bases avec les phosphates de chaque côté par une liaison phosphodiester du côté 5' et du coté 3' du brin d'ADN ?

[durand]

Salut !

 

. Dans la cas d'une excision de base (BER), tu as en premier l'action d'une glycosylase qui va hydrolyser la liaison N-glycosidique, libérant la base du reste. Se site dépourvu de base va être reconnu par une endonucléase puis une exonucléase, ce qui permet d'enlever le nucléotide. Puis tu as une action d'une ADN polymérase pour réparer ce site en ajoutant un nouveau nucléotide. Soit pour les procaryotes l'ADN polymérase I, soit pour les eucaryotes l'ADN polymérase Beta. Enfin une ligase vient faire le lien entre le nouveau nucléotide et le reste du brin.

 

. On retrouve de l'ADN circulaire chez les eucaryotes dans les mitochondries. L'ADN mitochondrial est dépourvu de télomères.  A l'inverse l'ADN nucléaire qui est linéaire présente des télomères pour la protection de l'intégrité du génome.

 

. Oui je pense que la prof considère que les rétrotransposons font partie des transposons, ce qui rend cette question juste. 

 

. Je regroupe tes deux questions suivantes en une seule réponse.

  Chez les procaryotes tu peux trouver des gènes "simples" qui donnent un ARN monocistronique et des opérons qui donnent un ARN      polycistronique.

• Un gène simple est sous la dépendance d'un promoteur et donnera une seule protéine finale. 
• Un opéron regroupe plusieurs gènes sous la dépendance d'un seul promoteur. Sa transcription donnera plusieurs protéines différentes, impliquées dans une même voie métabolique. ( 1 opéron -> 1 ARN -> Plusieurs protéines)

  Chez les eucaryotes le matériel génétique est toujours sous forme monocistronique. Un même ARN peut par contre en fonction de l'épissage  alternatif, donner une protéine légèrement différente. ( Après recherche, les mitochondries possèdent de l'ARN polycistronique mais ce n'est écrit nul part dans le cours donc plutôt retenir eucaryote -> monocistronique)

 

. Effectivement la question A est répondue vraie, elle devrait être fausse.

 

. Les sucres sont liés entre eux en 5' et 3' pour former la chaîne d'ADN par l’intermédiaire d'un phosphate : c'est un pont phosphodiester. Sauf bien sûr aux extrémités.

 

J'espère que ça pourra t'aider 

[Aveam]

Merci, c'est parfait !

 

Du coup pour BER il y a une glycosylase, une endonucléase, une exonucléase et enfin une ADN polymérase. Et à ce que je pense avoir compris du cours c'est la même chose pour MMR et NER sauf qu'on n'a pas de glycosylase en fait ?  

[Aveam]

?

[VictoryP]

Salut !

 

Désolée pour le délais, mais d'après mes souvenirs c'est exactement ça !

Normalement vous avez du avoir un tableau récapitulatif dans le TD sur la réparation de l'ADN (j'ai essayé de le mettre ici mais j'arrive pas à ajouter une image... Sorry)

 

Voilà, bon courage pour ces derniers jours de révisions en tout cas