questions sur les techniques

[S2P2]

Saluut !

J'ai plusieurs questions sur la partie recherche de Mme Couderc :

 

1- Déjà pourquoi on ne peut pas intégrer un plasmide dans une cellule eucaryote au lieu d'une bactérie ?

 

2- Quand on met des vecteurs et des gènes d’intérêt avec des ligases, la prof a dit qu’on pouvait obtenir potentiellement 4 choses dans le tube :

- le fragment non inséré

- le fragment du plasmide refermé sur lui même

- le fragment bien inséré

- ? jsp (le fragment du plasmide ouvert ?? si c’est ça j’aimerais bien savoir pourquoi certains sont toujours ouverts alors que d’autres sont fermés)

 

3- Par rapport au schéma, la purification d’ADN correspond juste au fait qu’on sorte le plasmide de la bactérie ?

Pourquoi on ne peut pas faire un gel électrophorèse juste après avoir obtenu l’ADN recombinant ? Si on connaît les tailles a ce stade c’est faisable sans passer par la bactérie non ?

 

4- Je pense avoir compris comment interpréter ce gel mais je ne comprends pas pourquoi sur la piste des ddA on a 2 fragments alors qu’on en avait obtenu 3 dans le tube après élongation, sur celle des ddG on en a 2 aussi mais on en avait obtenu 5 après élongation…

Et à quoi correspond la séquence obtenue ? Parce que je ne la vois ni dans le brin matrice ni dans le complémentaire..

 

 

 

5- Comment on peut avoir une séquence de référence alors qu’il y a des variations du génome humain d’un individu a l’autre ?

 

 

6- Ce ne sont pas les même couleurs car ce sont 2 exemples différents ?

 

7- Dans le cours : « Imaginons qu’on veuille produire un vaccin c’est a dire une protéine recombinante » ; mais tous les vaccins ne sont pas des protéines recombinantes… ?

 

8- Dans les vecteurs viraux eucaryotes, le gènes thérapeutique correspond à l’antigène modifié ?

 

9- A un moment la prof a parlé de gènes employés de maison, je voulais savoir quel était leur rôle dans le cadre de ce cours

 

10- Par rapport à l’exemple des souris j’avais compris qu’être transgénique c’est exprimer le transgène. Mais pourquoi sur le gel électrophorèse la séquence d’intérêt qu’on transfecte dans les ovocytes est visible que pour les souriceaux qui expriment le transgène (alors que ceux qui ne l’exprime pas sont censés l’avoir aussi donc ça devrait être visible sur le gel non ? )

Je n’ai pas compris non plus pourquoi on ne pouvait pas faire s’accoupler une souris 1 et 3, ils ne sont pas censés avoir le même transgène ? (la prof a dit qu'on pouvait "perdre" le gène d'intérêt et avait parlé d’euchromatine et hétérochromatine mais ça reste un peu flou)

 

11- Dans un QCM du TAT « Toute protéine peut être produite dans toute cellule »

Faux car modif post traductionnelles eucaryotes ou B et pas de modif post traductionnelle : bactéries

((Mais il me semble que la prof avait dit que les B pouvaient faire les 2 mais qu’il n’y avait pas d’intérêt a faire des modif post traductionnelles car ces protéines ne seront pas actives))

Quelqu’un peut me le confirmer svp ?

 

Merci beaucoup !! (désolée pour ce lonng message) 

 

 

[Omie]

Salut, 

 

1- On fait avec des bactéries car c'est plus simple de s'en procurer, leur multiplication est exponentielle donjon peut en avoir des millions à partir d'une seule bactérie en gros.

 

2- je sais pas, si un autre tuteur pourrait y répondre ça serait pas mal.

 

3- Quand tu obtient ton plasmide recombinant, tu vas l'intégrer dans une bactérie afin d'en obtenir un certains nombre due à la multiplication de la bactérie. Ensuite, on récupère les bactéries ayant intégrées le plasmide en les mettant dans un milieu avec antibiotique: celle ayant intégrées le plasmide seront résistantes et donc survivront, les autres mourront. 

 

4- Sur le gel, tu n'as qu'une partie de la séquence c'est pour ça qu'il "manque" des nucléotides. La méthode utilisée est le sequençage de Sanger qui consiste à synthétiser l'ADN d'un fragment qu'on veut séquencer. la séquence obtenue sur le gel correspond à la réplication du brin matrice et donc on obtient le brin codant. 

 

5- La séquence de référence correspond à la séquence sans mutation, même s'il y a des variation entre individu si on une cystéine à un endroit on l'aura chez quasi (rare exception) tous les individus non mutés. Ce qui varie c'est les codons car tu sais que plusieurs codons peuvent donner un même acide aminé.

 

6- C'est juste un autre exemple je pense haha

 

7- Non ça peut être un virus qu'on aura désactivé ou autre.

 

8- Le gène thérapeutique correspond à l'ADN qu'on veut transférer dans une cellule humaine ce qui n'a rien avoir avec un antigène. 

 

9- Ce sont les gènes domestiques qui sont exprimés dans toutes les cellules tel que l'actinie le plus souvent. Ça sert de contrôle sur un gène par rapport à la présence ou l'absence de bande ou de son épaisseur donc la quantité de ce qu'on analyse. 

 

10- Un organisme transgène possède le gène qu'on lui a transférer mais ne l'exprime pas forcement. Et sur ce gel, là où il n'y a pas de bande correspond à une absence de gène donc la souris n'a pas intégrer le gène donc pas trasngénique.

 

11- Je ne saurais pas quoi répondre désole .

[Omie]

Salut, tu pourrais faire un post a part ça serait plus pratique pour ceux qui auront ou ont le même problème que toi ? 

 

 

Il y a 1 heure, romanov a dit :

Salut

j'ai un peu de mal à resoudu l'item D.

comment faire le calcul?

Aussi comment savoir à quel endroit on doit couper le plasmide?

personellement je pense que B est juste car je me suis basé sur la cassette mais je doute que ça soit la bonne methode.

Merci beaucoup !!

 

[S2P2]

Merci @Omie ! 

[FabienDespascito]

Le 16/01/2022 à 12:41, S2P2 a dit :

 

11- Dans un QCM du TAT « Toute protéine peut être produite dans toute cellule »

Faux car modif post traductionnelles eucaryotes ou B et pas de modif post traductionnelle : bactéries

((Mais il me semble que la prof avait dit que les B pouvaient faire les 2 mais qu’il n’y avait pas d’intérêt a faire des modif post traductionnelles car ces protéines ne seront pas actives))

Quelqu’un peut me le confirmer svp ?

 

Merci beaucoup !! (désolée pour ce lonng message) 

Salut, alors ça m'étonnerait que Couderc vous ait dit ça, car les modifications post-traductionnelle chez les bactéries n'existent pas car la transcription et la traduction se font en même temps, c'est pour ça qu'il n'y a pas de post ou de pré, tout ce fait en même temps

Ca s'explique car les bactéries n'ont pas de noyau donc tout se passe au même endroit au même moment

Le 16/01/2022 à 12:41, S2P2 a dit :

2- Quand on met des vecteurs et des gènes d’intérêt avec des ligases, la prof a dit qu’on pouvait obtenir potentiellement 4 choses dans le tube :

- le fragment non inséré

- le fragment du plasmide refermé sur lui même

- le fragment bien inséré

- ? jsp (le fragment du plasmide ouvert ?? si c’est ça j’aimerais bien savoir pourquoi certains sont toujours ouverts alors que d’autres sont fermés)

Salut je sais pas trop, ça m'étonnerait beaucoup que ce soit le fragment du plasmide ouvert, par contre je pense que c'est le fragment inséré mais dans le mauvais sens, c'est à dire retourné. Tu vois ce que je veux dire ?

[S2P2]

Il y a 23 heures, FabienDespascito a dit :

les modifications post-traductionnelle chez les bactéries n'existent pas car la transcription et la traduction se font en même temps, c'est pour ça qu'il n'y a pas de post ou de pré, tout ce fait en même temps

Ca s'explique car les bactéries n'ont pas de noyau donc tout se passe au même endroit au même moment

Ah mince j'ai dû mal comprendre alors, c'est vrai que c'est logique.

Il y a 23 heures, FabienDespascito a dit :

par contre je pense que c'est le fragment inséré mais dans le mauvais sens, c'est à dire retourné. Tu vois ce que je veux dire ?

Oui je pense que tu as raison, je suis tombée sur des QCM qui parlaient du sens d'insertion de la cassette. Merci !

Edited January 19, 2022 by S2P2