Techniques d'études du vivant: cours séquençage

[LaissezMoiPASSer]

Salut! 

j'ai pas bien compris une diapo du cours d'aujourd'hui (n°41)

En gros ici on nous dis que la bonne amorce est la 3, et qu'on lit le brin A.

Pour l'amorce je suis ok, mais pas pour le brin lu donc je pense que j'ai pas bien compris le schéma.

je prends en compte que la partie supérieur du plasmide (osef de Hindlll)

Pour moi sur ce schéma l'amorce 3 se positionne sur le brin B (brin qui est du coup 5'->3' de droite à gauche vu que l'amorce l'est de gauche à droite). Sauf que si elle est sur le brin B, on devrait lire le brin B et synthétise un brin complémentaire et donc A.

 

Si quelqu'un a compris ce schéma et peut m'expliquer 

Edited January 5, 2022 by LaissezMoiPASSer

[Dr_Zaius]

  On 1/5/2022 at 10:44 AM, LaissezMoiPASSer said:

Pour moi sur ce schéma l'amorce 3 se positionne sur le brin B (brin qui serait du coup 5'->3' de gauche à droite vu que l'amorce l'est de droite à gauche). Sauf que si elle est sur le brin B, on devrait lire le brin B et synthétise un brin complémentaire et donc A.

 

Si quelqu'un a compris ce schéma et peut m'expliquer 

Expand  

Coucou @LaissezMoiPASSer Tout est juste jusqu'à la partie que je viens de "citer" dans ton raisonnement.

Je m'explique en gros c'est bien l'amorce 3 qui se positionne en antiparallèle (comme toujours) du brin B. On sait qu'on polymérise en 5' -> 3' (là aussi comme toujours) donc le brin obtenu qui correspond à la suite de l'amorce 3 en 3' justement est l'antiparallèle du brin B à savoir le brin A. Pas besoin de se casser la tête plus longtemps !

 

[bunot]

  On 1/5/2022 at 10:44 AM, LaissezMoiPASSer said:

(brin qui serait du coup 5'->3' de gauche à droite vu que l'amorce l'est de droite à gauche)

Expand  

Je sais pas si t'as confondu ta droite et ta gauche mais c'est l'inverse (c'est d'ailleurs pour ça qu'on utilise l'amorce 3 qui est prolongée par la droite => vers la séquence d'intérêt).

 

  On 1/5/2022 at 10:44 AM, LaissezMoiPASSer said:

Sauf que si elle est sur le brin B, on devrait lire le brin B et synthétise un brin complémentaire et donc A.

Expand  

C'est exactement ce qu'elle a dit en cours

 

  On 1/5/2022 at 10:44 AM, LaissezMoiPASSer said:

En gros ici on nous dis que la bonne amorce est la 3, et qu'on lit le brin A.

Expand  

C'est bon je viens de voir le problème. Quand elle a dit qu'on lisait le brin A elle parler de le lire sur la chromatographie (et non la polymérase qui lit le brin A). Le brin A a été synthétiser grâce à l'amorce 3 et on (les chercheurs) lit la séquence sur la chromatographie.

Edited January 5, 2022 by bunot

[LaissezMoiPASSer]

@Dr_Zaius et @bunot J'avais bien compris le schéma en fait, juste je suis trop conne à encore confondre ma droite et ma gauche  déso et merci

 

  On 1/5/2022 at 12:05 PM, bunot said:

  On 1/5/2022 at 10:44 AM, LaissezMoiPASSer said:

En gros ici on nous dis que la bonne amorce est la 3, et qu'on lit le brin A.

Expand  

C'est bon je viens de voir le problème. Quand elle a dit qu'on lisait le brin A elle parler de le lire sur la chromatographie (et non la polymérase qui lit le brin A). Le brin a été synthétiser grâce à l'amorce 3 et on (les chercheurs) lit séquence sur les chromatographie.

Expand  

Mais du coup merci @bunot !!

[Dr_Zaius]

  On 1/5/2022 at 12:16 PM, LaissezMoiPASSer said:

@Dr_Zaius et @bunot J'avais bien compris le schéma en fait, juste je suis trop conne à encore confondre ma droite et ma gauche  déso et merci

 

Expand  

t'inquiètes on y a tous laissé quelques cheveux sur ce schéma !

Petit tips du psy : tant que possible essaie de ne pas prendre comme habitude de te juger si sévèrement, tu es loin d'être bête au contraire un idiot n'aurait pas pausé la question, il aurait passé son chemin (spoil : celui de la réussite). 

Bien à toi et bonne année !

[Couzouféroce]

  On 1/5/2022 at 10:44 AM, LaissezMoiPASSer said:

Pour moi sur ce schéma l'amorce 3 se positionne sur le brin B (brin qui est du coup 5'->3' de droite à gauche vu que l'amorce l'est de gauche à droite). Sauf que si elle est sur le brin B, on devrait lire le brin B et synthétise un brin complémentaire et donc A

Expand  

@Dr_Zaius... Salut, pour ma part j'ai compris différement le schéma que ce dont vous parlez, je me trompe peut-être, mais pour moi, le brin B, est le brin néosynthétisé, qui à pour brin sens le A.

Or si je comprends votre raisonnement:

  On 1/5/2022 at 11:26 AM, Dr_Zaius said:

Je m'explique en gros c'est bien l'amorce 3 qui se positionne en antiparallèle (comme toujours) du brin B

Expand  

alors qu'au contraire, je dirait que :

-l'amorce 3 est le brins B (enfin "en fait partie" mais vous avez compris je pense) et le brin B n'est pas un brin matrice, mais l'antiparallèle de A...

 

Et d'après moi, c'est donc pour ça qu'on lit le Brin A, car on lit le brin sens, et non pas le néosynthétisé, de plus j'ai du mal a conceptualiser le cas où on ferait face à un plasmide "tridirectionnel" après l'action de la polyIII ???

Est-ce que mon raisonnement est compréhensible? dans ma tête il parait totalement clair, mais à expliquer c'est plus complexe...

oups ** pas tri directionnel, mais trois brins *

Edited January 5, 2022 by Couzouféroce

[LaissezMoiPASSer]

@Dr_Zaius Bonne année à toi aussi et merci du tips mais tqt moi ça me permet de garder les pieds sur terre

 

et @Couzouféroce je pense que tu te trompes au même endroit que moi quand on parle de lecture, en fait:

  On 1/5/2022 at 12:05 PM, bunot said:

Quand elle a dit qu'on lisait le brin A elle parler de le lire sur la chromatographie (et non la polymérase qui lit le brin A). Le brin A a été synthétiser grâce à l'amorce 3 et on (les chercheurs) lit la séquence sur la chromatographie.

Expand  

Et l'amorce 3 n'est pas partie intégrante du brin B mais bien posée dessus en antiparallèle, sinon on pourrait pas synthétiser quoi que ce soit.

Je sais pas si ça répond à ta question?

[bunot]

  On 1/5/2022 at 1:01 PM, Couzouféroce said:

-l'amorce 3 est le brins B

Expand  

Elle a doublé le trait, elle ne l'aurait pas fait d'après ce que tu dis

  On 1/5/2022 at 1:01 PM, Couzouféroce said:

j'ai du mal a conceptualiser le cas où on ferait face à un plasmide "tridirectionnel" après l'action de la polyIII ???

Expand  

Moi aussi, elle n'a cependant pas préciser comment ça se passer mais il y a sûrement une étape de dénaturation comme vu au 1er "semestre" dans le cas des PCR, et la synthèse ne se fait pas en entier, juste les 400 1er nucléotides. Rappelles toi qu'on veut prélever ce qu'on synthétise pour lire la séquence.

Après peut être je me trompe mais il me semble que ça : 

  On 1/5/2022 at 11:26 AM, Dr_Zaius said:

le brin obtenu qui correspond à la suite de l'amorce 3 en 3' justement est l'antiparallèle du brin B à savoir le brin A

Expand  

c'est bien ce qu'elle a dit en cours (si quelqu'un à l'audio...)

[Couzouféroce]

  On 1/5/2022 at 1:20 PM, LaissezMoiPASSer said:

Et l'amorce 3 n'est pas partie intégrante du brin B mais bien posée dessus en antiparallèle, sinon on pourrait pas synthétiser quoi que ce soit.

Je sais pas si ça répond à ta question

Expand  

oui, c'est vrai... j'avais pas pris en compte la synthèse 

 

et @bunot je pense que la dénaturation n'as pas lieu d'être, cela peut tout simplement fonctionner comme dans la réplication avec un oeil de réplication comme chez les procaryotes, en fait mon raisonnement était pas très fondé

[Dr_Zaius]

Nous nous sommes peut-être égaré les amis : si la question est bien "A quoi correspond parmis les brins A et B, la suite de l'amorce 3" Alors je ne peux que répondre qu'il s'agit d'un brin antiparallèle au brin A (ce dernier étant antiparallèle comme l'indique le schéma à l'amorce 3) et donc qu'il s'agit du brin B !

[Couzouféroce]

  On 1/5/2022 at 1:37 PM, Dr_Zaius said:

Nous nous sommes peut-être égaré les amis : si la question est bien "A quoi correspond parmis les brins A et B, la suite de l'amorce 3" Alors je ne peux que répondre qu'il s'agit d'un brin antiparallèle au brin A (ce dernier étant antiparallèle comme l'indique le schéma à l'amorce 3) et donc qu'il s'agit du brin B !

Expand  

Mais voilà ! 

S'il était synthétisé par complémentarité au brin B, alors il serait strictement parallèle au A

mais après, faut qu'un tuteur confirme, mais je pense que mon raisonnement est plausible, après peut-être que non

Au risque d'erreur alpha 

[bunot]

  On 1/5/2022 at 1:37 PM, Dr_Zaius said:

Alors je ne peux que répondre qu'il s'agit d'un brin antiparallèle au brin A (ce dernier étant antiparallèle comme l'indique le schéma à l'amorce 3) et donc qu'il s'agit du brin B !

Expand  

Non : Le schéma est mal fait car elle ne met pas le sens des brins, uniquement celui des amorces. Elle a mis l'amorce 3 du côté du brin B pour montrer que c'était l'amorce qui venait s'appareiller sur le brin B à mon avis. Je suis sûr qu'elle a dit qu'on utilisait l'amorce 3 (bon ça on est tous d'accord) et qu'on lisait sur la chromatographie => qu'on synthétisait le A. J'en suis sûr car je pensais au début que c'était le B et quand elle a dit que c'était le A je me suis rappelé mes cours de génome du 1er semestre (oui j'ai la mémoire courte ) et effectivement j'avoue que j'avis oublié que si l'amorce se fixe sur un brin elle synthétise l'autre.

  On 1/5/2022 at 1:51 PM, Couzouféroce said:

S'il était synthétisé par complémentarité au brin B, alors il serait strictement parallèle au A

Expand  

Mais c'est le cas si on utilise l'amorce 3

[Couzouféroce]

  On 1/5/2022 at 1:53 PM, bunot said:

lisait sur la chromatographie => qu'on synthétisait le A

Expand  

Ca c'est sur que c'est faux! le brins A sert dans tout les cas de brin sens.

Ce qui m'intrigue dans ton raisonnement c'est que si c'était possible, alors cela ressemblerait à une reverse transcriptase faite directement à partir d'ADNc utilisé dans le plasmide, ce qui au final... n'apporterai pas grand chose. 

De plus, on voit clairement sur le schéma qu'on a affaire a un plasmide à 2 brin 5'->3' et 3'->5'

or dans ton cas on aurait trois brins 3'->5' 5'->3' 3'->5'

 

  Reveal hidden contents

en plus faut avoir la foi pour contredire @Dr_Zaius

 

@pomelo ... t'en penses quoi ???

bonne chance pour tout lire

ou @Sans-Visage

je sais pas trop qui est RM UE 11...

Edited January 5, 2022 by Couzouféroce

[pomelo]

hellooo,

 

j'invoque @FabiaventDenoël pour vous répondre, il pourra mieux vous éclairer que moi

(et j'en profite pour déplacer le sujet, on a créé différentes sous-matières et cette question correspond à une question de recherche )

[bunot]

  On 1/5/2022 at 2:03 PM, Couzouféroce said:

Ca c'est sur que c'est faux!

Expand  

Ca c'est surtout ce qu'elle a dit à l'oral jusqu'à preuve du contraire.

 

  On 1/5/2022 at 2:03 PM, Couzouféroce said:

Ce qui m'intrigue dans ton raisonnement c'est que si c'était possible, alors cela ressemblerait à une reverse transcriptase faite directement à partir d'ADNc utilisé dans le plasmide, ce qui au final... n'apporterai pas grand chose. 

Expand  

Rien compris

 

  On 1/5/2022 at 2:03 PM, Couzouféroce said:

De plus, on voit clairement sur le schéma qu'on a affaire a un plasmide à 2 brin 5'->3' et 3'->5'

Expand  

Elles sont où les flèches (me montre pas les flèches des amorces stp)

 

  On 1/5/2022 at 2:03 PM, Couzouféroce said:

dans ton cas on aurait trois brins 3'->5' 5'->3' 3'->5'

Expand  

Pourquoi tu me parles de 3 brins à chaque fois ? Tu prends ton plasmide, tu dénature, tu mets l'amorce 3, elle s'apparie au brin B, tu prends une ADN polymérase, elle commence à synthétiser du A jusqu'à l'incorporation d'un ddXTP (là où les mathématiciens sont forts c'est qu'ils font un sorte que ça arrive avant 400 nucléotides) ducoup elle recommence à synthétiser etc... Et à la fin t'as plein de brins A à moitié fini sur t'as chromatographie => tu lis la séquence du brin A

[FabienDespascito]

  On 1/5/2022 at 2:06 PM, pomelo said:

j'invoque @FabiaventDenoël

Expand  

YESSS une raison pour procrastiner les révisions

 

Alors vous avez beaucoup parlé mdrr, ça m'a embrouillé 

Mais ce qu'il faut retenir dans ce que vous avez dit c'est : 

  On 1/5/2022 at 12:05 PM, bunot said:

Quand elle a dit qu'on lisait le brin A elle parler de le lire sur la chromatographie (et non la polymérase qui lit le brin A). Le brin A a été synthétiser grâce à l'amorce 3 et on (les chercheurs) lit la séquence sur la chromatographie.

Expand  

Donc c'est le brin que l'on synthétise, l'ADNc que l'on lit 

 

L'amorce 3 ne fait pas partie du brinB, il vient se poser sur le brin B. Donc va synthétiser le brin complémentaire du brin B, donc le brin A 

Voilà faut pas se casser la tête plus longtemps

  On 1/5/2022 at 2:03 PM, Couzouféroce said:

Ca c'est sur que c'est faux! le brins A sert dans tout les cas de brin sens.

 

Expand  

No no le brin A ne sert pas dans tout les cas de brins sens, l'amorce 3 est sur le brin B

 

[Couzouféroce]

  On 1/5/2022 at 2:33 PM, FabiaventDenoël said:

YESSS une raison pour procrastiner les révisions

 

Alors vous avez beaucoup parlé mdrr, ça m'a embrouillé 

Mais ce qu'il faut retenir dans ce que vous avez dit c'est : 

Donc c'est le brin que l'on synthétise, l'ADNc que l'on lit 

 

L'amorce 3 ne fait pas partie du brinB, il vient se poser sur le brin B. Donc va synthétiser le brin complémentaire du brin B, donc le brin A 

Voilà faut pas se casser la tête plus longtemps

Expand  

 Ah ok, en fait c'était bien vrai @bunotpossède la vérité!

et pourquoi on se casse la tête comme ça, c'est vrai ca

[FabienDespascito]

  On 1/5/2022 at 2:36 PM, Couzouféroce said:

et pourquoi on se casse la tête comme ça, c'est vrai ca

Expand  

ahahah calmos, calmos, travaillez la mineure si vous avez rien à faire en ce début de semestre 

[bunot]

  On 1/5/2022 at 2:36 PM, Couzouféroce said:

et pourquoi on se casse la tête comme ça, c'est vrai ca

Expand  

C'est vrai qu'en théorie on a mieux à faire mais j'adore me casser la tête