Poly de l'avent: page 11 Biochimie qcm 28

[Cerbaz]

Coucou,

J'ai du mal a faire le QCM 28 page 11...

 

Merciii d'avanceeee

 

 

 

[TimTim]

Salut !

 

Alors pour ce QCM, on te parle d'une chromatographie échangeuse de cations, donc en gros les acides aminés chargés positivement seront retenus sur la colonne de chromatographie car la phase stationnaire est chargée négativement. Il va donc falloir que tu calcule le point isoélectrique des acides aminés qu'on te donne pour déterminer leur charge et en déduire leur ordre de sortie de la colonne de chromatographie.

- l'arginine a une chaine radicale basique, donc sont Pi = (PKa + PKr)/2 = (9,3 + 10,5 )/ 2 = 9,9

- l'aspartate a une chaine acide, donc Pi = ( PKb + PKr )/2 = (4+2)/2 = 3

- La leucine n'a aucun radical particulier chargé, on applique donc la formule de base : Pi = (PKa + PKb )/2 = (9,3 + 2,1)/2 = 5,7

 

Ensuite, pour déterminer la charge des acides aminés, il faut retenir que :

- PHi > PH --> aa chargé +

- PHi = PH --> aa non chargé

- PHi < PH --> aa chargé -

 

Ici, on part du principe que tout les aa sont chargés positivement et retenus sur la colonne de chromatographie au début.

On va donc éluer en augmentant progressivement le PH et dès que le PH devient supérieur au PHi, l'aa est élué. On en déduis donc que l'aa qui a le PHi le plus faible sortira en premier.

L'ordre de sortie est donc : Asp -> Leu -> Arg

 

Voilà !! J'espère que ça t'a aidé, n'hésite pas à revenir si tu as d'autres questions !  

 

 

[Cerbaz]

Merciii la démarche est tres claire j'ai bien compris sauf pour les données de l'énoncé permettant de calculer les points isoelectriques je ne comprends pas comment il faut les prendre/les choisir:

 

Pour vous aider dans cette quête on vous donne les pK suivants : a-aminé : 9,3, a-carboxylique : 2,1, e-aminé : 10,5, y-carboxylique : 4.

[TimTim]

En fait, ici, a veut dire "alpha", e "epsilon" et y veut dire "gamma". Ca fait référence aux différents groupements et à leur position dans la structure de l'acide aminé.

En gros, tout les acides aminés on un groupement COOH et NH3, qui sont dit "alpha", car ils sont tout les deux reliés au carbone numéro 1 de la molécule, qui est aussi appelé carbone alpha.

Après, si tu regarde la structure des autres acides aminés, tu remarque que l'aspartate possède en plus un groupement COOH dans sa chaine ramifiée sur son carbone "gamma" ( là encore une histoire de numérotation des carbones ), et que l'arginine possède un groupement NH3 sur son carbone "epsilon".

 

Après du coup, pour savoir quels groupement utiliser pour calculer le PHi, il faut que tu saches que :

- Pour les acides aminés acides ( asp et glu, qui présentent un groupement acide dans leur chaine ramifiée ), il faut faire : ( PK  a-carboxylique + PK chaine ramifiée )/2

- Pour les acides aminés basiques ( arg et lys ), qui présentent un groupement NH3 basique dans leur chaine ramifiée, il faut faire: ( PK a-aminé + PK chaine ramifié )/2

- Pour les autres acides aminés qui n'ont pas de groupement chargé dans leur chaine ramifiée, tu dois faire ( PK a-aminé + PK a-carboxylique )/2

 

J'espère que c'est plus clair pour toi, n'hésite pas si t'as d'autres questions ! 

Apprendre les structures de tout les aa par cœur n'est pas forcément obligatoire, mais essaye de retenir au moins ceux qui présentent ce genre de particularités afin d'appliquer la bonne formule.

Bonne soirée !  

[blackat]

pour les acides aminés acides "PK chaine ramifiée" c'est gamma et pour les basique c'est epsilon?

 

Le 28/11/2021 à 10:39, TimTim a dit :

 

- l'arginine a une chaine radicale basique, donc sont Pi = (PKa + PKr)/2 = (9,3 + 10,5 )/ 2 = 9,9

- l'aspartate a une chaine acide, donc Pi = ( PKb + PKr )/2 = (4+2)/2 = 3

- La leucine n'a aucun radical particulier chargé, on applique donc la formule de base : Pi = (PKa + PKb )/2 = (9,3 + 2,1)/2 = 5,7

 

j'avais noté que phi d'un aa acide= (pka+pkr)/2 parce que j'avais compris que "pka" pour acide et "pkb" pour basique...

[TimTim]

C'est ça, en fait c'est lié à la structure de l'acide aminé. Le Glutamate présente un groupement COOH sur son carbone gamma , donc gamma-carboxylique, et l'arginine c'est epsilon-aminé car le groupement NH3 est sur son carbone epsilon.