PCR...

[Dr31100]

Bonsoir aujourd'hui au TD de génome j'ai remarqué que encore une fois je ne comprenait RIEN a cette technique de mort de PCR, j'ai beau regarder la technique du TAT, je la comprend et quand je pense enfin avoir compris je fais un qcm et puis c'est repartit pour que je m'emmêle je comprenne à nouveau plus rien. Est-ce quelqu'un aurait le courage de m'expliquer avec cet exemple du TD cette fameuse technique de PCR que je la maitrise enfin une fois pour toute

 

Soit la séquence en ADN du brin codant suivante :

5’ACGTTCTGCAATCTGCTAACGTGCGT……TCGTCTCGATTAGCCCTGATCGAGT3’

Afin d’amplifier cette séquence par PCR peuvent être utilisées les amorces suivantes :

a) 5’-GTTCTGCAATCTGCTA-3’ et 5’-TCGATCAGGGCTA-3’

b) 5’-GTTCTGCAATCTGCTA-3’ et 5’-AGTCCCGATTAGCG-3’

c) 5’-TGCAATCGTCTAACG-3’ et 5’-AGTCCCGATTAGCT-3’

d) 5’-ACGTTAGCAGATTGC-3’ et 5’-TCGTCTCGATTAGC-3’

e) 5’-AATCTGCTAACGTGC-3’ et 5’-ACTCGATCAGGGCT-3’

 

Je vous écris ici le brin complémentaire :  3'  TGCAAGACGTTAGACGATTGCACGCA....AGCAGAGCTAATCGGGACTAGCTCA  5' 

[LSB]

Salut @Dr31100

 

Alors pour les QCMs de PCR, il faut tout d'abord comme ce que tu as fait trouver le brin complémentaire. 

 

Ensuite, il faut savoir que normalement le premier morceau de l'amorce qu'on te propose dans les items doit être équivalent à ton brin d'ADN donné dans l'énoncé sur sa première partie. 

il y a une heure, Dr31100 a dit :

5’ACGTTCTGCAATCTGCTAACGTGCGT

 

La deuxième partie de ton amorce doit être égale à ton brin complémentaire trouvé orienté 5'-3'. (attention à l'orientation dans les items et le brin que tu viens de trouver) : 

il y a une heure, Dr31100 a dit :

AGCAGAGCTAATCGGGACTAGCTCA  5'

 

Une fois que tu as fait ça tu as trouvé tes couples d'amorces pour pouvoir amplifier ton ADN. 

[Echo]

kikouuuuuu @Dr31100!

 

Alors (tu as les réponses? c'est a et e normalement qui sont vraies non?)

 

 

An gros les amorces (que j'ai ici représentées en tant que A1 et A2) vont s'hybrider chacune à un des deux brins pour qu'après élongation il y ait reformation de deux doubles brins. Ainsi tu multiplie ton information par 2. (le but du PCR étant d'augmenter l'information)

 

Pour s'hybrider tu es d'accord qu'il faut que les nucléotides de l'amorces soient complémentaires au brin qui leur sert de matrice?

Sachant que la formation de l'amorce se fait de 5' --> 3' en lisant sa matrice de 3' --> 5'

Et il ne faut pas oublier de réécrire les amorces de 5' en 3' pour ne pas t'embrouiller!

Je te conseille de faire ce schéma pour t'aider à le visualiser le jour du concours

 

Si qqun veut me corriger ou ajouter quelque chose n'hésitez pas!

 

Est-ce que c'est plus clair?

@LSB damn je me suis faite doubler

[SBY]

Hello @Dr31100 ! 

 

On va essayer d'éclaircir tout ça ! 

Quand on fait une PCR, le but va être d'amplifier les deux fragments d'ADN. Donc pour cela, on aura besoin de deux amorces. L'une (l'amorce sens) s'hybride avec le brin anti-sens (orienté 3'-5') et aura ainsi, la même séquence que celle proposée dans l'énoncé _{car sa séquence est complémentaire et antiparallèle au brin anti-sens.} 

La deuxième amorce, amorce anti-sens, va s'hybrider avec le brin sens (orienté 5'-3') et aura donc la même séquence que le brin complémentaire au brin proposé dans l'énoncé.

Ce sera toujours présenté comme ça dans les QCM, Bettina n'inversera pas : première amorce=amorce sens (lue sur le brin de l'énoncé)  et deuxième amorce=amorce anti-sens (lue sur le brin complémentaire à celui de l'énoncé)

Je te mets ce schéma qui peut peut-être t'aider à visualiser. 

 

 

Maintenant pour reprendre le QCM.

Révélation

D'ailleurs merci d'avoir écrit le brin complémentaire !  

 

A) 5’-GTTCTGCAATCTGCTA-3’ et 5’-TCGATCAGGGCTA-3’

 

5’ ACGTTCTGCAATCTGCTAACGTGCGT……TCGTCTCGATTAGCCCTGATCGAGT 3’

3' TGCAAGACGTTAGACGATTGCACGCA.......AGCAGAGCTAATCGGGACTAGCTCA 

 

Vrai 

 

b) 5’-GTTCTGCAATCTGCTA-3’ et 5’-AGTCCCGATTAGCG-3’

 

5’ ACGTTCTGCAATCTGCTAACGTGCGT……TCGTCTCGATTAGCCCTGATCGAGT 3’

3'  TGCAAGACGTTAGACGATTGCACGCA....AGCAGAGCTAATCGGGACTAGCTCA 

 

Les deux séquences sont retrouvées au niveau du même brin. La deuxième amorce n'est pas bonne (la séquence que l'on retrouve est orientée 3'-5' et non 5'-3'). Et surtout on doit avoir une amorce par brin ! 

 

c) 5’-TGCAATCGTCTAACG-3’ et 5’-AGTCCCGATTAGCT-3’

 

5’ ACGTTCTGCAATCTGCTAACGTGCGT……TCGTCTCGATTAGCCCTGATCGAGT 3’

3'  TGCAAGACGTTAGACGATTGCACGCA....AGCAGAGCTAATCGGGACTAGCTCA 3'

 

Pareil que B

 

d) 5’-ACGTTAGCAGATTGC-3’ et 5’-TCGTCTCGATTAGC-3’

 

5’ ACGTTCTGCAATCTGCTAACGTGCGT……TCGTCTCGATTAGCCCTGATCGAGT 3’

3'  TGCAAGACGTTAGACGATTGCACGCA....AGCAGAGCTAATCGGGACTAGCTCA 

 

Ici, c'est la première amorce qui ne fonctionne pas ! On ne retrouve pas sa séquence sur le brin sens. 

 

e) 5’-AATCTGCTAACGTGC-3’ et 5’-ACTCGATCAGGGCT-3’

 

5’ ACGTTCTGCAATCTGCTAACGTGCGT……TCGTCTCGATTAGCCCTGATCGAGT 3’

3'  TGCAAGACGTTAGACGATTGCACGCA....AGCAGAGCTAATCGGGACTAGCTCA 

 

Ici, tout fonctionne donc Vrai

 

Hésite pas si c'est toujours pas clair pour toi. 

Bonne soirée ! 

 

 

Edit : @LSB @Echo_est_Las vous êtes trop rapide 

[Dr31100]

Super merci je viens de faire les annale sur ce type de qcm et je crois que c'est bon merci !! ( j'était à 2 doigt de craquer mdr ). J'ai juste une petite question est ce que la première amorce sera toujours sur le brin donné dans l'énoncé ou elle peut être sur le brin complémentaire en bas ( et donc on doit inverser pour 5' 3' vers la gauche )

[LSB]

Normalement oui parce que sinon les amorces ne seront pas dans le bon sens je crois.