Peptide

[camcam0412]

Bonjour !  

J'arrive pas à savoir comment trouver si un aa est polaire ou apolaire est ce que on peut le trouver ou il faut apprendre la liste par cœur ? 

Et ensuite est ce que la trypsine coupe aussi après l'histidine ou seulement après lysine et arginine ? 

Et ensuite est ce que les méthodes de calculs pour calculer le ph d'un peptide et d'un aa sont les mêmes ? Je me mélange un peu avec les formules, les pka, les pkb et les pkr est ce que quelqu'un aurait un petit récap assez clair des différentes formules et méthodes pourles calculs ? 

 

Merci d'avance !! :))

 

[nemnémo-raux]

Coucou @camcam0412 !!!

1) Tout d'abord, un AA polaire c'est un AA qui possède un groupement ionisable tel que : SH, OH, =O, NH3... Attention les N dans les cycles ne sont pas ionisables !!

Au total il y en a 11 : AA polaires

 

2) La trypsine coupe après la lysine et l'arginine, mais ne coupe pas après l'histidine !!

 

3) Non les méthodes de calculs ne sont pas les mêmes ! Elles sont cependant semblables. Dans le calcul d'un pHi d'un peptide, on ne prend pas en compte l'extrémité N terminale du deuxième AA et l'extrémité C du premier AA. C'est en cela qu'elles sont différentes ! Je te conseille d'aller voir ces liens calcul pHi AA et celui-ci calcul pHi peptide

 

N'hésites pas à revenir vers nous si tu n'as toujours pas compris !!! 

bisous glucidiques

[camcam0412]

Merci beaucoup !! Mais ducoup est ce que ca veut dire que pour les AA les plus acides ex : asp il est le plus chargé négativement parce que il est le plus acide ? (pour la colonne échanceuse de cation) et ensuite puisque leu est à 5 et Lys à 9 il à le plus de charge positives ? 

Je sais pas si ma question est claire mais en fait je n'arrive pas a voir comment on trouve les charges est ce que ca a un lien avec le phi ? 

Et ensuite les pka et les pkb nous seront donnés ? 

J'avoue que je suis un peu perdue... 

[nemnémo-raux]

Il y a 18 heures, camcam0412 a dit :

Mais ducoup est ce que ca veut dire que pour les AA les plus acides ex : asp il est le plus chargé négativement parce que il est le plus acide ? (pour la colonne échanceuse de cation) et ensuite puisque leu est à 5 et Lys à 9 il à le plus de charge positives ? 

Exactement !! Plus un AA est acide, plus son pH baisse = plus son pH est petit = -

Plus un AA est basique, plus son pH est élevé = plus son pH est grand = +

et au milieu il y a la neutralité à 7 !

Les liens que je t'ai donné ne sont pas très clairs ? Jsp si tu les as vu. 

 

En fait, tu prends ton AA Asp.

1) Il a comme tous les autres AA un groupement COO- acide donc chargé - et un groupement NH3+ basique donc chargé +. Ces groupements correspondent aux pk alpha aminé (disons 9,3, pas à savoir) et alpha carboxylique (2,1, pas à connaître) dans ton énoncé. TOUJOURS alpha.

Cela nous fait donc 1 charge + et 1 charge -. 

 

2) Ensuite, on examine son radical : il possède une fonction COO- carboxylique. Donc une charge - se rajoute. Cela correspond au pk gamma/epsilon (jsplus hihi) carboxylique ( 4, pas à savoir !). Généralement, après avoir éliminé les pk alpha, il ne va pas t'en rester bcp : le prof ne piégera pas sur gamma/epsilon car il faut que tu puisses calculer le pHi. Tu prends donc le pk carboxylique qui reste. 

On a donc 1 charge + et 2 charges -.

 

3) Tu te fais une échelle de pk que tu viens de relever, dans l'ordre croissant  (ici 3)

 

2,1--------------------------------4-----------------------------------9,3

 

4) Tu ajoute le nombre de charges que tu as relevé, soit de  1+ à  2-, sur ta merveilleuse échelle, dans l'ordre décroissant :

 

                                2,1--------------------------------4-----------------------------------9,3

            +1                                            0                                                       -1                                              -2

 

5) Tu relèves les valeurs autour de 0, qui correspondent à la forme zwitterion de l'AA. Tu fais la moyenne des deux. Ici ça donne pHi Asp = 3 

 

 

 

Et bien sûr que les pk vous seront donnés

Voilààààààààààààà

 

 

 

[camcam0412]

Super merci beaucoup vraiment ta réponse est top merci beaucoup !!!! Mais juste pour être sure on ne prend pas en compte les CH2 qui à dans le radical et pour savoir gamma ou epsilon ou beta il faut connaitre les structures du coup... Mais merci beaucoup vraiment !!