Questions diverses de métabolisation

[Dr_Life_is_Strange]

Bonjour, je me suis posé quelques questions en révisant les cours sur le métabolisme :

- Questions qui peut sembler stupide mais quand on nous dit de n'apprendre que les étapes irréversibles du cycle de Kerbs, le reste vraiment on y consacre pas de temps du tout ou il faut connaitre la base ?

- J'ai besoin d'une confirmation parce que ça me semble fou : il y a vraiment des acides aminés qui servent à former des substrats pour le cycle de Kerbs ? Parce que ça semble clair mais je trouve incroyable !

- Est-ce que c'est l'eau qui fait tourner F0 ou c'est les protons ?

- Il y a un lien entre les cytochromes et les protéines Fe-S ?

Voilà merci elles sont pas compliqués mais c'est plus pour confirmer ce que j'ai compris ! 

[Dr_Zaius]

Coucou @Dr_Life_is_Strange !

Pour la première question je dirai qu'il faut quand même pas ignorer les produits des réactions qui ne sont pas irréversibles car ceux-ci sont les substrats des réactions irréversibles donc pour pas se mélanger les pédales en partant des produits d'une réaction X et en se demandant si après cette réaction il peut y avoir la réaction Y il faut se dire que même si le produit de la X est pas le substrat de Y il peut y avoir des réactions entre les deux donc ça peut être possible. Voilà ce que j'ai compris.

Ensuite oui j'étais étonné que Ala, Ser et Cys puissent donner du pyruvate et ensuite j'ai regardé la tronche du pyruvate et là j'ai compris que c'était pas si compliqué de passer de l'alanine au pyruvate par exemple :

Ensuite je suis catégorique c'est les protons qui permettent la rotation de la sous unité F0 de l'ATP synthase car c'est ces derniers qui part leur gradient sont la source d'énergie pour la création d'ATP.

Et enfin oui il y a carrément un lien car le cytochrome C par exemple est une protéine seule qui est liée à un hème lié à lui-même à la protéine via des liaisons covalentes. Pour les autres cytochromes les hèmes sont généralement libres.

[Dr_Life_is_Strange]

Merci @Dr_Zaius tu gères mais ducoup tu peux m'expliquer un peu la structure d'un cytochrome s'il te plaît parce que j'avais pas compris que ces deux éléments étaient reliés...

[Dr_Zaius]

En réalité la plupart des cytochromes on une structure assez proche de l'hémoglobine. avec une protéine à la périphérie et un noyau d'hème au milieux.  Je te met la structure du Cytochrome P450 le petit chouchou de Sénard tu vois l'hème au milieux et la structure protéique qui l'entoure. L'hème étant un noyau tétrapyrolle avec en son centre un atome de Fer. l'hème n'est pas lié d'habitude de façon covalent à la partie protéique du cytochrome mais dans le cas du cytochrome C d'aujourd'hui l'hème est lié à la protéine par des cystéines via des liaisons covalentes les autres cytochromes on des hèmes libres.

C'est bon pour toi @Dr_Life_is_Strange

Je rajouterai que dans la mitochondrie on a des structures atypiques avec fixation de plusieurs fers ce qui donne un pouvoir redox beaucoup plus important