AA et peptides

[S2P2]

Salut, 

J'ai une question par rapport au calcul du pHi, comment on peut savoir à quels AA correspondent les pK (alpha aminé, alpha-carboxylique, epsilon-aminé, gamma-carboxylique ...) Est ce que pour calculer le pHi d'un AA basique on fait toujours la moyenne de tous les pK basiques (et pareil pour les AA acides ?)

Et par rapport au calcul d'un pHi d'un peptide, on peut juste faire la moyenne des pK qui entourent le "0" non ? (je ne comprends pas trop l'intérêt d'intercaler toutes les valeurs des pK entre les valeurs des charges que peut prendre le peptide).

Merci d'avance

[Dr_Zaius]

Coucou !

Alors les structures des AA sont pas à savoir mais parcontre les groupes (aliphatiques, diacides, dibasiques...) sont à connaître. A partir de là par exemple tu sais que la Lysine est dibasique -> donc dans son radical elle a une fonction du type : lettre_grecque-aminé -> ici c'est ε-aminé = pKr . Bingo tu sais qu'il est basique donc avec le pKb tu entourera la forme zwitterion -> α-aminé = pKb et là la formule -> pHi = (pKb + pKr) / 2

Même raisonnement pour les acides. J'espère t'avoir aidé je sais pas si c'est plus clair @S2P2

Edited October 26, 2021 by Dr_Zaius

[Lélie]

@Dr_Zaius salut, 

je ne comprends pas le lien avec les lettres grecques, comment savoir laquelle va avec tel ou tel acide aminé? 

[Psykokwak]

il y a 6 minutes, lélie02 a dit :

je ne comprends pas le lien avec les lettres grecques, comment savoir laquelle va avec tel ou tel acide aminé? 

Les lettres grecques correspondent à la numérotation des carbones de la chaine principale de l'acide aminé ! (cf la diapo du cours de chimie organique sur la nomenclature grecques).

Le carbone alpha, c'est le premier carbone de la chaine qui ne fasse pas partie de la fonction principale, puis c'est le carbone beta, le carbone gamma...

Du coup si ton acide aminé a une fonction secondaire, tu vas pouvoir dire quel carbone la porte. Dans le cas de la lysine, c'est le carbone espilon (ε) qui porte la fonction secondaire amine

[Lélie]

ah oui ça me semble beaucoup plus clair !! 

Merci beaucoup  @Psykokwak

[S2P2]

C'est plus clair merci ! @Dr_Zaius

[Psykokwak]

@lélie02 avec plaisir !