Cadre de lecture

[wis]

Bonjour,

je bloque sur un qcm de génome,

J'arrive pas à déterminer le cadre de lecture, et je ne comprends pas du tout la correction surtout ce que j'ai mis en gras.

 

"A. Alors premièrement sur un exo comme ça il faut chercher le cadre de lecture, ici on vous dit que seule une sérine doit être synthétisée. Avec le premier cadre de lecture on ne trouve pas de codon créant une sérine, pareil pour le deuxième alors qu’avec le troisième on trouve un AGC vers la fin donc c’est le bon cadre de lecture. Il y a délétion d’une cytosine qui va décaler son cadre de lecture et créer un UAG qui est un codon stop (mutation non-sens) donc la protéine se stoppera la et c’est très mauvais pour la protéine ça."

 

 

Edited October 23, 2021 by wis

[Fabulo]

Je t'avoue que je ne comprends pas pourquoi la correction dit que le premier cadre de lecture n'est pas bon alors qu'il ne code qu'une seule serine avec le codon UCG  

[wis]

AH c'est donc un problème de correction?

Mais je ne comprends quand même pas, coup comment on détermine le cadre de lecture?, comment on sait lequel choisir? et quelle est la bonne réponse pour ce QCM ( désolé ça fait beaucoup de questions)

 

[Fabulo]

Je ne veux vraiment pas dire de bêtise, mais si c'est une erreur dans le correction, je peux essayer de t'éclairer. 

Lorsqu'on te donne la séquence d'un exon, tu as plusieurs possibilités quant au cadre de lecture. Si il n'est pas précisé l'extrémité 5' et l'extrémité 3', tu as 6 possibilités. 

Dans ce QCM, on te donne le sens de la séquence, est on sait que l'ARN se lit de 5' en 3' lors de la traduction. Si tu me suis toujours, on a 3 cadres de lecture possibles: 

-1er: on part de la première base, c'est à dire que le premier codon est UAU

-2ème: on part de la 2ème base, c'est à dire que le premier codon sera AUA

-3ème: on part de la 3ème base, donc le premier codon est UAC

Pour trouver le bon cadre de lecture dans notre exemple, il faut donc trouver le cadre de lecture qui permet de n'avoir qu'une seule serine (c'est la que je ne comprends pas la correction: je trouve 2 possibilités de lecture: la première possibilité ou le codon UCG donne une serine et le 3ème cadre de lecture ou le codon AGC donne une serine)

[SBY]

Hello @wis  ! 

Je viens de vérifier @Fabulo a raison il y a eu une erreur dans cette colle. Au niveau du premier cadre de lecture on retrouve bien une sérine. C'est d'ailleurs pour ca que les items D et E ont été annulés.

 

Il y a 2 heures, wis a dit :

Mais je ne comprends quand même pas, coup comment on détermine le cadre de lecture?, comment on sait lequel choisir?

En fait dans ce QCM l'information essentielle pour déterminer le cadre de lecture c'est qu'on retrouve un seul codon serine dans cette partie de l’exon quand il est normal. 

Tu sais que trois nucléotides vont donner un AA. Tu peux donc avoir trois possibilités de cadres de lecture ouvert. 

Donc on va tester les différents cadres. 

 

Si on prends le premier cadre de lecture ouvert : 

5' UAU ACG UUA UCG CGA GCU UA 3' 

    Tyr - Thr - Leu - Ser - Arg- Ala

Là on retrouve bien une sérine donc ce cadre de lecture est correct.

En soit on pourrait s'arrêter là mais on va ''tester'' les autres juste pour que tu comprennes. 

 

Pour le deuxième cadre de lecture ouvert, ce sera le cas où le premier nt de la séquence de l'exon est déjà engagé dans un codon de l'exon précédent. 

Donc ca nous donne : 

5' U AUA CGU UAU CGC GAG CUU A 3'

         Ile - Arg - Tyr - Arg - Glu - Leu

Ici, on ne retrouve pas de sérine donc ça ne peut pas être ce cadre de lecture. 

 

Enfin, pour le troisième cadre de lecture, on est dans le cas où les deux premiers AA sont engagés dans le codon de l'exon précédent. 

On obtient : 

5' UA UAC GUU AUC GCG AGC UUA 3' 

             Tyr- Val- Ile - Ala - Ser - Leu        

Ce cadre de lecture ouvert aurait également pu marcher. 

 

Mais pour les QCM t'auras qu'un seul cas qui pourra fonctionner !

Voilà j'espère que c'est plus clair pour toi. 

Bon courage à tous les deux 

[wis]

@Fabulo @SBY

Merci à vous deux!