Représentation de Scatchard

[bunot]

Y a un truc que j'ai pas compris dans la représentation de Scatchard je ne sais pas si c'est l'évolution de la courbe ou les variables en ordonnées et en abscisses. Pour moi cette courbe représente le nombre de ligands liés aux récepteurs sur le nombres de ligands libres (ce qui est pour moi le nombre de ligands non liés) en fonction du nombre de ligands liés au récepteurs. Et on a vu que plus Bmax était petit (donc plus la courbe était décroissante) plus le ligand avait d'affinité avec la cible. Donc pour le début de la courbe je comprend : on a peu de ligand lié mais quasi pas de ligand libre (car beaucoup d'affinité) donc on a une ordonné élevé. Jusque là ça va mais pour la suite ça se corse : si on augmente le nombre de ligands liés (on avance sur les abscisses) pour que la courbe décroisse (jsp si c'est français ce mot mdr) il faut donc avoir beaucoup de ligand libre et donc rajouter beaucoup de ligand et c'est d'autant plus vrai si la courbe décroit beaucoup. Mais comme une courbe qui décroit beaucoup correspond à un ligand qui à une forte affinité pourquoi ça correspond aussi une courbe qui traduit une forte augmentation de ligand libre par rapport au nombre de ligand lié ce qui traduirait plutôt d'une faible affinité du ligand ?

[Pam31]

Salut,

Alors moi ce que j'ai compris c'est qu'en abscisse il y a le ligand lié, donc celui qui est sur les récepteurs, et en ordonné, le ligand libre, donc celui qui n'est pas sur les récepteurs.

Quand on est en haut des ordonnées, c'est qu'il y a 100% des ligand qui sont libres, donc logiquement, il y a 0% qui est lié.

Quand on avance sur les abscisses, le ligand se lie de plus en plus, donc il y a de moins en moins de ligand libre ( vu qu'il se lie ). Par exemple pour 50% de ligand lié, il ne restera plus que 50% de récepteurs libres. Le point correspondant sur le graphique sera donc plus bas, que pour 100%-0%. La courbe est donc décroissante.

Si ta courbe décroie vite, cela veut dire que ton ligand libre, se lie rapidement, donc que ton ligand a une forte affinité aux récepteurs. A l'inverse, si ta courbe décroie lentement, cela veut dire que ton ligand libre se lie lentement aux récepteurs, il n'a donc pas une grande affinité

Je ne sais pas si ça t'aide ou si ça répond à ta question, mais c'est comme ça que je l'ai compris

[bunot]

il y a 7 minutes, Pam31 a dit :

Salut,

Alors moi ce que j'ai compris c'est qu'en abscisse il y a le ligand lié, donc celui qui est sur les récepteurs, et en ordonné, le ligand libre, donc celui qui n'est pas sur les récepteurs.

Quand on est en haut des ordonnées, c'est qu'il y a 100% des ligand qui sont libres, donc logiquement, il y a 0% qui est lié.

Quand on avance sur les abscisses, le ligand se lie de plus en plus, donc il y a de moins en moins de ligand libre ( vu qu'il se lie ). Par exemple pour 50% de ligand lié, il ne restera plus que 50% de récepteurs libres. Le point correspondant sur le graphique sera donc plus bas, que pour 100%-0%. La courbe est donc décroissante.

Si ta courbe décroie vite, cela veut dire que ton ligand libre, se lie rapidement, donc que ton ligand a une forte affinité aux récepteurs. A l'inverse, si ta courbe décroie lentement, cela veut dire que ton ligand libre se lie lentement aux récepteurs, il n'a donc pas une grande affinité

Je ne sais pas si ça t'aide ou si ça répond à ta question, mais c'est comme ça que je l'ai compris

Effectivement comme ça c'est logique mais sur la diapo du prof en ordonnées il a mis ligand lié/ligand libre . Ca veut dire qu'il s'est trompé et que c'est juste ligand libre en ordonnées ?

[Pam31]

il y a 15 minutes, bunot a dit :

Effectivement comme ça c'est logique mais sur la diapo du prof en ordonnées il a mis ligand lié/ligand libre . Ca veut dire qu'il s'est trompé et que c'est juste ligand libre en ordonnées ?

Déjà il faut que tu partes du principe que le prof ne se trompe jamais ! Ensuite je pense que ligand lié/ligand libre ne veut pas dire "divisé par" mais plutôt que les deux vont ensemble. Dans le sens où le ligand libre devient lié

[choLOLApine]

saluuut! alors petite clarification sur la représentation de Scatchard :

 

Le 18/09/2021 à 13:03, Pam31 a dit :

ensuite je pense que ligand lié/ligand libre ne veut pas dire "divisé par" mais plutôt que les deux vont ensemble

attention ligand lié/ligand libre correspond bien au rapport ligand lié sur ligand libre

 

D'abord pour bien redéfinir les grandeurs : en abscisse on a la quantité de ligand lié avec le Bmax correspond au nombre maximal de récepteur, et donc le nombre maximal de ligand lié on mesure donc la liaison spécifique et en ordonnée ligand lié/ligand libre correspond à la proportion de ligand liés par rapport au ligands libres. 

 

Ensuite il faut se rappeler qu'on fait là une expérience de saturation, c'est à dire qu'au fur et à mesure de la droite on augmente la quantité de ligand, or comme on le voit sur l'isotherme de Langmuir, à partir d'une certaine quantité on atteint la saturation, la quantité de ligand lié est maximale on peut plus l'augmenter, par contre la quantité de ligand libre elle continue à augmenter. 

 

-> Donc maintenant si on se replace dans notre linéarisation de Scatchard, au début on a peu de ligand, donc le peu qu'on a se fixe, ce qui fait que le rapport ligand lié/ligand libre est grand, mais la quantité de ligand lié reste faible en abscisse et bien inférieure au Bmax

-> Au fur et à mesure on augmente la quantité de ligand, donc la quantité de ligand lié augmente en abscisse, mais la quantité de ligand libre augmente également ++ donc le rapport ligand lié/ligand libre diminue en ordonnée

-> Et pour finir quand on arrive à saturation au Bmax, la quantité de ligand lié est maximale en abscisse mais vu qu'on rajoute +++ du ligand, la quantité de ligand libre devient très importante puisque les sites de liaison sont saturés, et donc le rapport ligand lié/ligand libre est très faible.

 

C'est plus clair comme ça?  

[bunot]

En fait c'est bon merci c'est juste quand y avait 2 droites jpensais on comparait 2 ligands mais c'est 2 récepteurs pour un même ligand qu'on comparait 

il y a une heure, choLOLApine a dit :

-> Au fur et à mesure on augmente la quantité de ligand, donc la quantité de ligand lié augmente en abscisse, mais la quantité de ligand libre augmente également ++ donc le rapport ligand lié/ligand libre diminue en ordonnée

Par contre je ne comprend pas l'effet du ligand allostérique et pourquoi la courbe est convexe lorsqu'on en ajoute un.

[choLOLApine]

il y a 49 minutes, bunot a dit :

Par contre je ne comprend pas l'effet du ligand allostérique et pourquoi la courbe est convexe lorsqu'on en ajoute un.

Alors pour les courbes concaves/convexes, deux explications :

-> soit ta molécule n'est pas spécifique d'une cible et donc elle interagit avec 2 cibles par ex, dans ce cas elle aura deux Kd différent (un pour chaque cible) et donc tu auras deux droites, quand tu relis les points tu obtiens une courbe concave

-> soit notre ligand froid se fixe sur la cible de manière allostérique et modifie l'affinité du ligand chaud pour la cible, ainsi il va modifier son Kd (si on a une courbe concave alors le ligand allostérique est inhibiteur et diminue son affinité, si la courbe est convexe vers le haut le ligand allostérique est activateur)

[bunot]

il y a une heure, choLOLApine a dit :

> soit ta molécule n'est pas spécifique d'une cible et donc elle interagit avec 2 cibles par ex, dans ce cas elle aura deux Kd différent (un pour chaque cible) et donc tu auras deux droites, quand tu relis les points tu obtiens une courbe concave

Ah parce que la courbe rouge c'est une courbe concave ?

[choLOLApine]

il y a 10 minutes, bunot a dit :

Ah parce que la courbe rouge c'est une courbe concave ?

concave vers le haut oui (ou convexe vers le bas)

[bunot]

il y a 28 minutes, choLOLApine a dit :

concave vers le haut oui (ou convexe vers le bas)

Ah ouais d'accord merci nous c'était l'inverse l'année dernière c'est pour ça j'était perdu

[31100.pdf]

J ai pas bien compris Pk elle est convexe vers le bas

[Mirelasido]

Je fais juste une petite interruption dans votre réflexion pour être sûre qu'on parle bien des mêmes choses : attention, ce qui caractérise l'affinité d'un ligand pour sa cible c'est le KD (et non le Bmax), d'où le fait que l'inclinaison de la courbe (-1/KD)  est un indice de cette affinité. Le Bmax représente le nombre total de récepteur/cible. 

 

 

[31100.pdf]

Le 18/09/2021 à 18:01, choLOLApine a dit :

concave vers le haut oui (ou convexe vers le bas)

Slt 

Mais du coup la  notre courbe est convexe dans l exemple donc Esct ce que le ligand froid est allostérique + ?

 

Merci