Estimer la taille d'un plasmide

[Bch14]

Saluuut !!

 

Est-ce que qqn peut me confirmer sur les conditions préalables pour estimer la taille d'un plasmide :

 

Pour estimer la taille d'un plasmide il nous faut une enzyme de restriction qui ne possède qu'un seul site de restriction (pour obtenir un fragment linéarisé). Cette enzyme ne doit pas couper en plein milieu de notre cassette ni sur les sites de résistance à un antibiotique ?

[cassolnousmanque]

salur @Bch14, au vu de ta question, j'ai l'impression que c'est pas hyper clair dans ta tête cette histoire de plasmide 

alors pour éviter les confusions je te refais un petit topo sur le rôle de chaque info que tu m'as donnée dans la question 

 

il y a 33 minutes, Bch14 a dit :

une enzyme de restriction qui ne possède qu'un seul site de restriction (pour obtenir un fragment linéarisé)

effectivement , si tu n'as qu'une seule enzyme de restriction, tu ne fera qu'une seule coupure et puisque le plasmide est circulaire, ça permettra juste de l'ouvrir (mais tu ne couperas pas de "morceau" de plasmide puisqu'il faudrait un deuxième site de coupure pour ça) => ça revient donc à linéariser le plasmide

 

il y a 33 minutes, Bch14 a dit :

Cette enzyme ne doit pas couper en plein milieu de notre cassette

cette condition c'est lorsque tu veux déplacer un fragment d'une plasmide à un autre pour effectuer de la transcription, si tu as une enzyme qui coupe en plein milieu, le fragment ne sera pas complet et la transcription ne pourra pas se faire (si tu coupes avant le promoteur ou avant le terminateur) ou alors la transcription ne donnera pas du tout le gène que tu voulais, il sera non fonctionnel (donc c'est pas ce qu'on veut quand on fait ce genre de technique) 

 

il y a 33 minutes, Bch14 a dit :

sites de résistance à un antibiotique

et enfin, ça c'est pour savoir sélectionner les plasmides en fonction de la résistance aux antibios

 

mais pour évaluer la taille d'un plasmide, c'est pas forcément nécessaire ce que tu m'as dit, tu vas surtout t'occuper de faire des calculs par rapport à la place des enzymes de restriction que tu vas utiliser 

si tu as du mal sur ça, je t'invite à regarder les posts que j'ai déjà fait sur le sujet 

 

bon courage pour la suite, ne lâche rien !

et si tu as d'autres questions n'hésite pas !

 

 

Edited April 20, 2021 by cassolnousmanque

[OxyGenS]

il y a 11 minutes, cassolnousmanque a dit :

il y a 19 minutes, Bch14 a dit :

sites de résistance à un antibiotique

et enfin, ça c'est pour savoir si ton plasmide a bien intégré le fragment que tu voulais insérer dedans 

Salut, je ne suis pas d'accord avec toi sur ce point.

La résistance permet de sélectionner les plasmides mais ne permet pas de vérifier si le fragment est intégré. Pour voir si l'insert est effectivement intégré on utilisera des enzymes de restriction (et on pourra vérifier selon les enzymes utilisées s'il est dans le bon sens)

[cassolnousmanque]

il y a 12 minutes, OxyGenS a dit :

La résistance permet de sélectionner les plasmides mais ne permet pas de vérifier si le fragment est intégré.

oui je suis d'accord c'est bien ça

Révélation

(première impression -> "non mais j'ai quand même pas écrit ça " , je lis le message dessus -> "aïe, la fatigue se fait sentir, je corrige ça direct pour pas l'induire en erreur")

=> du coup merci @OxyGenS pour avoir décelé cette erreur !! normalement c'est bon j'ai corrigé 

Edited April 20, 2021 by cassolnousmanque