Questions diverses sur le programme de génome

[Dynamo]

Bonjour, 

Venant tout juste de finir mes révisions de génome, je me permets de poster les questions qui me sont apparues au cours de celles-ci :
 

1. J'ai du mal à exploiter ce résultat de gel sur électrophorèse, quelles informations dois-je en tirer?

2. Quelle est la différence entre une endonucléase et une exonucléase?

3. Le promoteur et l'opérateur d'un opéron sont-ils des séquences cis-régulatrices?

4. Quelle est l'action de la 2'-OH-Me-Transférase dans la biosynthèse de la cap? Il y a bien un méthyl mais il est en 7 et non en 2' et je ne vois pas de liaison -O- en 2'?

5. Que deviennent les introns après l'épissage?

6. Quelle est la différence entre siRNA et iRNA?

7. Dans quel contexte, chez les eucaryotes, le codon UGA ne code t-il plus pour un codon stop mais pour une sélénocystéine?

8. Quelle est la logique selon laquelle fonctionne le tableau de wobble? Je ne comprends pas par exemple pourquoi dans la colonne "G" on trouve "U" alors qu'il est censé ne créer d'appariement qu'avec "A".

9. Pourquoi y a t-il entre 32 et 50 tRNA cytoplasmiques chez les eucaryotes alors qu'il n'y a que 20 AA protéinogènes?

10. Quelle est la différence entre le gain d'ADN avec gène dupliqué et le gain d'ADN avec gène dupliqué et recombiné?

11. Qu'est-ce qui définit une ultracentrifugation isopycnique?

12. Quel est le mécanisme utilisé dans la chromatographie liquide à haute pression?

13. En quoi l'ajout d'un ADN hétérologue pendant la phase de pré-hybridation empêche t-il d'obtenir une membrane totalement marquée? 

Navrée pour la quantité de questions Merci aux courageux qui prendront le temps de me lire et de me répondre.
J'en profite aussi pour signaler que si des tuteurs de biomolécules passent par hasard sur ce sujet, j'ai posté un sujet de questions en biomolécules qui, je crois, a été noyé sous le flot d'autres questions (qui venaient de moi aussi d'ailleurs... ), il est juste ici.

Merci d'avance pour les réponses à venir, bonne journée, et bonne fin de vacances (c'est triste!)!

[Eline]

Salut, je répond à ce que je peux sachant qu'on est pas de la même fac (les questions de la fin ne me disent rien du tout)

 

1. Colonne 1: controle, Colonne 2/4: le GTP est indispensable à la pose de la coiffe, donc à l'épissage, Colonne 2/3: on peut supposer que les introns sont libérés hors du noyau lors de l'épissage (puis dégradés?, recyclés?).

2. endo: elle peut couper à l’intérieur d'un enchaînement de nucléotides. exo: coupe qu'aux extrémités.

 

4. la  2'-OH-Me-Transférase est la 2ème SAM à intervenir, elle ajoute des méthyl sur quelques nucléotides après la coiffe.

 

6. le controle naturel de l'expression génique se fait grâce aux miRNA, les siRNA sont utilisés expérimentalement.

7. Quand il y a une tige boucle en aval de UGA, un facteur de traduction permet à l'ARNt de la séléno de s’insérer. Celui-ci ayant fixé une sérine ensuite convertie enzymatiquement en séléno.

8. Justement le mésappariement ou wobble permet des appariements autres que ceux qu'on retrouve habituellement dans l'ADN ou l'ARN. Il y a plus de codons codants que d'ARNt mais grâce au wobble on obtient toutes les combinaisons entre ARNt et ARNm. Le tableau est correct.

9. Pour 1 aa on a plusieurs codons codants possibles donc plusieurs ARNt possibles (on en a pas un spécifique pour chaque codon cf n°8). 

 

Voila

[Ataaran]

Bonjour, je vais te répondre de mémoire (du coup ces souvenirs commencent à être lointain^^) donc si qqun d'autre pouvait confirmer mes dires ça serait mieux

1) -L extrait nucléaire n'est pas nécessaire à l'épissage.

-Le GTP semble être nécessaire à la réaction.

-L'épissage n'est pas influencé par la forme (ici circulaire ou linéaire) de l'intron épissé (drôle de néologisme hein?^^).

-Le fait qu'il soit marqué qu'aucune protéine n'est nécessaire à l'épissage est confirmé par le non-rôle de l'extrait nucléaire (qui aurait contenu les protéines en question).

-Après épissage l'intron semble devenir circulaire.

Pour ma part c'est tout ce que j'y vois.

 

2) Une exonucléase coupe sur les extremités tandis qu'une endonucléase va pouvoir couper en plein milieu de la séquence.

 

3) Compliqué comme question je pense que tu veux aller trop loin là ^^ Tu l'as vu dans des QCM ou c'est le fruit de tes réflexions qui t'as amené à la question?

 

4) Sur ton schéma je ne sais pas mais dans les faits elle méthyle les bases qui suivent le codon initial (de mémoire) et son nom indique son action. Je pense que c'est suffisant de savoir ça même si en effet ce n'est pas évident au vu de ton schéma.

 

5) ils sont mis bout à bout: exon 1 puis 2 puis 3...

 

6) Je suis chez mes parents là j'ai pas mon poly c'est à la fin du premier poly il me semble où tout est noté. Je me souviens qu'il y a une différence de taille et que les siRNA servent notamment lors de la régulation des transcrits, il se fixent et en fonction de l'appareillage sur le transcrit cible (appareillage parfait ou imparfait) cela va respectivement neutraliser ou détruire le transcrit et donc réguler l'expression d'une protéine donnée.

 

7) Si tu révises le génome tu vas trop loin ^^la réponse est dans ton cours de biocell poly 3 il me semble le cours sur les RNA où le prof t'explique que durant la traduction une certaine séquence amène la création d'une boucle particulière qui permet l'insertion d'un tRNA de la sélénocystéine au niveau d'un codon UGA et paf ça a fait des chocapic euh désolé je m'emballe un peu.

 

8) La base du wobble c'est que l'appariement numéro 3 (où 1 selon qu'on se base sur l'un ou l'autre des acteurs) est fluctuant et ne répond pas aux règles d'appariement habituel. Donc ce tableau tu l'appliques bêtement et il te permettra de savoir les appariements possible sur ce troisième triplet

 

9) Car le code génétique est dégénéré (un aa peut être généré par plusieurs combinaisons #Felindratêtedetigre). Du coup il faut des tRNA pour chaque combinaison qui code pour un aa (ou presque mais cela explique la différence de nombre que tu observes-.

 

10) Euh D la réponse D ! Franchement aucune idée et surtout pas à la vue d'un schéma pareil^^. Mais si tu retrouves la définition de la recombinaison dans ton cours de Recherche UE8 tu comprendras surement.

 

11) Levade avait été affreusement pas clair, de base il avait dit que la différence avec les autres méthodes d'ultracentrifugation, c'était que le gradient était pré-existant donc il ne fallait pas en faire plusieurs en augmentant au fur et à mesure la densité du mélange mais après il a un peu noyé le poisson ... J'espère que quelqu'un de sage pourra t'expliquer vraiment mais c'est à mon avis un point du cours qu'il aborde parce qu'il y est un peu forcé mais c'est tout.

 

12) Je ne me souviens plus.

 

13) Ah le fameux sperme de saumon^^. Ça sert à remplir les espaces vides et éviter que les sondes s'attachent de façon imparfaite (ça plus les lavages qui suivent) ainsi au final seul la partie qui contient les séquences cibles sera marquée.

 

J'espère t'avoir aidé, et que quelqu'un viendra donner un second avis la dessus.

 

PS: Un post de génome à 3h du mat'? Je t'admire^^mais attention à pas te fatiguer ou à trop te stresser avant même le début de la bataille hein

[Dynamo]

Bonsoir Eline & Ataaran, 

Merci pour vos réponses à tous les deux! C'est gentil d'avoir pris le temps de lire mon pavé et d'y apporter des explications

Eline :
1. Je ne comprends pas comment arriver à cette conclusion : "on peut supposer que les introns sont libérés hors du noyau lors de l'épissage", pourrais-tu me préciser le raisonnement qu'il faut suivre?
Pour le reste c'est nickel, j'ai tout compris, merci encore de venir éclairer ma lanterne

Ataaran :
1. "épissé" c'est rigolo (Oui oui, c'est tout ce que je voulais dire)

3. Alors ça c'est le fruit de ma réflexion tout simplement En fait dans le cours il est écrit "Séquence cis-régulatrice : séquence (DNA) régulatrice d'un gène ou d'un opéron située près (cis) des citrons et participent à la régulation (soit induction, soit répression) de l'expression du gène.". Du coup, cette définition semble correspondre à l"opérateur de l'opéron, mais est-ce que l'on considère que le promoteur aussi est une séquence cis-régulatrice, ou bien qu'il est "trop loin" puisqu'il n'est pas à "proximité immédiate" des cistrons comme l'est l'opérateur?

5. Bon là c'est pareil, ma question est peut-être inutile mais j'me suis dit que tant qu'à poser des questions, autant mettre celle-là ne serait-ce que pour ma culture personnelle. Mais du coup, une fois que les introns se retrouvent tout seuls, ils sont éliminés? recyclés? utilisés tels quels pour autre chose?

7. J'aime bien les chocapics!
A part ça, encore un énorme merci pour toutes ces réponses, c'est vraiment gentil de prendre le temps de me lire et de me répondre! Ah et ne t'en fais pas pour l'heure d'envoi du sujet, c'est seulement que je me lève (très) tard, du coup je dors très tard, donc autant être productive Mais je ne m'en fais pas, je me remettrai dans le rythme avant la reprise (et pour ça vive la pré-rentrée! ).

Voilà, je pense que j'ai fait le tour! Merci (* ∞) pour vos réponses à tous les deux, et bonne fin de soirée!

 

[Eline]

Alors je ne sais pas si mon raisonnement est juste.. J'ai dit ça parce que selon les résultats avec ou sans extrait nucléaire on retrouve les introns, donc ils ne restent pas dans le noyau (sinon pas d'intron si pas d'extrait nucléaire). On peut supposer qu'ils sont rejetés dans le cytosol.

Tu devrais jeter un coup d’œil aux cours de biocel (dernier tome) il y a le cours sur la dégradation (des introns?) ect..

[Dynamo]

Bonsoir Eline,

Merci pour cette précision, j'irai me référer au cours de biocell alors!  

Merci beaucoup pour toutes tes réponses, et bonne fin de soirée à toi!

[Ataaran]

3) Méfie toi de tes réflexions elles vont te faire douter de certaines des évidences du cours (J'étais pareil donc je me permet de te le dire )

Ma réponse basé sur mes pensées puisque on extrapole à partir du cours c'est que clairement elles sont suffisamment proche pour être considérées comme cis toutefois pour moi elles font partie de la machinerie et ne sont donc pas des rajouts servant à la régulation (ouai ouai c'est de la génophilome ).

 

5) Je n'ai que des conjectures à proposer donc ça ne te sera pas très utile ^^mai promis je t'offre une encyclopédie de génome pour Nöel

 

Oui oublie pas de te remettre dans le rythme Bon courage. 

 

PS: blague du jour "pédale pas dans la semoule dynamo" 

[Dynamo]

Bonsoir Ataaran

3. C'est noté, je tâcherai de ne pas abuser de ce genre de réflexion à l'avenir Je comprends ton explication et j'en prends bonne note. 
5. C'est une bien gentille attention!

Je tâcherai effectivement de ne pas pédaler dans la semoule cette année, faut que la Dynamo tourne à plein régime (bien trouvée cette blague du jour au fait ).
Merci (encore x1000) pour tes réponses, et bon courage à toi aussi pour la reprise!