Questions sur ST3 Pâques 2021

[OxyGenS]

Bonjour !

 

1) J'ai pas trop compris l'énoncé, on nous dit que la protéine fait 360 kDa puis on nous dit qu'en présence d'urée elle fait 30kDa.

Comme ça se fait ? Je n'ai pas souvenir qu'on ait vu qque chose de spécial avec l'urée...

Révélation

 

2) 9C vrai, jusitifcation : "Oui, l’incidence passe de 0 à 64%".

Comment déduit-on que c'est dû à l'activation de lymphocytes ? Car les IL6 n'agissent que sur les lymphocytes ?

Révélation

 

Merci

[Juliette82]

Salut ! Alors pour moi, 

 

1) quand tu fais un gel filtration des fois tu n'arrives pas à avoir ta protéine toute seule, et du coup son PM est surestimé. Quand tu fais un deuxième gel filtration, les "parasites" ne sont plus la et tu obtiens ta protéine purifiée et donc avec un PM inférieur au premier. 

 

2) Tu en déduis que c'est l'activation es lymphocytes car oui IL6 agit que sur eux. Et en plus lors d'une inflammation ce sont les lymphocytes qui sont activés. 

[OxyGenS]

1) Donc ici l'ajout d'urée n'a aucun lien avec l'amélioration du rendement ?

 

Merci !

[Pastel]

Bonjour @Juliette82 (et coucou @OxyGenS désolée de l'incruste ahah)

 J'aurais une question pour le 1B) comptée vraie, j'avais mis faux dans l'hypothèse que la protéine possède 3 bandes de 10kDa chacune par exemple, ou 2 de 15kDa, comment on sait que c'est forcément 1 seule bande de 30kDa ? 

[OxyGenS]

Haha pas de souci @Pastel

 

J'ai une hypothèse mais j'ai l'impression qu'il y a un pb entre les données de l'énoncé et l'item, ça ne semble pas compatible.

On nous dit dans l'énoncé que la protéine fait 30kDa.

Celle-ci peut-être oligomérique, on ne le sait pas encore.

Mais on nous dit ensuite qu'avec BME on a 4 bandes de 30kDa (déjà là on a atteint le quota ça ne peut pas faire plus en principe), 15kDa, et 2 fois 10kDa (là aussi pb car ça donne 1 seule et même bande normalement donc ça ferait 3 bandes).

 

Pour l'item B on fait une électrophorèse sans dénaturer donc on obtient le PM total de la protéine soit 30kDa si on s'en tient à la 2è phrase de l'énoncé.

Mais si on s'en tient à la 3è phrase de l'énoncé notre protéine ferait en fait 30 + 15 + 2*10 = 65kDa donc on devrait obtenir une seule bande à 65kDa.

 

Et si je dis de la , qu'on me rectifie de suite mais il y a un truc qui cloche dans ce QCM pour moi

Edited April 4, 2021 by OxyGenS

[Pastel]

il y a 3 minutes, OxyGenS a dit :

Mais si on s'en tient à la 3è phrase de l'énoncé notre protéine ferait en fait 30 + 15 + 2*10 = 65kDa donc on devrait obtenir une seule bande à 65kDa

Je l'avais interprété en mode "on fait l'électrophorèse SDS-PAGE avec "le mélange" de départ qui faisait 360 kDa" et que le fait que purifiée elle fasse 30kDa c'était une info en plus, mais dans tous les cas y a un problème qqpart mdrrr

[OxyGenS]

il y a 2 minutes, Pastel a dit :

Je l'avais interprété en mode "on fait l'électrophorèse SDS-PAGE avec "le mélange" de départ qui faisait 360 kDa" et que le fait que purifiée elle fasse 30kDa c'était une info en plus, mais dans tous les cas y a un problème qqpart mdrrr

Ça doit être ça pcq sinon ça n'a aucun sens^^

 

Pour revenir à l'item du coup pour moi ils le comptent vrai pcq on ne précise pas qu'on dénature, mais de mémoire la prof dit en cours que même si elle ne le précise pas le SDS-PAGE est tjs fait en présence d'un agent dénaturant donc effectivement on aurait pu imaginer qu'elle est composée de plusieurs SU (ex : 3*10kDa).

 

 

[Je suis en train de me faire des nœuds au cerveau avec ce qcm]

J'ai une autre question sur l'item A, il est faux car "Elle présente au moins une sous-unité de 30 000 Da, mais on ne peut pas déterminer s’il y en a plusieurs".

Mais puisqu'on nous dit que par gel filtration elle fait 30kDa, elle ne peut pas être composée de plusieurs SU de 30kDa mais par contre elle peut par exemple être trimérique (3*10kDa) car via gel filtration l'état oligomérique des protéines est conservée, donc si elle fait 30kDa ce sont 30kDa avec potentiellement plusieurs SU mais pas le raisonnement inverse où on obtiendrait une seule SU de 30kDa et qu'en vrai la protéine pourrait faire 2*30 par exemple.

@Hypnos@PierrickSenior est-ce que j'ai mal compris le cours ?

[Pastel]

il y a 2 minutes, OxyGenS a dit :

 

Pour revenir à l'item du coup pour moi ils le comptent vrai pcq on ne précise pas qu'on dénature, mais de mémoire la prof dit en cours que même si elle ne le précise pas le SDS-PAGE est tjs fait en présence d'un agent dénaturant donc effectivement on aurait pu imaginer qu'elle est composée de plusieurs SU (ex : 3*10kDa).

bon je crois qu'on pense la même chose alors attendons juste de voir ce qu'avaient imaginés les tuteurs

 

il y a 6 minutes, OxyGenS a dit :

J'ai une autre question sur l'item A, il est faux car "Elle présente au moins une sous-unité de 30 000 Da, mais on ne peut pas déterminer s’il y en a plusieurs".

Mais puisqu'on nous dit que par gel filtration elle fait 30kDa, elle ne peut pas être composée de plusieurs SU de 30kDa mais par contre elle peut par exemple être trimérique (3*10kDa) car via gel filtration l'état oligomérique des protéines est conservée, donc si elle fait 30kDa ce sont 30kDa avec potentiellement plusieurs SU mais pas le raisonnement inverse où on obtiendrait une seule SU de 30kDa et qu'en vrai la protéine pourrait faire 2*30 par exemple.

j'ai compris la même chose que toi sur ça si ça peut t'aider 

[Hypnos]

On 4/4/2021 at 8:04 PM, OxyGenS said:

J'ai une autre question sur l'item A, il est faux car "Elle présente au moins une sous-unité de 30 000 Da, mais on ne peut pas déterminer s’il y en a plusieurs".

Mais puisqu'on nous dit que par gel filtration elle fait 30kDa, elle ne peut pas être composée de plusieurs SU de 30kDa mais par contre elle peut par exemple être trimérique (3*10kDa) car via gel filtration l'état oligomérique des protéines est conservée, donc si elle fait 30kDa ce sont 30kDa avec potentiellement plusieurs SU mais pas le raisonnement inverse où on obtiendrait une seule SU de 30kDa et qu'en vrai la protéine pourrait faire 2*30 par exemple.

@Hypnos@PierrickSenior est-ce que j'ai mal compris le cours ?

Pour moi elle est vrai + on peut faire des hypothèses avec une certaines certitudes sur le fait qu’il y ait plusieurs SU dans les différentes catégories obtenues car on doit remonter jusqu’à 360kDa

[OxyGenS]

il y a 19 minutes, Hypnos a dit :

Pour moi elle est vrai + on peut faire des hypothèses avec une certaines certitudes sur le fait qu’il y ait plusieurs SU dans les différentes catégories obtenues car on doit remonter jusqu’à 360kDa

Je ne comprends plus, on m'a dit que 360kDa ce n'était pas le PM de la protéine mais qu'il fallait prendre en compte le 30kDa car c'est vraiment la protéine purifiée :

Le 04/04/2021 à 10:30, Juliette82 a dit :

1) quand tu fais un gel filtration des fois tu n'arrives pas à avoir ta protéine toute seule, et du coup son PM est surestimé. Quand tu fais un deuxième gel filtration, les "parasites" ne sont plus la et tu obtiens ta protéine purifiée et donc avec un PM inférieur au premier. 

 

[Itinéris]

Saluuuuuut @OxyGenS et @Pastel! (sorry ++ du retard, sacré oral de pharmaco en approche  )

 

Je vais reprendre tout ça avec vous tranquillou bilou  

 

1) L'urée est un agent dénaturant ! Il brise les liaisons faibles des protéines ! Ici donc, Alors que la protéine native fait 360 kDa, en présence d'urée, on ne trouve qu'une seule bande de 30kDa. Donc la protéine native est faite de multiples sous-unités de 30kDa reliés entre eux par des liaisons simples ! 

Maintenant, on ajoute du b-mercapto-éthanol... Qui coupe les ponts cystéines ! Et là : 

Alors qu'on avait que des bandes de 30kDa, on se retrouve avec : une bande de 30kDa (qui donc ne présente pas de ponts S-S à la base), une bande de 10kDa (sans doute l'ancienne bande de 30kDa qui présentait deux ponts S-S), une bande 15kDa (sans doute une 30kDa qui présentait un pont disulfure !) et encore une bande de 30kDa, comme on  a dit plus tôt  

 

Ainsi : 

A- Item ambigu, car on peut prouver qu'il y a AU MOINS une sous-unité de 30kDa mais rine ne nous prouve que les autres n'ont pas été détruites par l'urée  C'est donc FAUX

B - Le SDS-Page consiste à dénaturer la protéine.... tout comme l'urée ! Donc elle donnerait aussi une unique bande de 30kDa ! C'est bien VRAI

 

Est ce que c'est mieux pour vouuuuus ?

Bon courage et à bientôt 

[OxyGenS]

@Itinéris

Oui nickel j'ai enfin compris, merci bcp

(je n'ai pas souvenir d'avoir vu que l'urée était un agent dénaturant, mais je le saurais pour la prochaine fois^^)

[Pastel]

il y a 50 minutes, Itinéris a dit :

B - Le SDS-Page consiste à dénaturer la protéine.... tout comme l'urée ! Donc elle donnerait aussi une unique bande de 30kDa ! C'est bien VRAI

Juste pour vérifier que j'ai bien compris cet item : L'électrophorèse SDS-PAGE de l'énoncé c'est celle de la protéine filtrée sans urée et celle de l'item B c'est une électrophorèse de la protéine après filtration à l'urée donc avec seulement la su de 30kDa sans liaisons faibles (et on sait qu'elle n'a pas de pont SS parce que dans l'électrophorèse avec B mercapto de l'énoncé il nous restait une su de 30kDa ?) @Itinéris 

 

Révélation

il y a 2 minutes, OxyGenS a dit :

(je n'ai pas souvenir d'avoir vu que l'urée était un agent dénaturant, mais je le saurais pour la prochaine fois^^)

moi non plus oups, on aurait pu y réfléchir encore longtemps ahah

 

Edited April 6, 2021 by Pastel

[Itinéris]

@Pastel, en réalité, le SDS et l'urée sont deux agents dénaturants différents, mais qui coupent tous deux les liaisons faibles ! 

D'où le "aurait donné" s'il avait remplacé l'urée ! 

Je suis claire ou je reprends ? 

Bonne soiiirééée  

[Pastel]

je pense que c'est bon pour moi, tes explications sont bien claires, merci beaucoup ! @Itinéris