CCB M2019 partie 1

[OxyGenS]

Bonjour !

 

1) 3E : "Il est possible d’estimer la masse moléculaire de GOAT avec un gel SDS-PAGE en conditions dénaturantes"

VRAI : "avec les différents marqueurs, on peut réaliser une droite avec log(MM) en fonction de la distance de migration. Il suffit ensuite de mesurer la distance de migration parcourue par notre protéine pour ensuite estimer la masse moléculaire de GOAT".

Mais si GOAT est dimérique par exemple alors notre estimation sera fausse non ?

 

2) 5A (vrai) : "En chromatographie on peut utiliser un batch en tant que phase stationnaire".

On a vu ça ?

 

3) Réponses vraies : ABD

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Dans les items AB on nous dit "shARN qui reconnaît une séquence du gène"

Le shRNA reconnaît des ARN non ? Or ici le gène est de l'ADN

 

Item C compté faux car "en 5' ", réponse de la prof il y a peu de tps sur Moodle : "La cassure double brin créée par Cas9 a lieu 3 nucléotides en amont de l'extrémité 3' de la séquence PAM".

 

Item D : ça se fait en introduisant plusieurs ARN guides dirigés contre différents gènes ?

 

4)

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B faux : "La probabilité de succès est de 10%".

Sauf erreur de ma part ici c'est une RH donc la proba n'est que de 1% (ou à peine supérieure).

On considère que c'est non négligeable ?

 

Merci

[Sashounet]

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

On a vu ça ?

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non ça me dit r 

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

Mais si GOAT est dimérique par exemple alors notre estimation sera fausse non ?

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oui (c'est qu'une estimation donc pour moi ça reste vrai), je pense que si on veut connaitre son vrai poids, il faut s'orienter sur des méthodes bcp plus précises.

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

Sauf erreur de ma part ici c'est une RH donc la proba n'est que de 1% (ou à peine supérieure).

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ça reste énorme en proba, je crois que c'est 10 à 100 fois plus qu'une méthode n'utilisant pas CRISPR-Cas9

[OxyGenS]

  On 3/27/2021 at 4:22 PM, Sashounet said:

(c'est qu'une estimation donc pour moi ça reste vrai

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Quand on estime on est censé être assez proche de la bonne valeur, si c'est dimérique tu auras la moitié de la bonne valeur en SDS-PAGE (dénaturant) en principe, c'est pas ce que j'appelle estimer.

 

  On 3/27/2021 at 4:22 PM, Sashounet said:

ça reste énorme en proba, je crois que c'est 10 à 100 fois plus qu'une méthode n'utilisant pas CRISPR-Cas9

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Yep ok, c'est 100x plus je crois

 

Merci à toi !

[Hypnos]

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

2) 5A (vrai) : "En chromatographie on peut utiliser un batch en tant que phase stationnaire".

On a vu ça ?

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Oui normalement ce terme est utilisé à l’oral, après elle ne prend pas le temps de le définir 

 

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

Dans les items AB on nous dit "shARN qui reconnaît une séquence du gène"

Le shRNA reconnaît des ARN non ? Or ici le gène est de l'ADN

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Oui oui c’est une impression 

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

Item C compté faux car "en 5' ", réponse de la prof il y a peu de tps sur Moodle : "La cassure double brin créée par Cas9 a lieu 3 nucléotides en amont de l'extrémité 3' de la séquence PAM".

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Justement, si ça se fait en amont, c’est avant, et non à la séquence 3’

 

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

Item D : ça se fait en introduisant plusieurs ARN guides dirigés contre différents gènes ?

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Oui

[OxyGenS]

  On 3/29/2021 at 6:00 AM, Hypnos said:

Oui normalement ce terme est utilisé à l’oral, après elle ne prend pas le temps de le définir 

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Tu pourrais m'expliquer rapidement ce que c'est stp ?

 

  On 3/29/2021 at 6:00 AM, Hypnos said:

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

Item C compté faux car "en 5' ", réponse de la prof il y a peu de tps sur Moodle : "La cassure double brin créée par Cas9 a lieu 3 nucléotides en amont de l'extrémité 3' de la séquence PAM".

Expand  

Justement, si ça se fait en amont, c’est avant, et non à la séquence 3'

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D'accord je pensais qu'en disant 3' ils parlaient du côté 3' sans faire attention à si c'est pile à l'extrémité de PAM ou un peu en amont

[Hypnos]

  On 3/29/2021 at 8:27 AM, OxyGenS said:

Tu pourrais m'expliquer rapidement ce que c'est stp ?

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Cela correspond à la phase stationnaire

[OxyGenS]

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

1) 3E : "Il est possible d’estimer la masse moléculaire de GOAT avec un gel SDS-PAGE en conditions dénaturantes"

VRAI : "avec les différents marqueurs, on peut réaliser une droite avec log(MM) en fonction de la distance de migration. Il suffit ensuite de mesurer la distance de migration parcourue par notre protéine pour ensuite estimer la masse moléculaire de GOAT".

Mais si GOAT est dimérique par exemple alors notre estimation sera fausse non ?

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@Hypnos tu pourrais m'expliquer pour ça stp, je ne trouve pas cela logique du tout je fais peut-être une erreur dans mon raisonnement.

Imaginons que GOAT est dimérique (sachant que rien ne nous permet de dire qu'elle ne l'est pas dans l'énoncé) et qu'elle fait 100kDa, alors en SDS-PAGE dénaturant on devrait avoir une seule bande à 50kDa non ?

Or si on ignore qu'elle est dimérique on peut être amené à faire fausse route en se disant qu'elle fait 50kDa alors que c'est le double. Et pour moi ce n'est pas vraiment une estimation quand on a la moitié de la bonne valeur...

Alors je sais bien que les chercheurs ne sont pas stupides et font d'autres tests/vérifications mais avec les simples données du QCM je ne vois pas comment on peut affirmer que le SDS PAGE dénaturant permettra d'estimer la MM de la protéine.

[Hypnos]

  On 3/27/2021 at 4:05 PM, OxyGenS said:

 

1) 3E : "Il est possible d’estimer la masse moléculaire de GOAT avec un gel SDS-PAGE en conditions dénaturantes"

VRAI : "avec les différents marqueurs, on peut réaliser une droite avec log(MM) en fonction de la distance de migration. Il suffit ensuite de mesurer la distance de migration parcourue par notre protéine pour ensuite estimer la masse moléculaire de GOAT".

Mais si GOAT est dimérique par exemple alors notre estimation sera fausse non ?

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Alors c’est conditionnel avec il est possible (mais il manque un si pour nuancer)