KO

[LeMathou]

Kikou, petite question : 

 

Du coup pour moi, ici on se place dans une technique KO. Il est nécessaire d’avoir 2 ARN guides pour pouvoir aller sur chaque allèle du chromosome.

On précise 2 ARN guides de séquences différentes, est ce que c’est pour le cas où on serait face à un individu (le lapinou) hétérozygote : pour un même chromosome il y a différentes allèles ? 

Edited March 11, 2021 by LeMathou

[Rebeccathéter]

coucou,

 

en fait quand on veut faire un KO, on cherche à inactiver le gène par mutation en introduisant des codons STOP prématurés.

Pour s'assurer de cela, on va transfecter plusieurs ARN guides ou plasmides codant pour des ARN guides afin de réaliser le maximum de coupures double brin possibles, par le système CRISPR/Cas9. On part du principe que les deux allèles sont les mêmes, et quand bien même, les allèles différents diffèrent généralement par un SNP : une seule mutation ponctuelle. Dans ce cas, les ARN guides cibleront des séquences communes aux deux allèles.

 

Quand on veut faire un KI, on ne transfecte qu'un seul ARN guide, donc ce n'est pas par rapport aux allèles.

 

J'espère que c'est clair pour toi 

Edited March 11, 2021 by Rebeccathéter

[LeMathou]

@Rebeccathéter je suis totalement d'accord mais ça c'est le cours haha moi je voudrais savoir pourquoi ici on précise que les 2 ARN guides sont de séquences différentes comme indiquer dans l'énoncé ! C'est ça ma question 

Edited March 11, 2021 by LeMathou

[Sarah2729]

Il y a 4 heures, LeMathou a dit :

@Rebeccathéter je suis totalement d'accord mais ça c'est le cours haha moi je voudrais savoir pourquoi ici on précise que les 2 ARN guides sont de séquences différentes comme indiquer dans l'énoncé ! C'est ça ma question 

Bonjour 

Normalement si c'est précisé qu'on utilise bien 2 ARN guides de séquences différentes , c'est pour préciser qu'ils vont chacun ciblé un des allèles de ce gène , dans ce cas ça va être les 2 allèles de l'exon 1 . 

 

J'espère que c'est plus clair avec ces explications , si c'est toujours pas le cas je peux formuler autrement .

 

 Bonne fin de journée à vous et bon courage!!!

[LeMathou]

Il y a 5 heures, LeMathou a dit :

2 ARN guides pour pouvoir aller sur chaque allèle du chromosome.

@Sarah2729 ça je l'ai bien compris c'est ce que j'ai dit au dessus, MAIS si les allèles ont une séquence nucléotidique identique ( on serait alors sur un individu homozygote (pour ce gène)) du coup je ne vos pas pourquoi les ARN guides aurait des séquences différentes vu qu'ils visent les mêmes allèles. 

Mais du coup ma question c'est on prend large et prend un individu hétérozygote (pour ce gène) => donc des séquences nucléotidiques différentes, donc intérêt d'avoir des séquences différentes 

tu vois où je veux en venir ? 

Edited March 11, 2021 by LeMathou

[Sarah2729]

@LeMathou, je vois absolument ce que tu veux dire , le soucis c'est que ça dépend aussi de l'énoncé car notre but c'est d'interrompre l'expression du gène ou d'indure une délétion . Si on a un homozygote ou un hétérozygotes et que l'on injecte 2 ARN guides qui ciblent bien des séquences nucléotidiques pour les 2 allèles , il est possible que  KO va se produire , car  c'est la partie en 5` de l'ARN guide qui est composé d'une séquence de 20 nt qui s'apparient à la séquence cible .Donc d'utiliser deux ARN guides différents est aussi possible pour un individu  hétérozygote ou homozygote . Je vois pas de contre exemple dans son cours pour penser qu'un individu hétérozygote doit être injecté par deux ARN guides obligatoirement . 

Je suis désolée de ne pas être très précise la prof n'avait pas trop détailler à ce sujet pour savoir si il y a des obligations dans certains cas et dans lequel c'est permis . 

Est-ce que ça t'aide à comprendre un peu mieux ? 

 

[LeMathou]

il y a 13 minutes, Sarah2729 a dit :

Je vois pas de contre exemple dans son cours pour penser qu'un individu hétérozygote doit être injecté par deux ARN guides obligatoirement . 

mais c'est parce qu'il y en a pas haha (fin du moins elle nous le dit pas) 

 

Elle ne précise pas à ce point non, mais du coup j'ai tiqué en voyant ça dans l'item et du coup je me suis posée la question + par curiosité parce que ça m'a intrigué !!! Mais en tout cas oui dans ma tête ce n'est pas un caractère qui rendrait un item faux mais voilà juste de la curiosité 

 

Merci d'avoir pris le temps de répondre @Sarah2729 :)))))))) 

 

je vais juste identifier @Hypnos au cas où pour voir ce qu'il en pense 

 

Edited March 11, 2021 by LeMathou

[Hypnos]

Donc petit recap @LeMathou

donc c’est 2 ARN guides pour cibler deux allèles différents (on inclut le cas de l’heterozygote ainsi)

 

même si ça varie que de quelques SNP, on va cibler des séquences spécifiques de chaque allèle pour assurer d’avoir un KO complet

et non de faire plusieurs coupures sur une même séquence

[Rebeccathéter]

il y a 10 minutes, Hypnos a dit :

et non de faire plusieurs coupures sur une même séquence

@Hypnos le chargé de TD m'a dit le contraire (mais je sais que c'est pas forcément une référence)

Edited March 13, 2021 by Rebeccathéter

[Hypnos]

Just now, Rebeccathéter said:

@Hypnos le chargé de TD m'a dit le contraire (mais je sais que c'est forcément une référence)

Montferran dans son cours nous explique ce que je viens de dire, en disant justement que c’est une des rares techniques qui permet de faire des KO ainsi

[Rebeccathéter]

@Hypnos YES je suis perdue mtn

@ZoeDbg le sheitan ce chargé de td avec sa CE

 

[Hypnos]

Just now, Rebeccathéter said:

@Hypnos YES je suis perdue mtn

@ZoeDbg le sheitan ce chargé de td avec sa CE

 

C’était un homme un peu aigrie ? Début de calvitie ?

[ZoeDbg]

il y a 5 minutes, Rebeccathéter a dit :

le chargé de TD

Et quelle pépite celui ci !

Mdr il nous a a raconté n'importe quoi

J'en pouvais plus, pire TD de ma vie 

à l’instant, Hypnos a dit :

C’était un homme un peu aigrie ? Début de calvitie ?

EXACTTTT, il se moquait de nous quand on avait faux 

@HypnosJe suis pas contre un p'tit récap' s'te plaiiit  parce que du coup je comprends plus rien 

[Rebeccathéter]

il y a 3 minutes, ZoeDbg a dit :

Mdr il nous a a raconté n'importe quoi

"c'est un jeu d'acteur le TD en ft j'y connais rien"

BAH SUPER CA

 

il y a 6 minutes, Hypnos a dit :

C’était un homme un peu aigrie ? Début de calvitie ?

il est connu dans le milieu mdrrrrr

[nell-de-poule]

il s'est juste moqué de toi chérie @ZoeDbg prend pas ton cas pour généralité

vous etes dure avec lui @Rebeccathéter @ZoeDbg il était pas si long que ca ce td lol

[LeMathou]

il y a une heure, Hypnos a dit :

Donc petit recap @LeMathou

donc c’est 2 ARN guides pour cibler deux allèles différents (on inclut le cas de l’heterozygote ainsi)

 

même si ça varie que de quelques SNP, on va cibler des séquences spécifiques de chaque allèle pour assurer d’avoir un KO complet

et non de faire plusieurs coupures sur une même séquence

okay c'est parfait c'est bien ce que je voulais savoir merci beaucoup