Poly TAT 2021-questions de cours

[OxyGenS]

Bonjour,

 

1) L'extrait brut obtenu à partir de l'homogénat contient uniquement des protéines (et rien d'autre) ?

 

2) 2D : "Le facteur de purification correspond à la quantité de protéines d’intérêt récupérées par rapport à la quantité de départ. On veut que ce rapport augmente" --> FAUX : "Ceci correspond à la définition du rendement."

Je ne suis pas d'accord avec la correction, pour moi le rendement c'est l'activité totale de protéines récupérées à l'étape X par rapport à l'activité totale des protéines de l'homogénat.

 

3) 3E "Le tampon de lyse d’une solution contient des agents antioxydants afin d’éviter l’activation des protéases qui détruiraient les protéines" --> FAUX : "Antioxydants servent à éviter que les ponts disulfures des protéines se cassent".

J'ai un pb avec la justification ; si mes souvenirs du S1 sont bons, les ponts SS se mettent en place dans un milieu oxydant (RE) du coup des antioxydants seraient plutôt défavorables aux ponts SS tandis que la correction dit que ça permet de maintenir les ponts SS. Je ne comprends pas trop

 

4) 5E : "Il n’y a pas de protéines dans le volume mort." --> FAUX : "Les protéines exclues des billes y sont".

La correction n'est pas rigoureuse je trouve ; le volume mort est défini comme le volume nécessaire pour faire sortir le bleu dextran. Il se peut que le volume nécessaire pour faire sortir les protéines exclues soit le même mais ce n'est pas obligatoire.

N'aurait-il pas fallu mettre une justification du genre : "cela dépend, parfois les protéines exclues se retrouvent dans le V0 et parfois elles n'y sont pas" ?

 

5) 7C "Lors d’une chromatographie échangeuse de cations, la phase stationnaire est chargée positivement
avec du DEAE" --> FAUX car chargée négativement.
Ma question est : doit-on retenir DEAE et CM nécessaires aux chromato échangeuses d'ions ?

 

Merci

[PierrickSenior]

Bonjour @OxyGenS, 

 

Le 10/02/2021 à 15:30, OxyGenS a dit :

1) L'extrait brut obtenu à partir de l'homogénat contient uniquement des protéines (et rien d'autre) ?

Selon la définition de l'extrait brut, normalement oui. 

 

Le 10/02/2021 à 15:30, OxyGenS a dit :

2) 2D : "Le facteur de purification correspond à la quantité de protéines d’intérêt récupérées par rapport à la quantité de départ. On veut que ce rapport augmente" --> FAUX : "Ceci correspond à la définition du rendement."

Je ne suis pas d'accord avec la correction, pour moi le rendement c'est l'activité totale de protéines récupérées à l'étape X par rapport à l'activité totale des protéines de l'homogénat.

Finalement l'activité totale permet de refléter la quantité de protéines. La mesure de l'activité total nous sers uniquement (dans ce cours) à déterminer la quantité de protéines donc finalement ça revient au même. 

 

Le 10/02/2021 à 15:30, OxyGenS a dit :

3) 3E "Le tampon de lyse d’une solution contient des agents antioxydants afin d’éviter l’activation des protéases qui détruiraient les protéines" --> FAUX : "Antioxydants servent à éviter que les ponts disulfures des protéines se cassent".

J'ai un pb avec la justification ; si mes souvenirs du S1 sont bons, les ponts SS se mettent en place dans un milieu oxydant (RE) du coup des antioxydants seraient plutôt défavorables aux ponts SS tandis que la correction dit que ça permet de maintenir les ponts SS. Je ne comprends pas trop

Je pense que antioxydant ou milieu oxydant sont à différencier. Mais surtout c'est hors programme pour moi pour ce cours. Une protase n'a pas forcément besoin d'être oxydée pour être activée. Je n'ai pas de meilleurs réponse. 

 

Le 10/02/2021 à 15:30, OxyGenS a dit :

4) 5E : "Il n’y a pas de protéines dans le volume mort." --> FAUX : "Les protéines exclues des billes y sont".

La correction n'est pas rigoureuse je trouve ; le volume mort est défini comme le volume nécessaire pour faire sortir le bleu dextran. Il se peut que le volume nécessaire pour faire sortir les protéines exclues soit le même mais ce n'est pas obligatoire.

N'aurait-il pas fallu mettre une justification du genre : "cela dépend, parfois les protéines exclues se retrouvent dans le V0 et parfois elles n'y sont pas" ?

Personnellement je suis d'accord avec la correction. Le volume mort correspond à tout ce qui est exclue des billes et donc en quelque sorte tout ce qui va sortir "en premier". Toutes les protéines à haut poids moléculaires appartiendront au volume mort ! Finalement tout ce qui n'est pas retenu par les billes est lavé en même temps non ? 

 

Le 10/02/2021 à 15:30, OxyGenS a dit :

5) 7C "Lors d’une chromatographie échangeuse de cations, la phase stationnaire est chargée positivement
avec du DEAE" --> FAUX car chargée négativement.
Ma question est : doit-on retenir DEAE et CM nécessaires aux chromato échangeuses d'ions ?

Ce n'est jamais tomber. J'ai de vagues souvenirs où elle riait qu'il ne fallait pas le retenir mais je suis pas sur à 100%. En tout cas ce n'est pas ce qui importe pour les QCMs..

 

J'espere que tout est plus clair n'hésite pas sinon. 

Bonne journée.

[OxyGenS]

Merci pour ta réponse !

 

Il y a 9 heures, PierrickSenior a dit :

Finalement l'activité totale permet de refléter la quantité de protéines. La mesure de l'activité total nous sers uniquement (dans ce cours) à déterminer la quantité de protéines donc finalement ça revient au même.

Je comprends ce que tu veux dire mais ce qui me dérange c'est qu'elle écrit bien dans le cours que la qte de protéines et l'activité totale sont des valeurs expérimentales donc mesurées, pour moi ça sous-entend que l'on mesure réellement ces valeurs et non pas qu'on en détermine une en fct de l'autre.

Et du coup en QCM quand on nous dit par exemple "le rendement est..." ce n'est pas obligé que la suite soit l'expression algébrique du calcul du rendement ? Je pensais qu'il fallait vraiment respecter en QCM le fait que le rendement se calcule par : activité totale (de l'étape de purification considérée) / activité totale de l'homogénat, le tout x100 pour l'exprimer en %.

 

Il y a 9 heures, PierrickSenior a dit :

Personnellement je suis d'accord avec la correction. Le volume mort correspond à tout ce qui est exclue des billes et donc en quelque sorte tout ce qui va sortir "en premier". Toutes les protéines à haut poids moléculaires appartiendront au volume mort ! Finalement tout ce qui n'est pas retenu par les billes est lavé en même temps non ? 

J'avais posé la question et Alex m'avait répondu ça :

Le 27/01/2021 à 16:27, OxyGenS a dit :

3) https://zupimages.net/viewer.php?id=21/04/p30y.png

D faux : "c'est possible mais ce n'est en rien une règle générale".

V0 c'est uniquement le volume nécessaire pour faire sortir le bleu dextran et parfois il se trouve que ce V0 est le même que le Ve de la plus grosse molécule ?

"C’est exactement ça"

[PierrickSenior]

Il y a 16 heures, OxyGenS a dit :

Je comprends ce que tu veux dire mais ce qui me dérange c'est qu'elle écrit bien dans le cours que la qte de protéines et l'activité totale sont des valeurs expérimentales donc mesurées, pour moi ça sous-entend que l'on mesure réellement ces valeurs et non pas qu'on en détermine une en fct de l'autre.

Et du coup en QCM quand on nous dit par exemple "le rendement est..." ce n'est pas obligé que la suite soit l'expression algébrique du calcul du rendement ? Je pensais qu'il fallait vraiment respecter en QCM le fait que le rendement se calcule par : activité totale (de l'étape de purification considérée) / activité totale de l'homogénat, le tout x100 pour l'exprimer en %

Lorsqu'on te présente un tableau oui pour retrouver le rendement tu utilise ta formule se basant sur l'activité totale. Dans le tableau de purification on mesure la quantité totale de protéines, donc la quantité de protéines d'intérêt + la quantité des autres protéines (il y a différentes sortes de protéines vu que la fraction n'est pas encore purifiée, ou du moins pas totalement). On mesure aussi l'activité totale sur une réaction enzymatique donné, étant donné qu'on considère que "seul" la protéine d'intérêt à une activité enzymatique pour cette réaction, finalement on mesure l'activité de la protéine d'interet. Ce qui nous permet donc de calculer le rendement des purifications. Finalement le rendement devient le reflet de la quantité de protéines d'intérêt ! et non pas le reflet de la quantité totale de protéines (qui est, on le rappel quantité de protéine d'intérêt + autres protéines). Est ce plus clair cette fois ? 

 

Il y a 17 heures, OxyGenS a dit :

J'avais posé la question et Alex m'avait répondu ça :

@Hypnos, si tu as un avis différent ? Je t'en prie. 

 

Personnellement je suis d'accord avec la correction du 5E et la correction du 3D. Pour moi le volume mort correspond au volume pour lequel les protéines n'ont pas étaient retenues. Donc finalement cela corresponds au volume où les protéines sont exclues des billes. L'item 3D dit " Le volume d'élution de la molécule de plus gros poids moléculaire correspond au volume mort". Pour moi faux car la molécule avec le plus haut poids moléculaire peut avoir un poids moléculaire en dessous de la limite d'exclusion, donc ne pas être exclus des billes et ne pas être dans le volume mort. Donc je suis d'accord avec la correction. 

Pour moi il faut retenir que tout ce qui ne rentre pas dans les billes est du volume mort. 

 

Est ce plus clair cette fois ? 

 

Bien à toi. 

[OxyGenS]

Il y a 6 heures, PierrickSenior a dit :

Lorsqu'on te présente un tableau oui pour retrouver le rendement tu utilise ta formule se basant sur l'activité totale. Dans le tableau de purification on mesure la quantité totale de protéines, donc la quantité de protéines d'intérêt + la quantité des autres protéines (il y a différentes sortes de protéines vu que la fraction n'est pas encore purifiée, ou du moins pas totalement). On mesure aussi l'activité totale sur une réaction enzymatique donné, étant donné qu'on considère que "seul" la protéine d'intérêt à une activité enzymatique pour cette réaction, finalement on mesure l'activité de la protéine d'interet. Ce qui nous permet donc de calculer le rendement des purifications. Finalement le rendement devient le reflet de la quantité de protéines d'intérêt ! et non pas le reflet de la quantité totale de protéines (qui est, on le rappel quantité de protéine d'intérêt + autres protéines). Est ce plus clair cette fois ? 

Okkkk j'avais pas du tout bien compris le tableau !

Pour être sûre : du coup l'activité totale c'est uniquement celle de la protéine d'intérêt car c'est la seule à posséder une activité enzymatique parmi l'homogénat ?

Et l'activité spécifique c'est l'activité totale (de la protéine d'intérêt) divisé par la quantité de protéines totale (intérêt + les autres de l'homogénat) ?

 

 

Il y a 6 heures, PierrickSenior a dit :

Pour moi faux car la molécule avec le plus haut poids moléculaire peut avoir un poids moléculaire en dessous de la limite d'exclusion, donc ne pas être exclus des billes et ne pas être dans le volume mort. Donc je suis d'accord avec la correction. 

Pour moi il faut retenir que tout ce qui ne rentre pas dans les billes est du volume mort. 

Mais du coup si la molécule de plus haut PM n'est pas exclue le V0 = 0 ?

[PierrickSenior]

Le 13/02/2021 à 21:51, OxyGenS a dit :

Okkkk j'avais pas du tout bien compris le tableau !

Pour être sûre : du coup l'activité totale c'est uniquement celle de la protéine d'intérêt car c'est la seule à posséder une activité enzymatique parmi l'homogénat ?

Et l'activité spécifique c'est l'activité totale (de la protéine d'intérêt) divisé par la quantité de protéines totale (intérêt + les autres de l'homogénat) ?

Exact. alors pour être plus précis ce n'est pas forcement la seul avec une activité enzymatique mais la seule avec une activité enzymatique mesurée. Petite nuance sans grande importance. 

Exact ! l'AS c'est le nombre de produit obtenu par minute et par protéines. L'AS augmente si le % de protéine d'intérêt augmente au sein des fractions purifies. 

 

Je te conseil de regarder la définition du VO sur ce sujet (elle est mise en évidence). Pour moi c'est une très bonne définition pour comprendre. Dans ce cas la le volume mort ne comporte simplement aucune protéine. 

[OxyGenS]

Parfait j'ai compris ! Merci pour ta patience @PierrickSenior