Salvayre

[Hibou]

Bonjour,

 

j'aimerais tirer au clair les liens entres les % que donne Salvayre dans ses cours; je m'explique,

 

les Eléments Transposables (45%), ce pourcentage est donné pour le génome nucléaire humain, ok.

Cela correspond à du DNA-extra-génique ou/et des gènes ?

 

quand il s'embarque dans les explications des séquences hautement rép'/moyennement/unique, les % qu'il donne se référent à quoi ? Le total des valeurs "hautes" des fourchettes données fait 80%, il me semble comprendre (notamment explicitement grâce à la dia 96) qu'il fait référence au gènes (25%)

l'on aurait donc 80% des 25% ?

 

Merci par avance  

 

[saraahh]

(désolée @Hibou je m'incruste pour ajouter une petite question sur le sujet, est-ce que les séquences hautement et moyennement rép font partie des éléments codants, apparentés au gènes, des éléments extra-géniques ou bien des 3... car on a visiblement 15% de hautement rép et 25-40% de moyennement rép je sais pas trop où les placer)

merci d'avance 

[YEAHBOY]

C'est vrai que c'est un peu la débandade tous ces pourcentages mais tu peux remarquer que : 

 

- Pour toutes les séquences répétées, les % font référence au génome nucléaire (regardes le titre de ses diapos)

- Pour les éléments transposables, d'après les diapos, les % font référence au génome humain (= génome nucléaire + mitochondrial), mais tu peux considérer ces % pour le génome nucléaire car le génome mitochondrial est négligeable niveau taille par rapport au génome nucléaire. (En plus s'il a dit par rapport au génome nucléaire c'est ça qu'il faut considérer)

 

Pour les éléments transposables = 45% du génome humain 

Dans ces 45 % tu as

 

du DNA extra-génique pour la majorité (DNA qui n'a pas la structure d'un gène) ex: séquences SINE

mais aussi du DNA génique (qui code pour des protéines) ex: les vestiges de rétrovirus qui codent pour les syncytines 1 et 2 placentaires

 

Pour les séquences répétitives tu as 

 

- Des séquences hautement répétitives = 45% du génome nucléaire : c'est du DNA extra génique à priori

- Des séquences moyennement répétitives = au moins 25 à 40% du génome nucléaire car 

 

séquences moyennement répétitives = séquences non codantes -> 25 à 40 % + séquences codantes et gènes répétitifs -> pourcentage non donné

Tu as donc du DNA génique qui code pour des protéines et ARN (gènes histones et rRNA) et du DNA non génique (séquence Alu)

 

Je pense que la notion codant/non codant des séquences moyennement répétitives n'a pas la même signification que codant/non codant pour les gènes.

 

Pour les gènes : DNA codant = partie du gène qui donne les AA

                            DNA non codant = partie du gène qui ne donne pas d'AA

 

Pour les séquences moyennement répétitives : DNA codant = DNA qui donne une protéine

                                                                               DNA non codant = DNA qui ne donne pas de protéine et qui n'a pas la structure d'un gène (donc du DNA extra génique en quelque sorte)

 

 - Les séquences uniques sont la quasi totalité des gènes et pseudogènes = 25 % du génome nucléaire 

 

NB : Les gènes se repartissent quasi essentiellement dans les séquences uniques, quelques rares sont moyennement répétitifs 

        Certains font partis des éléments transposables (gènes des syncytines 1 et 2).

 

J'espère que c'est plus clair  

[Hibou]

@YEAHBOII donc codant (2%) + non-codant (23%) est occupé en majorité par les séquences uniques (+ quelques moyennes codante= Histone/quelques RNA chez l'homme)

 

Les E.T (45%) go dans les 75% du DNA extra-génique (sauf Syncytines 1/2 emb)

 

Le hautement répétitif (15%) on le balance dans le DNA extra-génique (75%) sans aucunes hontes

 

et enfin il nous reste la meilleure amie jalouse qui casse les dents : moyennement répétitif (25-40%) qui va un peu dans les deux (cf dis plus haut) et le reste en extra génique (séquences Alu notamment; bon comme c'est un E.T on la déjà classé)

 

Je me suis fais mon petit résumé de ce que j'ai compris + les infos que tu viens de me donner, je fais des erreurs ? (merci pour ton message très détaillé ! )

[YEAHBOY]

Oui globalement c'est ça l'idée c'est plutôt d'avoir une ordre d'idées des pourcentages, et de savoir ce qui a dans les différentes catégories