Amorces

[Odontoboulot]

Bonjour

 

Je comprend pas pourquoi la A est juste

 

concernant les items D et E, c'est bien la séquence entourée en rouge qui nous intérressait ? (codon Stop)

je veux dire , c'est bien elle qui est transcrite dans le sens directe ?

 

[adrénalex]

Salut! 

 

A. En effet on retrouve bien les 2 amorces positionnées dans le bon sens dans les séquences de références utilisées pour le séquençage de l'exon 4 : 

 

Et pour tes autres questions, alors non la séquence qui nous intéresse (qu'on amplifie) est tout ce qui se trouve entre nos amorces, enfaite le but de cette PCR c'est de pouvoir séquencer par la suite l'exon 4 soit de trouver l'enchainement nucléotidique qui constitue l'exon 4 (connaitre les "----"). 

Et pour ton schéma du dessous il est juste, c'est bien le brin complémentaire du brin sens qui sert de matrice pour la transcription (mais cela ne te permet pas de répondre aux items). 

 

Si tu as d'autres question hésite pas, bon courage! 

[Odontoboulot]

il y a 42 minutes, adrénalex a dit :

Salut! 

 

A. En effet on retrouve bien les 2 amorces positionnées dans le bon sens dans les séquences de références utilisées pour le séquençage de l'exon 4 : 

 

Et pour tes autres questions, alors non la séquence qui nous intéresse (qu'on amplifie) est tout ce qui se trouve entre nos amorces, enfaite le but de cette PCR c'est de pouvoir séquencer par la suite l'exon 4 soit de trouver l'enchainement nucléotidique qui constitue l'exon 4 (connaitre les "----"). 

Et pour ton schéma du dessous il est juste, c'est bien le brin complémentaire du brin sens qui sert de matrice pour la transcription (mais cela ne te permet pas de répondre aux items). 

 

Si tu as d'autres question hésite pas, bon courage! 

 

Salut, Merci pour ta réponse, du coup j'ai bien compris mon erreur de l'item A

 

Mais donc ça change le raisonnement pour l'item E, autant la D elle reste fausse

 

Pourquoi la E serait juste ? si la séquence en 3' comporte une mutation, l'amorce ne pourra pas s'hybrider, donc on peut supposer une mutation mais la PCR elle ne se fait pas pourtant  ?

 

[adrénalex]

Alors là tu dois bien faire attention à la façon dont les phrases sont formulées: 

D. La PCR se fera à forte stringence → Non parce que l'on cherche seulement à amplifier la séquence donc on fera une PCR à basse stringence qui permettra une hybridation des amorces même si il y a une mutation ponctuelle côté 3'. 
E. La PCR pourrait être réalisée de telle façon que l’on puisse déterminer si la mutation était présente ou pas → Oui en effet si notre but est de déterminer si la mutation est présente ou pas, on pourrait faire une PCR haute stringence avec les mêmes amorces et si on n'observe pas d'amplification c'est que l'amorce en 3' n'a pas pu s'hybrider dû à la présence de la mutation ponctuelle. 

Pas d'amplification → présence de mutation ponctuelle 

Amplification → pas de mutation dans la région 3'

Enfaite les items D et E sont indépendant. 

 

J'espère que c'est plus clair avec ces explications... 

[zazouette]

@adrénalex salut ! jje m'incruste parce que j'ai une question à propos de la stringence!

Le 05/12/2020 à 20:57, adrénalex a dit :

D. La PCR se fera à forte stringence → Non parce que l'on cherche seulement à amplifier la séquence donc on fera une PCR à basse stringence qui permettra une hybridation des amorces même si il y a une mutation ponctuelle côté 3'. 

du coup on fait à basse stringence si on veut amplifier 

et haute stringence si on veut détecter une mutation pour ça s'hybride au "nucléotide près, histoire de pas rater la mutation"

c'est bien ça ?

[adrénalex]

Il y a 3 heures, zazu a dit :

@adrénalex salut ! jje m'incruste parce que j'ai une question à propos de la stringence!

du coup on fait à basse stringence si on veut amplifier 

et haute stringence si on veut détecter une mutation pour ça s'hybride au "nucléotide près, histoire de pas rater la mutation"

c'est bien ça ?

@zazu Oui c'est ça, après de manière plus générale tu peux toujours faire de l'amplification à haute stringence mais faut bien connaître les séquences (au nucléotide près) sur lesquels les amorces s'hybrideront; c'est pour ça qu'on préférera le faire a basse stringence comme ça il y a plus de probabilité que la séquence soit amplifiée sans problème.