qcms du poly l'Avent

[lacelluledu66]

Coucou!

1. dans un qcm on nous dit que la RTPCR n'utilise pas ARN polymérase ? mais elle en a besoin pour l'amorce des réplications, nn? svp (14C p31)

 

2. par rapport à ces 2 items sur la traduction:

B. Chez les eucaryotes, l’ARNm se circularise grâce à la protéine de liaison des poly A qui se lie à des facteurs d’initiation entrainant plusieurs traductions sans nouvelle initiation.

C. L’ARNt se fixant sur l’AUG initiateur est différent de ceux qui se fixerontsur les autres AUG

 

pour la B je n'ai pas compris comment se circularise ADN ? svp et pour la C quelle est la différence entre ces ARNt? svp

 

3. par rapport à cet item : Le code génétique est universel, non chevauchant, dégénéré et n’a pas de ponctuation

 

est-ce qu'il serait que vous m'expliquiez les termes en gras? svp

 

4. à quoi correspondent les sequences Kozak? svp

 

5. je ne comprends pas la différence entre :

- sur le gel d’électrophorèse, on obtient la taille des fragments d'ADN amplifiés par PCR

 

- dans une PCR quantitative, on va pouvoir déterminer la quantité ADN à amplifier

 

6. par rapport à ce qcm, je ne comprends pas pourquoi la A est vraie, on est pas supposé avoir des amorces antiparallèles et sur le meme brin? svp https://ibb.co/HBtKR02

 

7. dans ce qcm : QCM 17 –Des chercheurs veulent réaliser une sonde à partir de l’ADN suivant (seul le brin codant est représenté) : 5’ GTAC/CGTAGCTACGTACT 3’Pour cela, ils utilisent une endonucléase qui coupe en « / », puis une ADN polymérase I, des dXTP et une ligase

 

 

je ne comprends pas comment le GTAC coupé pourra servir d'amorce, une amorce n'est pas toujours de l'ARN? svp

 

8. je ne vois pas ce qu'est la synthèse de novo? svp

 

Merci!

[audreyfdn]

Coucou @Larab!

Alors je vais essayer de t'expliquer tout ces items ! Sache d'ailleurs qu'il y a un post dédier au poly de l'Avent (en haut de la section génome) n'hésite pas à venir poser tes questions concernant le poly de l'Avent sur ce post 

 

Tout d'abord, Pour la RT-PCR. Effectivement dans la réplication classique, nous avons besoin d'une ARN polymérase pour former les amorces d'ARN. Mais dans une PCR ou une RT-PCR, nous allons apporter des amorces en ARN spécifiques de la séquence à amplifier, donc nous n'avons pas besoin d'ARN polymérase. 

(si mes explications ne sont pas clair, j'avais déjà expliqué cet item sur le pst du poly de l'Avent, ducoup n'hésite pas à aller voir )

 

Ensuite, pour l'item B, pourrais-tu me dire dans quel QCM il est s'il te plaît ? 

 

Pour le premier Acide Aminé, en effet on parle d'un ARNt initiateur. Cet ARNt va se fixer sur un codon d'initiation, qui est forcément un AUG.

 

Je ne sais pas trop comment sa structure varie par rapport à un ARNt de base, mais tout d'abord, il n'interviendra qu'au moment de l'initiation de la traduction, il ne se fixe pas au complexe d'initiation du ribosome sur le même site que les autres ARNt.

 

/!\ ceci est totalement hors programme, mais je sais que l'année dernière, Avec Professeur Couderc, nous avions vu que l'ARNt se fixe sur le site P, et non sur le site A, je te joins un joli petit dessin que j'ai fais pour t'expliquer très rapidement ce que je veux te dire par rapport aux sites.

 

 

Ton ARNt initiale se fixe sur le premier site du ribosome. Puis vient un deuxième ARNt normal qui va se fixer sur le deuxième site du ribosome.

Le ribosome va ensuite se décaler, Ce qui fait que l'ARNt normal qui était venu se fixer sur le deuxième site du ribosome va se retrouver au niveau du premier site de liaison du ribosome, à la place de l'ARNt initiale

Un deuxième ARNt normal va pouvoir venir se fixer sur le deuxième site du ribosome. Donc les ARNt normaux viennent toujours se fixer sur le deuxième site du ribosome. Sauf le premier ARNt initiateur. 

 

La traduction et la formation de la séquence en AA se fait comme cela. 

 

Bref ! tout ça pour dire que l'ARNt initiale ne vient pas se fixer initialement sur le deuxième site comme tout autre ARNt, mais vient se fixer sur le premier, ce qui est spécial. Mais j'espère que cela t'explique un peu pourquoi l'ARNt initial est particulier. 

 

3. Alors tout d'abord, le code génétique est non chevauchant. ceci veut dire que l'ARNm est bien lu de 3nucléotides en 3nucléotides. 

Prenant un exemple : soit la séquence nucléotidique suivante : "GUAACGGAA"

Le ribosome va lire : "GUA ACG GAA" et non "GUA UAA AAC ACG CGG GGA GAA"

En gros, un nucléotide ne sera pas "lu" plusieurs fois par un ribosome. J'espère avoir été clair, sinon, je te conseille d'aller voir les diapos du professeur Langin, il explique bien ce principe avec un autre exemple.

 

On dit que le code génétique est dégénéré car plusieurs codons codent pour un même acide aminé, plusieurs triplets de nucléotides sont possible pour coder un même acide aminé. Par exemple, quand tu regarde ton code génétique, tu peux voir que les deux codons, UUU et UUC codent pour la phénylalaline. 

 

Et enfin, le fait que le code génétique n'a pas de ponctuation veut dire que tout les nucléotides vont être lu par le ribosome. Un nucléotide ne peut pas être "sauté" par le ribosome. Prenons le même exemple que tout à l'heure, soit la séquence suivante : "GUAACGGAA":

Le ribosome lira "GUA ACG GAA", mais en aucun cas il ne pourra lire GUA puis CGG (en sautant le A). 

 

4. Les séquences Kozak jouent un rôle dans l'initiation de la traduction. La traduction débutera lorsque la sous unité 30s lira la séquence Kozak qui est une séquence présente chez les eucaryotes. Elle est de la forme :

CCACCATGG

ou 

CCGCCATGG

C'est à dire que lorsqu'on a soit CCA ou CCG deux nucléotides avant l'ATG (qui donne AUG dans l'ARNm, étant le codon d'initiation de la traduction), on aura forcément la traduction chez les eucaryotes. 

 

 

5. Alors au niveau d'un gel d'électrophorèse, on va avoir une migration des fragments d'ADN amplifiés en fonction de leurs tailles. C'est à dire qu'en fonction de leurs migration, et de l'endroit où ils migrent sur gel d'électrophorèse, on va pouvoir déterminer leurs tailles, et donc le nombre de nucléotides amplifiés. Ceci nous permet donc d'étudier le fragment d'ADN amplifié.

 

Pour une RT-PCR, cela va être un tout petit peu différent. Nous pouvons étudier la quantité d'ADN amplifié en mettant dans le milieu une petite protéine CYBRgreen, qui va s'intercaler entre les nucléotides et qui de ce fait va fluorescer.  

Avec ensuite un appareil de mesure de la fluorescence, on va pouvoir voir en temps réel combien d'ADN a été amplifié.

Plus la fluorescence est importante, plus l'ADN a été amplifié. 

L'appareil de mesure de la fluorescence va pouvoir mesurer la fluorescence qu'à partir d'un certain taux de fluorescence. Je m'explique : Il faudra une certaine quantité d'ADN amplifié pour que l'appareil puisse détecter la fluorescence. En fonction de ce seuil, cela va nous permettre d'étudier la quantité d'ADN qu'il y avait de base dans la cellule.

Plus ce seuil est atteint rapidement, et donc plus tôt l'appareil pourra mesurer la fluorescence, plus l'ADN de départ était en quantité importante. 

Voici à nouveau un petit schéma explicatif pour mieux comprendre : 

 

J'espère que tu comprends un peu mieux pourquoi grâce à une RT-PCR quantitative on peut connaître la quantité d'ADN de départ.

 

6. Alors ici, tu as tout à fait raison, les amorces doivent bien s'hybrider de façon complémentaire et antiparallèle sur les brins. Ceci est effectivement le cas dans l'item A, mais attention, la réplication se fera toujours dans le sens 5'->3', le sens des amorces n'est pas bon. la réplication se fera, mais dans le sens inverse de la partie que l'on veut répliquer/ amplifier. 

 

7. Alors, il faut savoir que les ADN polymérases peuvent synthétiser des brins d'ADN à partir d'amorces d'ADN et d'amorces d'ARN. Les deux sont équivalents. 

Dans la réplication, on utilise des amorces d'ARN car on ne peut pas synthétiser de l'ADN sans amorces, ducoup pour synthétiser une amorce d'ADN, il faudrait une amorce d'ADN ou d'ARN... Donc cela serait une boucle infinie. C'est pour cela qu'on utilise des amorces d'ARN, car l'ARN lui peut être synthétisé sans amorces. Cela est peut être HP, donc retiens surtout que dans la réplication, on a effectivement besoin d'amorces d'ARN.  

Cependant, grâce au repliement de l'ADN, on a la formation d'une amorce (certe en ADN mais c'est toujours une amorce) et que ducoup on a la réplication part l'ADN polymérase qui est possible. 

 

8. La synthèse de novo est une synthèse nouvelle d'un brin d'ADN. Je sais pas trop comment plus aider si tu ne me donne pas le contexte pour ta dernière question. 

 

Est ce que tout est bon pour toi ? 

 

[lacelluledu66]

Le 03/12/2020 à 11:50, audreyfdn a dit :

Cependant, grâce au repliement de l'ADN, on a la formation d'une amorce (certe en ADN mais c'est toujours une amorce) et que ducoup on a la réplication part l'ADN polymérase qui est possible. 

Kikou Audrey merci infiniment pour ces merveilleuses explications ! est-ce que tu pourrais revenir sur cette partie j'ai pas très bien compris:-) stp

Le 03/12/2020 à 11:50, audreyfdn a dit :

Les séquences Kozak

et par rapport aux séquences Kozak, elles se trouvent bien sur l'ARNt? nn

merciii

[audreyfdn]

Il y a 2 heures, Larab a dit :

Kikou Audrey merci infiniment pour ces merveilleuses explications ! est-ce que tu pourrais revenir sur cette partie j'ai pas très bien compris:-) stp

Le 03/12/2020 à 11:50, audreyfdn a dit :

Oui pas de soucis ! 

En gros, ta séquence est : 5’ GTAC/CGTAGCTACGTACT 3’

Quand tu regardes bien celle ci, après l'action de l'endonucléase, il va y avoir un repliement de l'ADN, et la séquence GTAC va pouvoir s'hybrider avec le GTAC sur l'autre partie comme ceci :

 

5' CGTAGCTACGTACT 3’

       <-        3'     CATG    5'

Donc le petit bout va servir d'amorce pour faire la sonde pour l'ADN polymérase. 

Ce QCM est quand même difficile, le principal est que tu te souviennes qu'il faut toujours des amorces pour synthétiser un brin d'ADN, et que tu te souviennes de la formation des liaisons entre deux nucléotides avec les phosphates alpha, béta et gamma (item A et B )

 

J'espère que c'est un peu plus clair pour toi !

Il y a 2 heures, Larab a dit :

et par rapport aux séquences Kozak, elles se trouvent bien sur l'ARNt? nn

 

Alors non, les séquences Kozak se trouvent sur l'ARNm.

En gros, lorsque ton ribosome va lire cette séquence sur l'ARNm, il va débuter la traduction de cet ARN. 

L'ARNt est l'ARN qui possède un anticodon et qui va pouvoir ramener l'AA pour former la séquence protéique. 

 

est ce que c'est bon pour toi ? 

 

[lacelluledu66]

@audreyfdncoucou merci beaucoup c'est plus clair!