le fameux td 1 que j'avais compris sur le coup mais oublié maintenant

[cassolnousmanque]

hola ! 

alors j'avais quelques petites questions sur ce td ( ça risque d'arriver au fur et à mesure parce que je le refais en parallèle)

du coup question 2: on a cet énoncé là : 

https://moodle.univ-tlse3.fr/pluginfile.php/440721/mod_resource/content/1/Support_ED1genome_PASS.pdf

je capte pas la D et du coup la E (logique  ) parce que je comprends pas concrètement à quoi ça sert de chauffer si c'est pas pour faire de la réplication 

 

question 3C: je comprends pas le rapport mais je saurais pas expliquer pourquoi c'est faux 

question 4B: pourquoi la deuxième bande apparait qu'à partir de la troisième génération (fin je vois sur le schéma mais j'ai pas capté pourquoi elle arrive pas en 2e génération vu que y a les brins néosynthétysés )

 

question 5E: est ce que dTTP et dCTP c'est des amorces ? parce que j'avoue autant les questions ABCD j'ai capté mais la E pas du tout 

question 6A: comment ça se fait qu'on puisse voir de l'ARN radioactif à 1 min parce que ok les amorces ont déjà été mises mais c'est suffisant pour voir la radioactivité ? parce sue je croyais que c'était pas assez puissant pour qu'on puisse le voir (mais je confonds je pense avec les exos de PCR et RT PCR, dites mois si c'est le cas)

 

question 7B,D je comprends pas et pour la E, est ce que c'est vrai parce qu'on regarde la colonne fibroblastes quiecents + et on voit que les chiffres d'en bas sont plus élevés que ceux des fibroblastes quiescents  - ?

question 8 en entier (en fait je crois que je comprends pas comment on doit lire le tableau ...(parce que vraiment je suis perdue alors que je suis sure que c'est faisable par les humains et que c'est pas des questions hyper difficiles !)

 

question 9C : comment on déduit que la télomerase n'a pas d'activité Proof reading

9D pourquoi c'est de l'art alors que la séquence c'est 5' TTAGGG 3'

9E: d'ou on sort que la télomérase est une reverse transcriptase ? 

 

et pour finir en beauté, au td ils ont pas corrigé les questions 10BCDE vu qu'ils ont dit que c'était hors programme sauf que depuis on nous a rajouté la réparation, du coup la D et E j'ai pas trop capté 

 

voila merci beaucoup, ça fait beaucoup de questions mais vraiment c'est pour bien tout comprendre 

 

 

Edited November 28, 2020 by OphelieS

[adrénalex]

il y a 40 minutes, OphelieS a dit :

hola ! 

alors j'avais quelques petites questions sur ce td ( ça risque d'arriver au fur et à mesure parce que je le refais en parallèle)

du coup question 2: on a cet énoncé là : 

https://moodle.univ-tlse3.fr/pluginfile.php/440721/mod_resource/content/1/Support_ED1genome_PASS.pdf

je capte pas la D et du coup la E (logique  ) parce que je comprends pas concrètement à quoi ça sert de chauffer si c'est pas pour faire de la réplication 

Hello! Pour la question 2 on ne fait pas de réplication, le but de ces expériences c'est plus pour travailler sur la composition en CG ou AT des brins d'ADN, sur la température de fusion ou sur la complémentarité.

Ici on chauffe pour dénaturer (décoller les brins complémentaires) et pour voir si les brins d'ADN peuvent ou pas se rapparier entre eux (pour voir si ils ont des séquences complémentaires). En faisant les items A et B tu t'es rendu compte que l'ADN I et l'ADN II n'avait pas la même composition en C G et donc tu en déduit qu'ils n'ont pas la même séquence. Par conséquence après dénaturation et renaturation les brins d'ADN I ne pourront pas s'apparier avec les brins d'ADN II c'est pour que l'item E est faux. Par contre le brins d'ADN I pourra se rapparier avec son brin complémentaire et pareil pour l'ADN II, c'est pour ça que l'item D et juste. 

[cassolnousmanque]

il y a 2 minutes, adrénalex a dit :

Hello! Pour la question 2 on ne fait pas de réplication, le but de ces expériences c'est plus pour travailler sur la composition en CG ou AT des brins d'ADN, sur la température de fusion ou sur la complémentarité.

Ici on chauffe pour dénaturer (décoller les brins complémentaires) et pour voir si les brins d'ADN peuvent ou pas se rapparier entre eux (pour voir si ils ont des séquences complémentaires). En faisant les items A et B tu t'es rendu compte que l'ADN I et l'ADN II n'avait pas la même composition en C G et donc tu en déduit qu'ils n'ont pas la même séquence. Par conséquence après dénaturation et renaturation les brins d'ADN I ne pourront pas s'apparier avec les brins d'ADN II c'est pour que l'item E est faux. Par contre le brins d'ADN I pourra se rapparier avec son brin complémentaire et pareil pour l'ADN II, c'est pour ça que l'item D et juste. 

OK nickel j'avais pas vu ça comme ça mais du coup c'est hyper logique 

mercii 

[adrénalex]

il y a une heure, OphelieS a dit :

question 3C: je comprends pas le rapport mais je saurais pas expliquer pourquoi c'est faux 

Les différents bandes sur le gel électrophorèse sont dues aux différentes tailles des fragments d'ADN générés par les miccrococcus.

[cassolnousmanque]

il y a 2 minutes, adrénalex a dit :

Les différents bandes sur le gel électrophorèse sont dues aux différentes tailles des fragments d'ADN générés par les miccrococcus.

ah yes d'acc 

merci 

[adrénalex]

il y a une heure, OphelieS a dit :

question 4B: pourquoi la deuxième bande apparait qu'à partir de la troisième génération (fin je vois sur le schéma mais j'ai pas capté pourquoi elle arrive pas en 2e génération vu que y a les brins néosynthétysés )

 

Attention à l'énoncé, ici on te dit que la première génération sont "les bactéries cultivées longtemps en milieu 15N" donc la deuxième génération sera celle où l'ADN synthétisé aura une densité intermédiaire car les bactéries possèderont un ADN constitué d'un brin 15N et d'un brin 14N, on observera 1 bande de densité intermédiaire. On aura la 2ème bande à partir de la génération 3 car on a l'apparition d'ADN 14N pure (léger) en plus de l'ADN mixte déjà présent à la génération 2. 

 

[cassolnousmanque]

il y a 1 minute, adrénalex a dit :

Attention à l'énoncé, ici on te dit que la première génération sont "les bactéries cultivées longtemps en milieu 15N" donc la deuxième génération sera celle où l'ADN synthétisé aura une densité intermédiaire car les bactéries possèderont un ADN constitué d'un brin 15N et d'un brin 14N, on observera 1 bande de densité intermédiaire. On aura la 2ème bande à partir de la génération 3 car on a l'apparition d'ADN 14N pure (léger) en plus de l'ADN mixte déjà présent à la génération 2. 

 

donc on considère qu'on a deux bandes uniquement à partir du moment où on a des ADN formés qu'à  partir des brins légers (les bleus en gros)

genre si on a des adn "mixtes" c'est toujours 1 seule bande 

et d'ailleurs, apres N réplications, dans le tube on verra surtout une grosse bande d'ADN léger c'est bien ça ? vu que dans tous les cas y aura toujours que 2 adn "mixtes"

[adrénalex]

il y a 2 minutes, OphelieS a dit :

donc on considère qu'on a deux bandes uniquement à partir du moment où on a des ADN formés qu'à  partir des brins légers (les bleus en gros)

genre si on a des adn "mixtes" c'est toujours 1 seule bande 

et d'ailleurs, apres N réplications, dans le tube on verra surtout une grosse bande d'ADN léger c'est bien ça ? vu que dans tous les cas y aura toujours que 2 adn "mixtes"

C'est exactement ça!

[cassolnousmanque]

il y a 4 minutes, adrénalex a dit :

C'est exactement ça!

ok super mercii 

[adrénalex]

Il y a 2 heures, OphelieS a dit :

question 5E: est ce que dTTP et dCTP c'est des amorces ? parce que j'avoue autant les questions ABCD j'ai capté mais la E pas du tout 

Non le dTTP et le dCTP sont des désoxynucléotides qui sont non radioactifs utilisé pour synthétiser de l'ADN lors de la réparation 

`

Ici des C ont été ajoutés à la place des T (car A complémentaire avec T) donc lors de la réparation l'ADN polymérase I va utiliser son activité exonucléasique 3'→ 5' pour retirer les C puis son activité polymérase pour mettre des T à la place des C. Donc lors de la réparation l'ADN polymérase I utilisera seulement de dTTP car la zone à réparer ne contient que des A (brin du bas). Si il y avait eu des G sur le brin du bas à la place des A alors on aurait utilisé du dCTP. Par conséquent le fait qu'il y ait des dCTP ne change rien aux résultats des expériences car ils ne sont jamais utilisés.

[cassolnousmanque]

il y a 1 minute, adrénalex a dit :

Non le dTTP et le dCTP sont des désoxynucléotides qui sont non radioactifs utilisé pour synthétiser de l'ADN lors de la réparation 

`

Ici des C ont été ajoutés à la place des T (car A complémentaire avec T) donc lors de la réparation l'ADN polymérase I va utiliser son activité exonucléasique 3'→ 5' pour retirer les C puis son activité polymérase pour mettre des T à la place des C. Donc lors de la réparation l'ADN polymérase I utilisera seulement de dTTP car la zone à réparer ne contient que des A (brin du bas). Si il y avait eu des G sur le brin du bas à la place des A alors on aurait utilisé du dCTP. Par conséquent le fait qu'il y ait des dCTP ne change rien aux résultats des expériences car ils ne sont jamais utilisés.

ok merci ça marche 

[adrénalex]

Il y a 2 heures, OphelieS a dit :

question 6A: comment ça se fait qu'on puisse voir de l'ARN radioactif à 1 min parce que ok les amorces ont déjà été mises mais c'est suffisant pour voir la radioactivité ? parce sue je croyais que c'était pas assez puissant pour qu'on puisse le voir (mais je confonds je pense avec les exos de PCR et RT PCR, dites mois si c'est le cas)

Oui tu mélanges avec les exos de RT-PCR où on détecte la fluorescence qu'au bout d'un certain nombre de cycle. Ici c'est de la radioactivité et dès que l'ATPαP32 est intégré alors il est visible. 

[adrénalex]

Il y a 2 heures, OphelieS a dit :

question 7B,D je comprends pas et pour la E, est ce que c'est vrai parce qu'on regarde la colonne fibroblastes quiecents + et on voit que les chiffres d'en bas sont plus élevés que ceux des fibroblastes quiescents  - ?

7 B : Si tu regardes les résultats obtenus pour les fibroblastes en cours de prolifération, que ce soit en présence (+) ou en absence (-) d'UV, la quantité de 3H-thymidine incorporée est toujours plus élevée chez les fbl3 que chez les fbl1 ou fbl2 donc ça veut dire la réplication de l'ADN est plus importante chez les fbl3. Donc au contraire les fbl3 se divisent plus vite que les fbl1 ou les fbl2, c'est pour ça que l'item est faux.

 

7D: Vrai. Lorsque les fibroblastes prolifèrent la 3H-thymidine est utilisée pour la réplication et pour la réparation. Sur les résultats on ne peut pas distinguer précisément la 3H-thymidine utilisée pour la réplication de celle utilisée pour la réparation. Alors que lorsque les fibroblastes sont quiescents, il n'y a pas de réplication, la 3H-thymidine est uniquement utilisé pour la réparation donc on va se servir plutôt de ces résultats pour mesurer l’incorporation de [3H]thymidine liée à la réparation.

 

7E:  Oui c'est ça, puisque les chiffres sont plus élevés quand les fibroblastes sont irradiés cela veut dire qu'ils synthétisent de l'ADN pour réparer les lésions causées par les UV. 

[cassolnousmanque]

il y a une heure, adrénalex a dit :

Oui tu mélanges avec les exos de RT-PCR où on détecte la fluorescence qu'au bout d'un certain nombre de cycle. Ici c'est de la radioactivité et dès que l'ATPαP32 est intégré alors il est visible. 

ok ça marche aussi, je vais revoir cette partie  

[adrénalex]

Il y a 3 heures, OphelieS a dit :

question 8 en entier (en fait je crois que je comprends pas comment on doit lire le tableau ...(parce que vraiment je suis perdue alors que je suis sure que c'est faisable par les humains et que c'est pas des questions hyper difficiles !)

A: En effet quand tu regardes pour les résultats pour les fibroblastes quiescents (=ne prolifèrent pas = pas de réplication) qui donnent la quantité de 3H-thymidine utilisée uniquement pour la réparation, tu observes que lorsqu'ils sont irradiés (UV+) le nombre de dimères de thymine augmente mais tu observes aussi que la quantité de 3H-thymidine utilisée augmente (sauf pour les fbl3 mais on le verra dans l'item D). Par conséquent tu en déduis qu'il y a davantage de réparation (logique parce qu'il y a plus de lésions causés) = les fibroblastes réparent les lésions causés par les UV comme dans les cellules normales. 

B: Ici tu regardes aussi les résultats pour les fibroblastes quiescents car tu t'intéresses toujours à la réparation. Plus il y a de dimères de thymine plus  la quantité de 3H-thymidine utilisée augmente = pour réparer les dimères de thymine de la 3H-thymidine  est utilisée. Avec ton cours tu sais que après l'excision des dimères, le "trou" laissé va être comblé par T (ça correspond avec ce que t'observes).

C : Quand on regarde les résultats concernant les fbl 1 et 2 chez les fibroblastes quiescents, on note une différence importante de la quantité de 3H-thymidine utilisée entre les fbl irradiés (+) ou non (-). Et on sait que chez les fibroblastes quiescents la quantité de 3H-thymidine est utilisée uniquement pour la réparation.

D : Quand on regarde les résultats concernant les fbl 3 chez les fibroblastes quiescents, on n'observe pas de différence significative de la quantité de 3H-thymidine utilisée entre les fbl irradiés (+) ou non (-) comme on a pu observer chez fbl 1 et 2. On en déduit qu'il n'y a pas de réparation qui a lieu car pas de 3H-thymidine utilisée. De plus on observe une augmentation très importante du nombre de dimères de thymines (anormal) du fait qu'elles n'ont pas été réparé.

E: Oui, même réflexion que l'item D.

[cassolnousmanque]

il y a 42 minutes, adrénalex a dit :

7 B : Si tu regardes les résultats obtenus pour les fibroblastes en cours de prolifération, que ce soit en présence (+) ou en absence (-) d'UV, la quantité de 3H-thymidine incorporée est toujours plus élevée chez les fbl3 que chez les fbl1 ou fbl2 donc ça veut dire la réplication de l'ADN est plus importante chez les fbl3. Donc au contraire les fbl3 se divisent plus vite que les fbl1 ou les fbl2, c'est pour ça que l'item est faux.

 

7D: Vrai. Lorsque les fibroblastes prolifèrent la 3H-thymidine est utilisée pour la réplication et pour la réparation. Sur les résultats on ne peut pas distinguer précisément la 3H-thymidine utilisée pour la réplication de celle utilisée pour la réparation. Alors que lorsque les fibroblastes sont quiescents, il n'y a pas de réplication, la 3H-thymidine est uniquement utilisé pour la réparation donc on va se servir plutôt de ces résultats pour mesurer l’incorporation de [3H]thymidine liée à la réparation.

 

7E:  Oui c'est ça, puisque les chiffres sont plus élevés quand les fibroblastes sont irradiés cela veut dire qu'ils synthétisent de l'ADN pour réparer les lésions causées par les UV. 

ok merci bcp 

Edited November 28, 2020 by OphelieS

[adrénalex]

Il y a 4 heures, OphelieS a dit :

question 9C : comment on déduit que la télomerase n'a pas d'activité Proof reading

9D pourquoi c'est de l'art alors que la séquence c'est 5' TTAGGG 3'

9E: d'ou on sort que la télomérase est une reverse transcriptase ? 

Alors ça c'est du cours  Tu dois savoir que la télomérase n'a pas d'activité proof-reading et qu'elle possède une activité de reverse transcriptase. 

Pour la 9D, et bien c'est parce que c'est une reverse transcriptase elle a la particularité de synthétiser de l'ADN à partir de sa matrice ARN.

[adrénalex]

Il y a 4 heures, OphelieS a dit :

et pour finir en beauté, au td ils ont pas corrigé les questions 10BCDE vu qu'ils ont dit que c'était hors programme sauf que depuis on nous a rajouté la réparation, du coup la D et E j'ai pas trop capté 

 

voila merci beaucoup, ça fait beaucoup de questions mais vraiment c'est pour bien tout comprendre 

 

 

Et pour finir, pour la 10D on te dit dans l'énoncé que le labo dispose de la séquence codante du peptide P et comme on sait qu'elle est est codé que par 1 exon, on en déduit qu'on dispose de toute sa séquence donc on peut s'en servir comme matrice pour réparer l'interruption 

Pour la 10E, l'ADN glycosylase est utilisé pour la réparation par le système BER qui répare les erreurs touchant une seule base or ici on a une grande interruption de plusieurs bases donc on utilisera pas cette enzyme.

Bon courage!

[cassolnousmanque]

il y a 45 minutes, adrénalex a dit :

A: En effet quand tu regardes pour les résultats pour les fibroblastes quiescents (=ne prolifèrent pas = pas de réplication) qui donnent la quantité de 3H-thymidine utilisée uniquement pour la réparation, tu observes que lorsqu'ils sont irradiés (UV+) le nombre de dimères de thymine augmente mais tu observes aussi que la quantité de 3H-thymidine utilisée augmente (sauf pour les fbl3 mais on le verra dans l'item D). Par conséquent tu en déduis qu'il y a davantage de réparation (logique parce qu'il y a plus de lésions causés) = les fibroblastes réparent les lésions causés par les UV comme dans les cellules normales. 

B: Ici tu regardes aussi les résultats pour les fibroblastes quiescents car tu t'intéresses toujours à la réparation. Plus il y a de dimères de thymine plus  la quantité de 3H-thymidine utilisée augmente = pour réparer les dimères de thymine de la 3H-thymidine  est utilisée. Avec ton cours tu sais que après l'excision des dimères, le "trou" laissé va être comblé par T (ça correspond avec ce que t'observes).

C : Quand on regarde les résultats concernant les fbl 1 et 2 chez les fibroblastes quiescents, on note une différence importante de la quantité de 3H-thymidine utilisée entre les fbl irradiés (+) ou non (-). Et on sait que chez les fibroblastes quiescents la quantité de 3H-thymidine est utilisée uniquement pour la réparation.

D : Quand on regarde les résultats concernant les fbl 3 chez les fibroblastes quiescents, on n'observe pas de différence significative de la quantité de 3H-thymidine utilisée entre les fbl irradiés (+) ou non (-) comme on a pu observer chez fbl 1 et 2. On en déduit qu'il n'y a pas de réparation qui a lieu car pas de 3H-thymidine utilisée. De plus on observe une augmentation très importante du nombre de dimères de thymines (anormal) du fait qu'elles n'ont pas été réparé.

E: Oui, même réflexion que l'item D.

niquel tout compris 

 

il y a 32 minutes, adrénalex a dit :

Alors ça c'est du cours  Tu dois savoir que la télomérase n'a pas d'activité proof-reading et qu'elle possède une activité de reverse transcriptase. 

Pour la 9D, et bien c'est parce que c'est une reverse transcriptase elle a la particularité de synthétiser de l'ADN à partir de sa matrice ARN.

ah j'avais zappé cette info

il y a 15 minutes, adrénalex a dit :

Et pour finir, pour la 10D on te dit dans l'énoncé que le labo dispose de la séquence codante du peptide P et comme on sait qu'elle est est codé que par 1 exon, on en déduit qu'on dispose de toute sa séquence donc on peut s'en servir comme matrice pour réparer l'interruption 

Pour la 10E, l'ADN glycosylase est utilisé pour la réparation par le système BER qui répare les erreurs touchant une seule base or ici on a une grande interruption de plusieurs bases donc on utilisera pas cette enzyme.

Bon courage!

et ok merci pour ça aussi 

 

merci pour toutes tes réponses ça m'aide beaucoup !! 

Edited November 28, 2020 by OphelieS