Pi métabolisme

[Herlock]

Bonjour !

 

J'ai du mal à comprendre d'où provient le Pi que ce soit dans la glycolyse anaérobie au niveau du passage entre le glycéraldéhyde 3P

et le 1-3 Diphosphoglycérate ou bien dans le cycle de Krebs avec l'arrivée du GDP au niveau du Succinyl-AcétylCoA vers le Succinate.

 

Merci d'avance !

[SoFosBuVir]

Salut @Herlock! En espérant que tout se passe bien pour toi !

 

Alors concernant la provenance du Phosphate inorganique lors de ses réactions tu n'as pas trop à t'inquiéter dans le sens ou je n'ai jamais vu et je pense ne verrai jamais un item sur la provenance. 

 

Sinon, le Pi provient par exemple d'un nucléotide type ATP auquel tu as cliver un phosphate autrement dit : ATP + H20 -> ADP + Pi. Donc le Pi de ses réactions provient simplement d'autres nucléotides ou molécules comportant un phosphate que l'on va pouvoir cliver pour le greffer ( notamment dans le cas de la glycolyse ) sur le glucose pour former du glucose-6-phosphate puis du glucose-1,6-bisphosphate. Tu retrouves la consommation de tes 2 Pi dans le bilan final de la glycolyse, ce sont les kinases qui permettent la phosphorylation des composés.

 

Voila voila j'espère que c'est plus clair pour toi ! N'hésites pas si tu as d'autres questions.

 

Bonne fin de journée et bon courage pour la suite. 

 

[Herlock]

  On 11/19/2020 at 9:30 AM, SoFosBuVir said:

ATP + H20 -> ADP + Pi. Donc le Pi de ses réactions provient simplement d'autres nucléotides ou molécules comportant un phosphate que l'on va pouvoir cliver pour le greffer ( notamment dans le cas de la glycolyse )

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Okk ! Merci beaucoup !

J'ai encore du mal à comprendre la réaction de pyruvate carboxylase, parce que pour le passage du pyruvate à l'oxalo-acétate on a pas d'H2O donc je vois pas pourquoi on a ADP,Pi à la fin  ...)

 

  On 11/19/2020 at 9:30 AM, SoFosBuVir said:

ce sont les kinases qui permettent la phosphorylation des composés.

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Les kinases peuvent elles permettre de faire l'inverse c'est à dire au lieu de donner un P, elles vont le récupérer ?

 

Question plus générale  (en référence à la biocell aussi) quand on parle de phosphorylation c'est toujours l'inactivation de la molécule qui subit cette phosphorylation ou pas ?

 

Merci d'avance !

 

[SoFosBuVir]

Alors quand je disais de l'H2O, c'est en fait plus généralement une molécule qui va permettre de catalyser la réaction de coupure de l'ATP en ADP + Pi, dans le diapo tu vois que l'on utilise la carboxybiotine et comme son nom l'indique fonctionne avec du CO2 ( ici dioxyde de carbone ). En gros tu as juste a regarder le composé ajouté dans la réaction ( en plus de l'ATP et du composé qui va recevoir le Pi, ici le pyruvate ) et c'est lui qui correspond à la molécule utilisée pour cliver l'ATP par une enzyme ( je sais pas si c'est plus clair ).

 

Alors je reprends sur les kinases, ce sont donc des enzymes qui vont permettre de TRANSFERER un phosphate, autrement dit ton phosphate va aller d'une molécule A a une molécule B, ceci permettant donc la phosphorylation ( ajout d'un phosphate ) sur ta molécule B. Il existe des phosphatases qui ont le fonctionnement inverse c'est à dire qu'elles lysent ( détruisent ) la liaison entre la molécule B entre le phosphate ( attention c'est sans pour autant le retransférer à la molécule A ). Ici ce n'est donc pas une transférase comme les kinases mais une enzyme qui COUPE une liaison et c'est tout ( hydrolase par exemple ).

 

Non pas forcément, il y a des molécules qui vont être activées tandis que d'autres seront inactivées par phosphorylation ( donc le mécanisme inverse marche, certaines sont activées alors que d'autres sont inactives par déphosphroylation ).

 

J'espère que c'est mieux maintenant sinon redemande moi d'expliquer.

[SoFosBuVir]

  On 11/19/2020 at 10:17 AM, SoFosBuVir said:

Alors quand je disais de l'H2O, c'est en fait plus généralement une molécule qui va permettre de catalyser la réaction de coupure de l'ATP en ADP + Pi, dans le diapo tu vois que l'on utilise la carboxybiotine et comme son nom l'indique fonctionne avec du CO2 ( ici dioxyde de carbone ). En gros tu as juste a regarder le composé ajouté dans la réaction ( en plus de l'ATP et du composé qui va recevoir le Pi, ici le pyruvate ) et c'est lui qui correspond à la molécule utilisée pour cliver l'ATP par une enzyme ( je sais pas si c'est plus clair ).

 

Alors je reprends sur les kinases, ce sont donc des enzymes qui vont permettre de TRANSFERER un phosphate, autrement dit ton phosphate va aller d'une molécule A a une molécule B, ceci permettant donc la phosphorylation ( ajout d'un phosphate ) sur ta molécule B. Il existe des phosphatases qui ont le fonctionnement inverse c'est à dire qu'elles lysent ( détruisent ) la liaison entre la molécule B entre le phosphate ( attention c'est sans pour autant le retransférer à la molécule A ). Ici ce n'est donc pas une transférase comme les kinases mais une enzyme qui COUPE une liaison et c'est tout ( hydrolase par exemple ).

 

Non pas forcément, il y a des molécules qui vont être activées tandis que d'autres seront inactivées par phosphorylation ( donc le mécanisme inverse marche, certaines sont activées alors que d'autres sont inactives par déphosphroylation ).

 

J'espère que c'est mieux maintenant sinon redemande moi d'expliquer.

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Edit je viens de me rappeler, alors dans les enzymes qui coupent les composés tels que l'ATP, c'est avec ou sans molécule d'eau associée ( comme ça ça répond vraiment à ta question ).

Si oui l'enzyme est une HYDROLASE

Si non l'enzyme est une LYASE. 

Ce sont les noms des classes d'enzymes de E1 à E6 qui sont dans le cours sur l'enzyme. Je te mets une photo de mon cours de l'année dernière pour cette partie ( n'apprends pas ce qu'il y a écrit, c'est juste pour illustrer hein ).

 

 

Voila bonne journée !

[Herlock]

  On 11/19/2020 at 10:17 AM, SoFosBuVir said:

Alors je reprends sur les kinases, ce sont donc des enzymes qui vont permettre de TRANSFERER un phosphate, autrement dit ton phosphate va aller d'une molécule A a une molécule B, ceci permettant donc la phosphorylation ( ajout d'un phosphate ) sur ta molécule B. Il existe des phosphatases qui ont le fonctionnement inverse c'est à dire qu'elles lysent ( détruisent ) la liaison entre la molécule B entre le phosphate ( attention c'est sans pour autant le retransférer à la molécule A ). Ici ce n'est donc pas une transférase comme les kinases mais une enzyme qui COUPE une liaison et c'est tout ( hydrolase par exemple ).

 

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Ok, j'ai compris merci !!

 

Donc pour la pyruvatekinase (PK) pour le passade de l'ADP à l'ATP, on parle de kinase parce qu'il y a un transfert de phosphate (je pensais qu'il fallait obligatoirement que le transfert de phosphate se fasse de A vers B avec A = ATP et du coup je ne comprenais pas !!)

  On 11/19/2020 at 10:34 AM, SoFosBuVir said:

Edit je viens de me rappeler, alors dans les enzymes qui coupent les composés tels que l'ATP, c'est avec ou sans molécule d'eau associée ( comme ça ça répond vraiment à ta question ).

Si oui l'enzyme est une HYDROLASE

Si non l'enzyme est une LYASE. 

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Super merci pour toutes ces infos !!! @SoFosBuVir!!

 

  On 11/19/2020 at 10:17 AM, SoFosBuVir said:

Non pas forcément, il y a des molécules qui vont être activées tandis que d'autres seront inactivées par phosphorylation ( donc le mécanisme inverse marche, certaines sont activées alors que d'autres sont inactives par déphosphroylation ).

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Ok !! 

 

  On 11/19/2020 at 10:17 AM, SoFosBuVir said:

En gros tu as juste a regarder le composé ajouté dans la réaction ( en plus de l'ATP et du composé qui va recevoir le Pi, ici le pyruvate ) et c'est lui qui correspond à la molécule utilisée pour cliver l'ATP par une enzyme ( je sais pas si c'est plus clair ).

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Merci !!! c'est clair !