Bonjour! td3

[lacelluledu66]

Bonjour,

1. dans ce qcm du td je ne comprends pourquoi à l'item B on mais que c'est faux parce qu'il n'y a pas la bonne polarité alors que la complémentarité n'est pas là non plus, non? svp https://ibb.co/dGhPW6Q

 

2. est-ce que qqn peut m'expliquer la différence entre dsRNA, siRNA et iRNA? svp

 

3. pourquoi la C de ce qcm est fausse svp https://ibb.co/wWdwCr3

Dans le même qcm, je ne vois pas bien comment on doit réfléchir pour la D et la E svp

https://ibb.co/6nNm5kQ

 

4. enfin, dans ce qcm, est-ce que qqn pourrait m'expliquer pourquoi la E  est vrai et la D est fausse svp https://ibb.co/q98x2Wt

 

 

merci

 

[Lauls]

Salut salut! Alors, je vais essayer de répondre à toutes tes petites questions. 

 

1. Dans ce genre de qcm, il faut que tu aies en tête le mécanisme de la PCR (que je vais essayer de te résumer) : 

En gros, quand tu fais une PCR c'est pour amplifier une séquence ou une partie d'une séquence d'ADN que tu as en ta possession et pour cela → tu dois placer des amorces au bon endroit pour répliquer en plusieurs exemplaires seulement la partie de la séquence qui t'intéresse! Elle se fait en 3 étapes : la première qui consiste à la dénaturation de ton double brin d'ADN (95°C), la deuxième qui consiste en l'hybridation de tes fameuses amorces (environ 60°C), en enfin la troisième qui est représentée par la polymérisation (ici, une polymérase synthétise un nouveau brin d'ADN pour chaque brin à partir des amorces placées pendant l'hybridation).

Ces 3 étapes sont réalisées pendant "un cycle", et tu peux ainsi faire plusieurs cycles qui consistent à faire le même processus mais sur de plus en plus de brins!

Revenons en à nos moutons, à savoir le placement des amorces : elles doivent respecter le principe d'antiparallélisme :

Du coup je te montre le principe avec comme exemple l'item E de ton QCM : 

 

2.  dsRNA = ARN double brin

     siRNA = ARN interférent qui se lie à un ARNm pour empêcher son expression en le clivant 

     iRNA = ????

 

3. Une information est hyper importante dans l'énoncé, on te dit que la cycloheximidine inhibe la peptidyl-transferase des ribosomes eucaryotes = elle stoppe la traduction en gros. 

Du coup, en regardant les schémas, tu vois au niveau gêne A que avant de mettre de la cycloheximidine (schéma en haut à gauche), il y a de l'ARNm donc activation de la transcription.

Juste en dessous, on observe le même schéma alors qu'on a rajouté la cycloheximidine, ainsi dans cette expérience la traduction est inhibée mais il y a quand même de l'ARNm produit (donc activation de la transcription aussi) → conclusion : l'activation de la transcription du gêne A ne nécessite pas que la traduction soit active : item C FAUX.

 

Pour les items D et E, tu te sers de ce que tu viens de voir dans le schéma juste avant : on a remarqué que le gêne A ne nécessitait pas que la traduction soit active pour activer la transcription : donc on en déduit qu'on ne passe pas par une étape de traduction (donc par une protéine) pour en arriver à cette activation. 

Ainsi, c'est plutôt le schéma de l'item E qui est compatible avec les résultats de la RT-PCR pour le gêne A. 

Concernant ton gêne B, même raisonnement : sauf que là on voit qu'il n'y a pas d'activation de la transcription après ajout de la cycloheximidine : donc une étape pour son activation dépend d'une traduction puisqu'elle est bloquée par la cycloheximidine! Ainsi c'est plutôt le schéma de l'item D qui correspondrait aux résultats de la RT-PCR pour le gêne B (puisque passage par une protéine, donc traduction, pour l'activation de la transcription) : item D et E FAUX.

 

4. Pour l'item D, comme c'est marqué dans la correction : la mutation excise l'exon 2, donc ton ARNm mature muté (après épissage donc élimination des introns y compris de la mutation qui a excisé ton exon 2) ne contiendra pas l'exon 2! Ainsi, elle ne sera pas visible sur ta RT-PCR → item D FAUX.

Pour l'item E, on te précise entre parenthèse que la PCR est effectuée sur de l'ADN génomique : ainsi, il n'y a pas eu élimination des introns et de ton exon 2 pendant la transcription car on fait la PCR sur l'ADN (transcription n'a pas encore eu lieu), donc la mutation elle affectera la taille de ton ARNm (élimination des introns + de l'exon 2) mais pas celle de ton ADN.

 

 

Voilà! C'est un peu long mais j'espère t'avoir aidé! 

Bonne soirée et bon courage.  

 

 

Edited November 17, 2020 by Lauls

[lacelluledu66]

@Laulsmerciii beaucoup beaucoup

[Métacarposaure]

Coucou @Lauls 

 

Juste une question par rapport à ceci : 

 

 

Du coup, lorsque nous devons répondre aux QCM, les questions se posent par rapport au brin du haut ou du bas ??

 

Par ce que dans la E) on nous propose le brin en haut à droite et la brin en bas à gauche. C'est toujours bon ? 

 

Merciiii par avance !!!!

 

 

[Lauls]

Salut salut @métacarposaure, 

Le principe de la PCR repose sur le fait d'utiliser un double brin d'ADN au départ pour pouvoir borner la région que tu veux amplifier. Du coup, tu as obligatoirement deux amorces antiparallèles et sur chaque brin. 

Il faut tester les différentes combinaisons d'amorces proposées dans chaque item et voir si elles sont cohérentes dans le sens où il faut qu'il y en ait une sur chaque brin d'ADN à amplifier et en mode antiparallèle. 

Je sais pas si tu arrives à voir ce que je veux dire, j'essaie simplement de décrire le schéma que j'avais mis au dessus de l'exercice pour mieux visualiser le mécanisme d'amorçage. 

Tu dois avoir après chaque cycle un nouvel ADN double brin amplifié, qui au fur et à mesure va se trouver borné par les amorces à ses extrémités (puisque l'élongation du néo-brin s'arrête dès qu'elle rencontre une amorce)

Je te conseille de regarder cette vidéo sur la PCR qui est pas mal pour visualiser tout ça : 

 

[Métacarposaure]

Super merci beaucoup @Lauls! Ton explication et la vidéo sont top. 

 

Encore une petite chose _{(oui je saoule oui )} 

 

Donc par rapport à la photo ci jointe. Je ne comprends pas comment on procède pour la séquence mutante (en bleu)

On la code de 5'3' ou l'inverse ?

 

De plus, en ce qui concerne la séquence Rose, je ne comprend pas en quoi la réponse est vrai ... A quelle moment sir la séquence bleu on trouve du "GCTCAGGGTC" ??????

 

 

Merci encore 

 

[Lauls]

@métacarposaure j'en suis ravie alors!  

Mais non aucun soucis je suis là pour t'aider n'hésite pas ahah!!

Alors, déjà ce que tu as souligné c'est la séquence normale, la mutation ne concerne qu'une seule base de cette séquence non mutante (un T qui devient un G).

Du coup tu lis bien ta séquence comme c'est indiqué sur ton qcm de 5' en 3'. 

Ensuite ce que je fais là, c'est que je me met toutes les informations que j'ai sur un schéma (que je te glisse juste ici hihi) : 

 

 

Puis à partir de là je regarde les couples d'amorces qu'ils proposent puis je teste si c'est cohérent.

Pour la B, qui est VRAI : On te dit qu'on recherche une amorce pour mettre en évidence la mutation, on sous entend donc qu'on veut une amorce qui contient la base complémentaire de la mutation donc C à la place du A puisque mutation = G à la place du T. (j'espère que tu me suis)

Du coup les amorces collent parfaitement pour repérer ton ADN muté (celui qui contient la base G).

 

[Métacarposaure]

Mais attend tu m'as fait un schéma  ohhhh merci ! 

 

Il y a 2 heures, Lauls a dit :

(j'espère que tu me suis)

Toujours Capitaine 

 

Bon et bien c'est nickel ! 

Merci encore de toutes ces précieuses informations et le temps pris à me répondre !!! 

Edited November 21, 2020 by métacarposaure

[Lauls]

C'est avec GRAND plaisir @métacarposaure 

Courage pour la suite et n'hésite pas à revenir sur le forum en cas de besoin! 

Bonne soirée!