Beta mercaptoéthanol et SDS

[Herlock]

Bonjour,

 

Je souhaiterais savoir pourquoi a t on besoin du Beta mercaptoéthanol dans une SDS-PAGE, est ce que ce serait pour permettre la liaison des atomes de S de la protéine avec le SDS ou aucun rapport ?

 

Autre question : pourquoi lorsqu'on utilise la méthode Edman ou celle avec le DNFB après avoir utilisé la trypsine ou chimotrypsine on va avoir des DNP-aa où l'aa (anciennement résidu) était déjà tout seul car entre deux Lys ou Arg (je ne sais pas si c'est très clair comme question !)

 

Dernière question pourquoi lors d'une hydrolyse alcaline seule la cystéine est dégradée, on aurait pu voir la/le thréonine se dégrader non ?

(pièce jointe pour l'énoncé) Item B compté F à cause de la cystéine seulement....

 

 

Merci d'avance pour vos réponses !!

Edited November 16, 2020 by Herlock

[GaspardBdls]

Hello !

je vais te numéroter les questions pour que tu t'en sortes :

 

1) Lors du SDS page on cherche a séparer les protéines en fonction de la taille (inhibition de la charge électrique et destruction de structures tertiaires). Le béta mercaptoéthanol brise les ponts disulfures (S-S) (structure tertiaire !) entre les protéines pour qu'elles soient sous forme de monomères ! Donc, par exemple, on n'étudiera pas un tétramère si on ajoute le béta mercaptoéthanol, mais on étudiera plutôt les protéines qui composent ce tétramère unes a unes.

 

2) Les DNPaa sont généralement les aa terminaux (NH₂ libre). Quand, lors de ces techniques, on hydrolyse une protéine, on coupe les liaisons covalentes inter aa. On obtient des aa dont le bout N_ter est libre (DNPaa) et des aa dont le bout C_ter est libre (souvent aa ciblé par la protéase). De plus les séquençages Edman utilisent le PITC qui se fixe sur le Nter (d'où l'utilité d'avoir des DNPaa)
Attention ! La trypsine et chymotrypsine coupent côté C_ter (et non N_ter) donc ces aa ne vont pas se fixer au FITC (ils ont le mauvais bout de libre : Cter) !

Si on utilise la trypsine (coupe Lys et Arg côté Cter) on va créer un DNPaa en amont de l'aa (par exemple A-B-C-Lys -> A-B-C(FITC) + Lys)

Donc ! Qu'il soit seul ou pas, si les protéases clivent devant l'aa, il aura le Nter nu et donc se liera au FITC.

 

3) Je n'ai pas le QCM sous les yeux, mais il est toujours possible qu'une petite erreur ou un petit oubli se loge dans la correction d'un QCM
L'hydrolyse totale (HCl concentré) détruit Trp et Cys.

 

Bonne soirée !

[Herlock]

il y a 44 minutes, GaspardBdls a dit :

Lors du SDS page on cherche a séparer les protéines en fonction de la taille (inhibition de la charge électrique et destruction de structures tertiaires). Le béta mercaptoéthanol brise les ponts disulfures (S-S) (structure tertiaire !) entre les protéines pour qu'elles soient sous forme de monomères ! Donc, par exemple, on n'étudiera pas un tétramère si on ajoute le béta mercaptoéthanol, mais on étudiera plutôt les protéines qui composent ce tétramère unes a unes.

Okkk merci @GaspardBdls!!!

 

Il y a 2 heures, GaspardBdls a dit :

Donc ! Qu'il soit seul ou pas, si les protéases clivent devant l'aa, il aura le Nter nu et donc se liera au FITC.

Merci! J'ai compris !!