pHi et toutes sortes de questions

[lilythium]

Bonjour, petit moment de panique de ma part, j'ai donc pleins de question à poser

 

- tout d'abord, pour calculer le pHi comment peut-on savoir si la chaîne latérale est dissociable ou non ? et comment calcule-t-on le pHi d'un peptide ?

 

- ensuite, tout ce qui est fixation sur une colonne échangeuse de cations à tel ou tel pH, franchement je n'ai rien compris

 

- aussi est-ce que ancres "glypiées" et "lipiées" signifie la même chose ?

 

- je n'ai pas non plus ce que signifiait un acide aminé élué

 

- ensuite j'ai lu sur un qcm "La phase stationnaire de cette chromatographie est chargée négativement." et je n'ai aucune idée du sens de cette phrase ni comment on fait pour savoir ça

 

voilà voilà, bon je sais que j'ai posé beaucouuup de questions (et que j'en poserai probablement encore d'autres) mais j'espère que quelqu'un pourra quand même me répondre ! :))))

[Dragongnon22]

Hey @lilythium ! Alors pas de problème on est là pour ça !

 

Il y a 3 heures, lilythium a dit :

- tout d'abord, pour calculer le pHi comment peut-on savoir si la chaîne latérale est dissociable ou non ? et comment calcule-t-on le pHi d'un peptide ?

 

Alors chaine latérale dissociable ça veut juste dire que ton acide aminé possède un chaine radicale qui contient un groupe basique ou acide participant au pHi de l’aa. Je te mets en lien comment procéder pour le pHi du peptide car je viens d’y répondre sur un autre sujet (tu comprendras aussi pour cette histoire de chaine latérale dissociable).

 

 

Il y a 3 heures, lilythium a dit :

- je n'ai pas non plus ce que signifiait un acide aminé élué

 

Cela signifie que l’acide aminé est séparé, mis à part, d’un mélange de plusieurs aa par exemple comme dans les colonnes echangeuses de cations ou d’anions dans lesquelles suivant les variations de pH, les aa sont « élués » un à un donc séparer les uns des autres en se décrochant chacun à leur tour de la colonne chargée (je vais expliquer ça juste après).

 

Il y a 3 heures, lilythium a dit :

- ensuite, tout ce qui est fixation sur une colonne échangeuse de cations à tel ou tel pH, franchement je n'ai rien compris

 

Alors ici en fait, une colonne est chargée soit positivement soit négativement. Si elle est positive, on dit qu’elle échange des anions. En effet, ce sont des aa chargés négativement qui s’y fixent. Pour les éluer (je t’ai dit que ça voulait dire séparer un à un) à tour de rôle, on fait varier le pH de acide à basique (ou inversement) et à un moment on va atteindre le pHi d’un des aa (donc le pH pour lequel il est électriquement neutre donc non-chargé) ainsi il va se décrocher de la colonne et être élué. Puis on va continuer à faire varier le pH et on va atteindre le pHi d’un autre aa qui  à sont tour va se décrocher et ainsi de suite. Comme en atteignant leur pHi, les aa deviennent électriquement neutres alors ils ne sont plus retenus tu vois ? Pour une colonne chargée négativement, on dit qu’elle échange des cations car ce sont des aa chargés positivement qui s’y fixent. Après le principe est le même que pour une colonne chargée positivement.

 

Il y a 3 heures, lilythium a dit :

- aussi est-ce que ancres "glypiées" et "lipiées" signifie la même chose ?

 

Non attention, glypiée signifie qu’un groupe glucidique est gréffé sur la protéine alors que lipiée c’est un groupe lipidique qui est gréffé sur la protéine.

 

Il y a 3 heures, lilythium a dit :

- ensuite j'ai lu sur un qcm "La phase stationnaire de cette chromatographie est chargée négativement." et je n'ai aucune idée du sens de cette phrase ni comment on fait pour savoir ça

 

Ici c’est le même principe que pour les colonnes chargées, ça veut dire que la chromato est chargée négativement (c’est la phase stationnaire, elle ne bouge pas). La phase mobile correspond par exemple aux protéines que l’on séparent grâce à cette chromatographie et qui migrent différemment selon leur charge.

 

Est-ce que ça répond à tes questions ?

Edited November 1, 2020 by Dragongnon22

[lilythium]

@Dragongnon22 (trop mimi la pdp)

alors c'est un peu compliqué mais globalement je crois que j'ai compris merci ! :)))

le seul problème que j'ai c'est que dans mon cours j'avais noté dans mon cours que l'acide aspartique était un point d’attache de la chaîne osidique des ancres lipiées et dans mon ed de biomol il y a écrit que c'est un point d'attache de la chaîne osidique des ancres glypiées, donc est-ce que ça veut dire que c'est un point d'attache pour les 2 ou j'ai juste mal noté dans mon cours ?

[Dragongnon22]

il y a une heure, lilythium a dit :

(trop mimi la pdp)

Ah ah merci best pdp

 

il y a une heure, lilythium a dit :

le seul problème que j'ai c'est que dans mon cours j'avais noté dans mon cours que l'acide aspartique était un point d’attache de la chaîne osidique des ancres lipiées et dans mon ed de biomol il y a écrit que c'est un point d'attache de la chaîne osidique des ancres glypiées, donc est-ce que ça veut dire que c'est un point d'attache pour les 2 ou j'ai juste mal noté dans mon cours ?

 

Alors je pense que les deux sont justes mais désignent la même chose. Ici, on parle en fait de chaine osidique des ancres GPI (en fait c’est un glycolipide, c’est à dire un glucide fixé à un lipide d’oú le fait qu’on dit que c’est un ancre glypié (sucre) mais finalement aussi lipié (lipide)) donc j’aurais tendance à dire que les deux sont vrai. Le GPI correspond à un lipide ancré dans la MP et qui attache les protéines via une chaine osidique reliée à une éthanolamine. Après essaie de voir avec d’autres s’ils ont également marqué ça. Je ne peux pas t’en dire davantage dsl car c’est vraiment suivant ce que le Pr.Ausseil à dit.

Edited November 1, 2020 by Dragongnon22

[lilythium]

@Dragongnon22 d'accord merci beaucoup !