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petit éclaircissement sur un cours de bioch


Go to solution Solved by Kévin,

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  • Ancien du Bureau
Posted

Alors déjà j'espère que je me suis pas trompée de matière cette fois mdrrr 

Bon salut du coup y a des trucks peu clairs sur mon cours de biochimie, si quelqu'un peut venir avec une lanterne pour éclaircir 

Genre

image.png.b840c28177547700de2fa3d09230aaf0.png

 

Il sort d'où le moins avant le log dites-moi ? C'était pas un plus à la base ???

Après, c'est quoi pkb et pkr ???? et tous les acronymes donnés ? 

 

image.png.0838e06a024b329983ff9fa3e3b33bcd.png

 

 

Aussi y a écrit un truck bizarre genre "Quand le pH augmente l’AA va gagner une charge négative et quand le pH
augmente l’AA va gagner une charge positive" -> y a un problème non ?

 

Merci beaucoup !!! 

 

 

  • Solution
Posted (edited)

Salut!! (en effet tu ne t'es pas trompé la question est bien pour nous!)

 

Alors pour commencer concernant les formules, en effet selon moi c'est sensé être un + qu'on doit retrouver (du coup c'est assez bizarre de retrouver un - dans la diapo du prof, peut être essaye de lui poser la question pour qu'il confirme ou non)

 

Pour les acronymes, comme tu le sais, les molécules peuvent posséder des constantes d'acidité Ka ou de basicité Kb, on définit alors le pKa = -log(Ka) comme étant la "force" de l'acide et pKb = -log(Kb) comme étant la "force" de la base. Du coup plus ton pKa est bas et plus ton acide est fort et plus ton pKb est haut, plus ta base est forte. On a donc:

- pKa = définit la "force" de la fonction acide carboxylique 

- pKb = définit la "force" de la fonction amine 

- pKr = défini la force du radical de l'acide aminé (par exemple ton glutamate et ton aspartate auront un pKr bas vu qu'il porte une fonction acide carboxylique)

- pI = point isoélectrique = pH auquel ton acide aminé sera sous forme zwitterion = acide aminé ayant des charges globales nulles (donc par exemple une fonction COO- et une NH3+, la charge - annule la charge + à l'échelle moléculaire et la molécule à globalement une charge nulle)

Bien entendu les valeurs de pKa, pKb et pKr ne sont pas à retenir (même si elles vous sont données) si vous avez quelconque calcul à faire elles seront données dans l'énoncé!

 

Ensuite pour ta dernière question ,en fait de ce que j'ai vu le prof vous a dit:

Si pH = pI = la charge globale de l'AA sera nulle (c'est bien ce qu'on vient de dire)

Si pH<pI = l'AA est chargé +, c'est bien vrai puisque un milieu ou on aura un pH plus bas que la pI, c'est un milieu assez acide pour que l'AA capte les H+ on aura donc des molécules pouvant porter une fonction COOH et NH3+ (sans tenir compte du radical pour simplifier) donc une charge globale +

Si pH>pI = AA chargé -, dans ce sens ca fonctionne aussi vu que ça veut dire que ton milieu sera trop pauvre en acide (H+) pour en capter on aura donc des fonctions de la forme COO- et NH2 (toujours en négligeant les radicaux) donc une charge globale négative.

 

Du coup pour finir et pour aller plus loin, par exemple si tu te place à un pH de 10 pour l'aspartate (pI=2,9 donc pH>pI), le milieu sera tellement pauvre en H+ que ses fonctions carboxyles vont toute les 2 perdre leur proton, on aura donc une molécule possédant COO- et NH2 (pour la partie constante de l'acide aminé) et encore COO- (pour la fonction carboxyle du radical) on aura donc une molécule doublement chargé négativement!

 

J'espère avoir répondu à toutes tes questions!!

Edited by Kévin
  • Ancien du Bureau
Posted
il y a 40 minutes, Kévin a dit :

Salut!! (en effet tu ne t'es pas trompé la question est bien pour nous!)

 

Alors pour commencer concernant les formules, en effet selon moi c'est sensé être un + qu'on doit retrouver (du coup c'est assez bizarre de retrouver un - dans la diapo du prof, peut être essaye de lui poser la question pour qu'il confirme ou non)

 

Pour les acronymes, comme tu le sais, les molécules peuvent posséder des constantes d'acidité Ka ou de basicité Kb, on définit alors le pKa = -log(Ka) comme étant la "force" de l'acide et pKb = -log(Kb) comme étant la "force" de la base. Du coup plus ton pKa est bas et plus ton acide est fort et plus ton pKb est haut, plus ta base est forte. On a donc:

- pKa = définit la "force" de la fonction acide carboxylique 

- pKb = définit la "force" de la fonction amine 

- pKr = défini la force du radical de l'acide aminé (par exemple ton glutamate et ton aspartate auront un pKr bas vu qu'il porte une fonction acide carboxylique)

- pI = point isoélectrique = pH auquel ton acide aminé sera sous forme zwitterion = acide aminé ayant des charges globales nulles (donc par exemple une fonction COO- et une NH3+, la charge - annule la charge + à l'échelle moléculaire et la molécule à globalement une charge nulle)

Bien entendu les valeurs de pKa, pKb et pKr ne sont pas à retenir (même si elles vous sont données) si vous avez quelconque calcul à faire elles seront données dans l'énoncé!

 

Ensuite pour ta dernière question ,en fait de ce que j'ai vu le prof vous a dit:

Si pH = pI = la charge globale de l'AA sera nulle (c'est bien ce qu'on vient de dire)

Si pH<pI = l'AA est chargé +, c'est bien vrai puisque un milieu ou on aura un pH plus bas que la pI, c'est un milieu assez acide pour que l'AA capte les H+ on aura donc des molécules pouvant porter une fonction COOH et NH3+ (sans tenir compte du radical pour simplifier) donc une charge globale +

Si pH>pI = AA chargé -, dans ce sens ca fonctionne aussi vu que ça veut dire que ton milieu sera trop pauvre en acide (H+) pour en capter on aura donc des fonctions de la forme COO- et NH2 (toujours en négligeant les radicaux) donc une charge globale négative.

 

Du coup pour finir et pour aller plus loin, par exemple si tu te place à un pH de 10 pour l'aspartate (pI=2,9 donc pH>pI), le milieu sera tellement pauvre en H+ que ses fonctions carboxyles vont toute les 2 perdre leur proton, on aura donc une molécule possédant COO- et NH2 (pour la partie constante de l'acide aminé) et encore COO- (pour la fonction carboxyle du radical) on aura donc une molécule doublement chargé négativement!

 

J'espère avoir répondu à toutes tes questions!!

Coucou un grand merci à toi t'as vraiment tout éclairé !!!!!!!

Posted

Saluuut, je reviens sur ce topic, pour les premières formules que tu as donné j'ai écris en gros dans le cours qu'elles ne sont pas à apprendre, je me suis trompée? 🙂 

  • Ancien du Bureau
Posted
il y a une heure, LaKhlo a dit :

Saluuut, je reviens sur ce topic, pour les premières formules que tu as donné j'ai écris en gros dans le cours qu'elles ne sont pas à apprendre, je me suis trompée? 🙂 

Coucou ! Je pense que si, après on est cencé les connaitre non ? On en a parlé en physio, et physique... Après du coup je crois que c'est un + et pas un moins d'après ce que le tuteur a dit 😉 

  • 3 weeks later...
  • Ancien du Bureau
Posted
Le 19/10/2020 à 11:03, Kévin a dit :

Salut!! (en effet tu ne t'es pas trompé la question est bien pour nous!)

 

Alors pour commencer concernant les formules, en effet selon moi c'est sensé être un + qu'on doit retrouver (du coup c'est assez bizarre de retrouver un - dans la diapo du prof, peut être essaye de lui poser la question pour qu'il confirme ou non)

 

Pour les acronymes, comme tu le sais, les molécules peuvent posséder des constantes d'acidité Ka ou de basicité Kb, on définit alors le pKa = -log(Ka) comme étant la "force" de l'acide et pKb = -log(Kb) comme étant la "force" de la base. Du coup plus ton pKa est bas et plus ton acide est fort et plus ton pKb est haut, plus ta base est forte. On a donc:

- pKa = définit la "force" de la fonction acide carboxylique 

- pKb = définit la "force" de la fonction amine 

- pKr = défini la force du radical de l'acide aminé (par exemple ton glutamate et ton aspartate auront un pKr bas vu qu'il porte une fonction acide carboxylique)

- pI = point isoélectrique = pH auquel ton acide aminé sera sous forme zwitterion = acide aminé ayant des charges globales nulles (donc par exemple une fonction COO- et une NH3+, la charge - annule la charge + à l'échelle moléculaire et la molécule à globalement une charge nulle)

Bien entendu les valeurs de pKa, pKb et pKr ne sont pas à retenir (même si elles vous sont données) si vous avez quelconque calcul à faire elles seront données dans l'énoncé!

 

Ensuite pour ta dernière question ,en fait de ce que j'ai vu le prof vous a dit:

Si pH = pI = la charge globale de l'AA sera nulle (c'est bien ce qu'on vient de dire)

Si pH<pI = l'AA est chargé +, c'est bien vrai puisque un milieu ou on aura un pH plus bas que la pI, c'est un milieu assez acide pour que l'AA capte les H+ on aura donc des molécules pouvant porter une fonction COOH et NH3+ (sans tenir compte du radical pour simplifier) donc une charge globale +

Si pH>pI = AA chargé -, dans ce sens ca fonctionne aussi vu que ça veut dire que ton milieu sera trop pauvre en acide (H+) pour en capter on aura donc des fonctions de la forme COO- et NH2 (toujours en négligeant les radicaux) donc une charge globale négative.

 

Du coup pour finir et pour aller plus loin, par exemple si tu te place à un pH de 10 pour l'aspartate (pI=2,9 donc pH>pI), le milieu sera tellement pauvre en H+ que ses fonctions carboxyles vont toute les 2 perdre leur proton, on aura donc une molécule possédant COO- et NH2 (pour la partie constante de l'acide aminé) et encore COO- (pour la fonction carboxyle du radical) on aura donc une molécule doublement chargé négativement!

 

J'espère avoir répondu à toutes tes questions!!

Alors salut @Kévin ! Je suis revenue sur le cours, et sur ton explication (car c'est mieux expliqué que mon cours mdrr),  je sais que le post date un peu mais y a juste un petit truck qui me fait buger tu as écrit " Du coup plus ton pKa est bas et plus ton acide est fort et plus ton pKb est haut, plus ta base est forte." -> du coup pour le PkB ça marche dans le même sens que la force de la base contrairement à l'acide où c'est plus pka est faible plus l'acide est fort ? Ca me fait buger du coup... Merci beaucoup, j'espère que tu as compris ma question 😉😉 

Posted
Il y a 6 heures, rara31 a dit :

Alors salut @Kévin ! Je suis revenue sur le cours, et sur ton explication (car c'est mieux expliqué que mon cours mdrr),  je sais que le post date un peu mais y a juste un petit truck qui me fait buger tu as écrit " Du coup plus ton pKa est bas et plus ton acide est fort et plus ton pKb est haut, plus ta base est forte." -> du coup pour le PkB ça marche dans le même sens que la force de la base contrairement à l'acide où c'est plus pka est faible plus l'acide est fort ? Ca me fait buger du coup... Merci beaucoup, j'espère que tu as compris ma question 😉😉 

Salut salut! Tu fais bien de revenir vers moi!

 

Alors oui je vois ce que tu veux dire! Alors en fait en général on utilise très souvent le pKa plutôt que le pKb de toute façon ils sont analogues (pKa + pKb = 14) du coup c'est vrai que caractériser le force d'un acide ou d'une base avec le pKb est pas courant mais en soi ça fonctionne comme ca:

  • Un pKa inférieur à 0 = acide fort (il a donc de façon théorique un pKb supérieur à 14)
  • Un pKa entre 0 et 14 = acide faible (il a donc de façon théorique un pKb entre 0 et 14)
  • Un pKb inférieur à 0  = base forte (il a donc de façon théorique un pKa supérieur à 14)
  • Un pKb entre 0 et 14 = base faible (il a donc de façon théorique un pKa entre 0 et 14)

Donc pour faire court:

Le pKa symbolise la force acide, plus il est faible et plus l'acide est fort

Le pKb symbolise la force basique, plus il est faible plus la base est forte

 

J'espère avoir dissipé tes doutes et si il y a quoi que ce soit hésite pas à nous dire ça!😉

  • Ancien du Bureau
Posted
à l’instant, Kévin a dit :

Salut salut! Tu fais bien de revenir vers moi!

 

Alors oui je vois ce que tu veux dire! Alors en fait en général on utilise très souvent le pKa plutôt que le pKb de toute façon ils sont analogues (pKa + pKb = 14) du coup c'est vrai que caractériser le force d'un acide ou d'une base avec le pKb est pas courant mais en soi ça fonctionne comme ca:

  • Un pKa inférieur à 0 = acide fort (il a donc de façon théorique un pKb supérieur à 14)
  • Un pKa entre 0 et 14 = acide faible (il a donc de façon théorique un pKb entre 0 et 14)
  • Un pKb inférieur à 0  = base forte (il a donc de façon théorique un pKa supérieur à 14)
  • Un pKb entre 0 et 14 = base faible (il a donc de façon théorique un pKa entre 0 et 14)

Donc pour faire court:

Le pKa symbolise la force acide, plus il est faible et plus l'acide est fort

Le pKb symbolise la force basique, plus il est faible plus la base est forte

 

J'espère avoir dissipé tes doutes et si il y a quoi que ce soit hésite pas à nous dire ça!😉

Coucou !!! Ah oui exactement c'est que je me disais ! C'est comme l'histoire du pH genre

 

Merci beaucoup encore à toi tu expliques très bien 😉 

Posted
il y a 1 minute, rara31 a dit :

Coucou !!! Ah oui exactement c'est que je me disais ! C'est comme l'histoire du pH genre

 

Merci beaucoup encore à toi tu expliques très bien 😉 

Oui c'est exactement ça! C'est en lien direct avec le pH!

 

Avec grand plaisir!💚

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