questions TD1

[exosquelette]

salut !

en relisant le TD1, je me pose quelques questions(je m'excuse d'avance jsp comment on met des photos)

- 6D : "cette molécule est polaire" VRAI je suppose que c'est car c'est un petit peptide, mais à partir de quand peut on considérer réellement que c'est polaire ou que ça ne l'est plus ? si il y a un aa polaire sur par exemple 5 est ce que ca suffit pour dire que c'est polaire ? je doute toujours pour répondre à ce genre de questions

- 14E : il y a une liaison entre les radicaux de glu et de lys." cette molécule contient une liaison amide" VRAI donc cela veut dire que les liaisons covalentes avec les radicaux lys sont des liaisons amides, et du coup est-ce que les liaisons pseudo-peptidiques sont aussi des liaisons amides?

- 23D : on a les aa suivants : gly, ala, tyr, met, phe. "ces 5 molécules sont ionisées au pH physiologique" VRAI si j'ai bien compris c'est car on a sur tous les aa à ph physiologique le COO- et le NH3+ -> donc peut-on considérer que TOUS les aa sont ionisés au pH physiologique ?? et on est d'accord que si la question était "ces 5 radicaux sont ionisés au pH physiologique" çela serait faux car ils n'ont pas de pKr ?

- enfin si l'on nous demande si le radical d'un aa est ionisé à pH physiologique on peut répondre oui à partir du moment où il a un pKr, c'est ça ?

mercii d'avance et bonne soirée à tous !!

[lajuxtaposé]

Bonjour

 

il y a 23 minutes, exosquelette a dit :

- 6D : "cette molécule est polaire" VRAI je suppose que c'est car c'est un petit peptide, mais à partir de quand peut on considérer réellement que c'est polaire ou que ça ne l'est plus ? si il y a un aa polaire sur par exemple 5 est ce que ca suffit pour dire que c'est polaire ? je doute toujours pour répondre à ce genre de questions

 

 

Tous les AA sont polaires (mais ils n'ont évidemment pas tous des radicaux polaires)

 

 

il y a 25 minutes, exosquelette a dit :

- 23D : on a les aa suivants : gly, ala, tyr, met, phe. "ces 5 molécules sont ionisées au pH physiologique" VRAI si j'ai bien compris c'est car on a sur tous les aa à ph physiologique le COO- et le NH3+ -> donc peut-on considérer que TOUS les aa sont ionisés au pH physiologique ?? et on est d'accord que si la question était "ces 5 radicaux sont ionisés au pH physiologique" çela serait faux car ils n'ont pas de pKr ?

 

 

oui

 

 

il y a 27 minutes, exosquelette a dit :

- enfin si l'on nous demande si le radical d'un aa est ionisé à pH physiologique on peut répondre oui à partir du moment où il a un pKr, c'est ça ?

 

 

oui, mais attention on peut complexifier en demandant la protonation / déprotonation 

 

--> Glutamate : R ionisé au pH neutre, COO- mais déprotonné car pH > pKr

--> Lysine : R ionisé au pH neutre, NH3+ mais protonné car pH < pKr

[lajuxtaposé]

Il y a 16 heures, exosquelette a dit :

- 14E : il y a une liaison entre les radicaux de glu et de lys." cette molécule contient une liaison amide" VRAI donc cela veut dire que les liaisons covalentes avec les radicaux lys sont des liaisons amides, et du coup est-ce que les liaisons pseudo-peptidiques sont aussi des liaisons amides?

 

 

les liaisons pseudo peptidiques sont des liaisons amide entre le NH2 du C alpha et le COOH du radical d'un diacide. Je ne savais pas qu'on pouvait parler de liaison pseudo peptidique pour une liaison entre deux radicaux NH2/COOH ? @Nymma

[Nymma]

il y a 5 minutes, lajuxtaposé a dit :

les liaisons pseudo peptidiques sont des liaisons amide entre le NH2 du C alpha et le COOH du radical d'un diacide. Je ne savais pas qu'on pouvait parler de liaison pseudo peptidique pour une liaison entre deux radicaux NH2/COOH ?

 

Il y a 16 heures, exosquelette a dit :

14E : il y a une liaison entre les radicaux de glu et de lys." cette molécule contient une liaison amide" VRAI donc cela veut dire que les liaisons covalentes avec les radicaux lys sont des liaisons amides, et du coup est-ce que les liaisons pseudo-peptidiques sont aussi des liaisons amides?

 

 

Alors, je ne suis pas sûre de comprendre ce qui vous gêne mais je vais reprendre ça depuis le début et vous me direz si ça vous va  

 

Tout d'abord, une liaison peptidique est une liaison amide jusque là ça va. 

Ensuite, une liaison pseudo-peptidique est aussi une liaison amide et elle est formée par la liaison entre un COOH d'un radical et le NH2 du Cα ou entre le NH2 d'un radical et le COOH du Cα. 

Enfin, la liaison entre les radicaux de Glu et de Lys n'est ni une liaison peptidique, ni une liaison pseudo-peptidique, si on devrait vraiment la qualifier, ce serait juste une liaison covalente entre deux radicaux (y'a pas de nom pour ce genre de liaison). Dans notre cas, c'est aussi une liaison amide (mais attention ce n'est pas le cas pour tous les radicaux). 

 

Du coup pour l'item 14E, je suis d'accord qu'il n'est pas assez précis parce que même si on n'avait pas de liaison entre les deux radicaux, on aurait quand même une liaison amide dans la liaison peptidique. Donc à moins que l'énoncé ne précise qu'on ne travaille que sur des acides aminés libres, l'item est bizarre mais encore une fois, certains profs s'attendent à ce que vous vous concentriez sur le cas particulier que l'on vous présente mais ça on ne peut pas le savoir à l'avance ...

 

J'espère que c'est plus clair pour vous deux (et que je n'ai pas répondu à côté de la plaque), sinon faites moi signe !!