Unagi Posted September 11, 2020 Posted September 11, 2020 Bonjourrr Je ne comprends pas la phrase que la professeur de biomol à ajouter à la définition de la structure secondaire : Citation Répétition d’une orientation spécifique entre deux AA successifs le long de la chaîne peptique caractérisé par angle phi et psy identiques au sein de cette structure secondaire Je ne suis pas sûre d’avoir noté mot pour mot ce quelle a dit mais en tout cas je ne comprends pas cette définition... Merci d’avance pour l’explication Quote
Mojito_des_îles Posted September 11, 2020 Posted September 11, 2020 salut a toi @Clover quand la prof parle d'angle psy et phi identique cela signifie juste la structure secondaire sera périodique et arrangé alors que si ce n'est pas le cas tu auras une structure désordonnée justement on appelle cela la pelote statistique ou encore le "random coil" L'angle phi c'est celui entre Calpha et N et l'angle spy c'est l'angle entre Calpha et C J'espère que j'ai été clair dans mon explication n'hésite pas si jamais Quote
Unagi Posted September 11, 2020 Author Posted September 11, 2020 il y a 6 minutes, Mojito_des_îles a dit : salut a toi @Clover quand la prof parle d'angle psy et phi identique cela signifie juste la structure secondaire sera périodique et arrangé alors que si ce n'est pas le cas tu auras une structure désordonnée justement on appelle cela la pelote statistique ou encore le "random coil" L'angle phi c'est celui entre Calpha et N et l'angle spy c'est l'angle entre Calpha et C J'espère que j'ai été clair dans mon explication n'hésite pas si jamais Donc en gros quand les angles psy et phi sont identiques ca tourne dans le même sens ? Et si ca ne tourne pas dans le même sens on a pas une hélice alpha ? Est ce que l’orientation des angles psy et phi on une influence sur l’hélice alpha déjà ? (Désolé pour ces questions, la biomol et moi ca fait 3000 ) Quote
Mojito_des_îles Posted September 11, 2020 Posted September 11, 2020 il y a 2 minutes, Clover a dit : Donc en gros quand les angles psy et phi sont identiques ca tourne dans le même sens ? Et si ca ne tourne pas dans le même sens on a pas une hélice alpha ? Est ce que l’orientation des angles psy et phi on une influence sur l’hélice alpha déjà ? (Désolé pour ces questions, la biomol et moi ca fait 3000 ) Je me suis trompé quand j'ai dit structure secondaire avec les liaisons peptidiques il s'agit ici de structure juste primaire attention !! Alors les liaisons peptidiques sont fait en trans donc tu le vois sur les diapos du cours. Cette disposition en trans est du au fait que énergiquement c'est celle qui demande le moins d'énergie. Le fait d'avoir les hélices alpha c'est du à la structure secondaire qui est un arrangement d'AA proche dans la sequence donc du a des liaisons hydrogènes, hydrophobes tout ça. Donc la structure secondaire sera à mes yeux dépendante de la structure primaire mais je ne sais pas si on peut dire que "ça tourne dans le même sens ou pas". Dans les annales c'est pas comme ça que sont posé les questions rassure toi Je sais pas si j'ai été très clair encore une fois mdrrr Quote
Unagi Posted September 11, 2020 Author Posted September 11, 2020 il y a 11 minutes, Mojito_des_îles a dit : Je me suis trompé quand j'ai dit structure secondaire avec les liaisons peptidiques il s'agit ici de structure juste primaire attention !! Alors les liaisons peptidiques sont fait en trans donc tu le vois sur les diapos du cours. Cette disposition en trans est du au fait que énergiquement c'est celle qui demande le moins d'énergie. Le fait d'avoir les hélices alpha c'est du à la structure secondaire qui est un arrangement d'AA proche dans la sequence donc du a des liaisons hydrogènes, hydrophobes tout ça. Donc la structure secondaire sera à mes yeux dépendante de la structure primaire mais je ne sais pas si on peut dire que "ça tourne dans le même sens ou pas". Dans les annales c'est pas comme ça que sont posé les questions rassure toi Je sais pas si j'ai été très clair encore une fois mdrrr D’accorrddd oui merci j’ai mieux compris mais du coup oui on peut dire que l’orientation des angles phi et psy permet l’agencement d’une structure secondaire non? Vu que la définition que la prof à donné ci dessus dit que la structure secondaire c’est la répétition d’orientation d’AA successif caractérisé par des angles psy et phi identique. Mais si psy et phi sont identiques alors les deux AA sont dans le même plan ? C’est pas possible non ? Quote
LeMathou Posted September 11, 2020 Posted September 11, 2020 (edited) yoooo @Clover Alors attention, ces 2 angles ne seront pas dans le même plan pour un même Cα mais par contre tu auras ces angles φ et ψ dans un même plan mais pour un 2 Cα différents. J'arrive pas à et mettre de photo (c'est trop lourd). Mais le Cα fait par ces deux angles entre 2 plans différentes. Du coup dans ton plan tu retrouveras un angle φ (d'un Cα); un angle ψ (d'un autre Cα) et une liaison peptique ! Edited September 11, 2020 by LeMathou Unagi 1 Quote
Unagi Posted September 11, 2020 Author Posted September 11, 2020 (edited) il y a 30 minutes, LeMathou a dit : yoooo @Clover Alors attention, ces 2 angles ne seront pas dans le même plan pour un même Cα mais par contre tu auras ces angles φ et ψ dans un même plan mais pour un 2 Cα différents. J'arrive pas à et mettre de photo (c'est trop lourd). Mais le Cα fait par ces deux angles entre 2 plans différentes. Du coup dans ton plan tu retrouveras un angle φ (d'un Cα); un angle ψ (d'un autre Cα) et une liaison peptique ! Ah d’accord j’ai compris l’histoire du plan avec un angle psy et phi qui viennent de deux AA différents + au milieu la liaison peptidique mais ducoup je reviens à la définition au dessus (encore une fois mdrr) ducoup ces deux angles sont identiques au sein du même plan ? Edited September 11, 2020 by Clover Quote
Solution LeMathou Posted September 11, 2020 Solution Posted September 11, 2020 (edited) @Clover c'est ça, c'est la définition même de la structure secondaire : elle est caractérisée par des angle identiques (=constants), qui font une d'elle une structure organisée et périodique ! ps : tu me dis dans "un plan", mais dans tous les autres plans aussi, tu auras des angles identiques ! Edited September 11, 2020 by LeMathou Quote
Unagi Posted September 11, 2020 Author Posted September 11, 2020 il y a 2 minutes, LeMathou a dit : @Clover c'est ça, c'est la définition même de la structure secondaire : elle est caractérisée par des angle identiques (=constants), qui font une d'elle une structure organisée et périodique ! Sinon tu tomberas dans une structure type "random coil" Super merci ! Merci pour vos explications @LeMathou et @Mojito_des_îles Quote
LeMathou Posted September 11, 2020 Posted September 11, 2020 (edited) @Cloverj'ai modifié mon message regarde le, j'avais fait une petite bêtise + j'ai apporté une précision Edited September 11, 2020 by LeMathou Quote
Unagi Posted September 11, 2020 Author Posted September 11, 2020 il y a 7 minutes, LeMathou a dit : @Cloverj'ai modifié mon message regarde le, j'avais fait une petite bêtise + j'ai apporté une précision Oui d’accord merci et juste pour être sûre : angles identiques dans chaque plans, et les deux plans successifs ne sont pas dans le même « plan » ? Quote
LeMathou Posted September 11, 2020 Posted September 11, 2020 @Clover alors ça non pas forcément parce que tu peux avoir une libre rotation (cependant toujours en respectant les mêmes angles) autour du Cα. C'est seulement autour du Cα car après les plans eux sont totalement rigides. Quote
Unagi Posted September 11, 2020 Author Posted September 11, 2020 il y a 1 minute, LeMathou a dit : @Clover alors ça non pas forcément parce que tu peux avoir une libre rotation (cependant toujours en respectant les mêmes angles) autour du Cα. C'est seulement autour du Cα car après les plans eux sont totalement rigides. Ok j’ai compris donc angles phi et psi de deux AA différents dans un même plan rigide contenant la liaison peptidique, ces plans font des libres rotations autour des Calpha, merci beaucoup ! Quote
Lemillion Posted September 13, 2020 Posted September 13, 2020 Le 11/09/2020 à 15:13, Mojito_des_îles a dit : L'angle phi c'est celui entre Calpha et N et l'angle spy c'est l'angle entre Calpha et C dsl je relance mais j'ai du mal a visualiser comment on peut avoir un angle entre deux atomes seulement, ne faut il pas un troisième réferentiel pour avoir un angle ? jsp si je suis compréhensible Quote
Mojito_des_îles Posted September 13, 2020 Posted September 13, 2020 il y a 48 minutes, Lemillion a dit : dsl je relance mais j'ai du mal a visualiser comment on peut avoir un angle entre deux atomes seulement, ne faut il pas un troisième réferentiel pour avoir un angle ? jsp si je suis compréhensible Salut salut à toi @Lemillion Justement tu as tes 3 atomes le Calpha le N puis le C mais pour bien visualiser prends ton poly et regarde les schémas qui portent sur cette info je ne sais pas si cela à été traité en cours encore ... Dit moi si j'ai été clair ou si tu as besoin de plus d'info Quote
Lemillion Posted September 13, 2020 Posted September 13, 2020 il y a 16 minutes, Mojito_des_îles a dit : Salut salut à toi @Lemillion Justement tu as tes 3 atomes le Calpha le N puis le C mais pour bien visualiser prends ton poly et regarde les schémas qui portent sur cette info je ne sais pas si cela à été traité en cours encore ... Dit moi si j'ai été clair ou si tu as besoin de plus d'info c'est bon j'arrive enfin à visualiser, merci Quote
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