Banques génomiques

[OxyGenS]

Salut !

 

Si j'ai bien compris pour réaliser une banque génomique, on fragmente l'ADN de n'importe quelle cellule dans le but de pouvoir insérer ces fragments dans un vecteur (phage ou cosmide).

Seulement, il faut que ces fragments soient suffisamment petits pour pouvoir être placés dans les vecteurs.

1) Du coup les fragments qui sont trop grands, on les re-digère ?

2) A la fin on doit avoir tous les fragments dans plein de vecteurs différents ?

3) Est-ce que tous les inserts auront été digérés par les mêmes enzymes et idem pour les vecteurs ?

 

On dit que la banque doit posséder au moins 1 fois la copie de tout le génome.

4) Une cellule possède plusieurs copies du génome ?

 

Merci d'avance

[justineb]

Salut @OxyGenS! 

En effet pour réaliser une banque génomique on récupère l’ADN d’un individu que l’on va morceler à partir de diverses enzymes de restriction pour pouvoir insérer ces morceauC dans des vecteurs. Ces vecteurs dits recombinants, pénètrent ensuite dans une cellule hôte (une bactérie), sachant qu’en général, un seul vecteur recombinant pénètre par cellule hôte. Les bactéries infectées par le vecteur se multiplient formant ainsi des colonies et le vecteur introduit se réplique en même temps au sein de son hôte. Ainsi la colonie bactérienne obtenue contiendra de très nombreuses copies de l’insert d’ADN de départ; c’est ce qui s’appelle un clone d’ADN. La banque génomique sera l’ensemble des clones obtenus à partir d’un échantillon d’ADN de départ. 
 

Maintenant pour répondre à tes questions:

 

1) Les vecteurs sont choisis en fonction de la taille des fragments que l’on veut. Certains vecteurs sont capables d’accueillir des fragments de très grandes tailles comme par exemple les YAC (Yeast Artificial Chromosome)  qui peuvent recevoir des séquences jusqu’à 400kb ce qui est très grands. On ne recoupe donc pas les fragments. Si jamais on veut des fragments plus petits dès le départ, on utilisera des enzymes de restrictions qui possèdent de nombreux sites de coupure dans le génome afin de plus le morceler.

 

2) Je t’avoue que je ne sais pas trop, mais d’après moi si on prend le cas du génome humain, on utilisera des vecteurs capables d’insérer de grands fragments d’ADN (comme YAC) et on utilisera un vecteur pour chaque fragment. Mais à vérifier... Peut être que @Ratus ou @Théophylline ont la réponse ? 

 

3) On choisi les enzymes de restriction que l’on utilise en fonction de la séquence d’ADN que l’on veut insérer dans le vecteur. Idem pour le vecteur, il faut que la séquence d’ADN puissent s’insérer correctement donc il faut choisir les enzymes adéquates.

 

4) La copie du génome se fait dans la bactérie qui a été infectée par le vecteur recombinant qui s’y réplique a l’intérieur. Ce n’est donc pas la cellule dans laquelle on a récupéré l’ADN qui possède plusieurs copies mais celles-ci sont crées durant la multiplication de la colonie bactérienne. 

 

Est ce que c’est plus clair pour toi ? 

[Théophylline]

Salut @OxyGenS @justineb !! 

 

Il y a 2 heures, OxyGenS a dit :

2) A la fin on doit avoir tous les fragments dans plein de vecteurs différents ?

 

il y a une heure, justineb a dit :

2) Je t’avoue que je ne sais pas trop, mais d’après moi si on prend le cas du génome humain, on utilisera des vecteurs capables d’insérer de grands fragments d’ADN (comme YAC) et on utilisera un vecteur pour chaque fragment.

 

Oui, c'est ça, ça s'appelle une banque parce que tu as plein de vecteurs différents, chacun comportant un fragment différent.

Je sais pas comment ça se passe concrètement pour les banques génomiques humaines mais je sais qu'il existe des banques de C elegans (que vous n'avez pas vu cette année donc c'est qu'un exemple) et en fait dans le labo ils ont des frigos remplis de boites et dans chaque boite il y a un "sous-type" de C elegans (avec un certain génome) et sur la boite il y a le nom du variant. Comme ça dès qu'ils ont besoin d'un "sous-type', ils ouvrent le frigo, ils sortent la boite concernée et voilà. J'imagine que c'est un peu pareil pour les banques génomiques. 

 

J'espère que c'est plus clair ! 

et que je t'ai pas embrouillé avec C elegans (au pire retiens que la première phrase) 

[OxyGenS]

Il y a 1 heure, justineb a dit :

Les vecteurs sont choisis en fonction de la taille des fragments que l’on veut. Certains vecteurs sont capables d’accueillir des fragments de très grandes tailles comme par exemple les YAC (Yeast Artificial Chromosome)

Mais pour les banques génomiques, il est écrit dans le poly que c'est fait avec des phages ou des cosmides. Ces vecteurs ont une capacité d'accueil plus limitée... du coup comment on fait pour être certain que chaque insert va bien rentrer dans les vecteurs ? Pcq de base on n'est pas censé connaître parfaitement l'ADN fragmenté et par conséquent on ne maîtrise pas bien les sites de coupure non ?

 

il y a 7 minutes, Théophylline a dit :

Il y a 1 heure, justineb a dit :

2) Je t’avoue que je ne sais pas trop, mais d’après moi si on prend le cas du génome humain, on utilisera des vecteurs capables d’insérer de grands fragments d’ADN (comme YAC) et on utilisera un vecteur pour chaque fragment.

 

Oui, c'est ça, ça s'appelle une banque parce que tu as plein de vecteurs différents, chacun comportant un fragment différent.

Je sais pas comment ça se passe concrètement pour les banques génomiques humaines mais je sais qu'il existe des banques de C elegans (que vous n'avez pas vu cette année donc c'est qu'un exemple) et en fait dans le labo ils ont des frigos remplis de boites et dans chaque boite il y a un "sous-type" de C elegans (avec un certain génome) et sur la boite il y a le nom du variant. Comme ça dès qu'ils ont besoin d'un "sous-type', ils ouvrent le frigo, ils sortent la boite concernée et voilà. J'imagine que c'est un peu pareil pour les banques génomiques. 

 

J'espère que c'est plus clair ! 

et que je t'ai pas embrouillé avec C elegans (au pire retiens que la première phrase)

Ok j'ai compris merci !

 

Il y a 1 heure, justineb a dit :

3) On choisi les enzymes de restriction que l’on utilise en fonction de la séquence d’ADN que l’on veut insérer dans le vecteur. Idem pour le vecteur, il faut que la séquence d’ADN puissent s’insérer correctement donc il faut choisir les enzymes adéquates.

Du coup là j'ai un peu la même question que pour la 1) : si j'ai bien compris, on ne connaît pas de façon précise la séquence d'ADN que l'on fragmente donc comment choisir ? (je cherche peut-être trop loin et trop compliqué)

 

Il y a 1 heure, justineb a dit :

4) La copie du génome se fait dans la bactérie qui a été infectée par le vecteur recombinant qui s’y réplique a l’intérieur. Ce n’est donc pas la cellule dans laquelle on a récupéré l’ADN qui possède plusieurs copies mais celles-ci sont crées durant la multiplication de la colonie bactérienne.

D'acc j'avais pas compris

[justineb]

il y a 26 minutes, OxyGenS a dit :

Mais pour les banques génomiques, il est écrit dans le poly que c'est fait avec des phages ou des cosmides. Ces vecteurs ont une capacité d'accueil plus limitée... du coup comment on fait pour être certain que chaque insert va bien rentrer dans les vecteurs ? Pcq de base on n'est pas censé connaître parfaitement l'ADN fragmenté et par conséquent on ne maîtrise pas bien les sites de coupure non ?

 

il y a 45 minutes, OxyGenS a dit :

Du coup là j'ai un peu la même question que pour la 1) : si j'ai bien compris, on ne connaît pas de façon précise la séquence d'ADN que l'on fragmente donc comment choisir ? (je cherche peut-être trop loin et trop compliqué)

Tu connais la séquence ADN d’origine de ta cellule donc tu peux savoir où sont les sites de coupure des enzymes de restriction. Tu as par exemple un site de coupure de telle enzyme de restriction à telle position et le site d’une autre enzyme autre part ce qui te permettrait d’obtenir fragment de 10kb. Tu vas donc choisir un vecteur adéquat (ici tu peux utiliser un phage notamment) et qui aura un site de coupure qui permet l’insertion de ton fragment. Tu choisis en fait tes enzymes de restriction et ton vecteur en fonction du fragment que tu souhaites.

 

Tu as mieux compris? 

[OxyGenS]

@justineb Ok j'ai compris, merci !