Mille et un vecteurs

[Rebelle]

Hello tutoweb,

 

Du coup j'ai 2 petites nouvelles questions en recherche rien que pour vous

 

Lors de la construction de ce plasmide on effectue une électrophorèse (qui permet de
vérifier la taille des fragments) après linéarisation.
A. On observe trois bandes principales de 1 ; 5 et 6kb
B. Si on observe seulement une bande de 1kb, on peut affirmer que la construction n’a pas été
effective.
C. Pour visualiser les bandes, on peut utiliser du bromure d’éthidium.
D. En supposant que l’on dispose d’une sonde marquée spécifique génomique, elle s’hybriderait (en
southern) avec les fragments de 5 kb.
E. En supposant que l’on dispose d’une sonde marquée spécifique génomique, elle s’hybriderait (en
southern) avec les fragments de 1 et 6 kb.

 

Je ne comprends pas ce qui fait que cet item est faux et puisqu'il n'y a pas de correction, je pose directement la question ici !

 

Ensuite :

QCM V7 : On dispose d’un insert contenant un gène d'intérêt que l’on souhaite cloner, d’un
plasmide et d’une culture de bactéries. Seuls les sites de coupures uniques pour les enzymes de
restriction de type II sont notés sur les schémas suivants. Les sites de coupures reconnus par les
enzymes de restriction de type II sont notés selon les conventions usuelles.

https://www.noelshack.com/2020-09-6-1582982284-capture-d-ecran-2020-02-29-a-14-17-51.png
A. L’insert ne peut s’insérer que dans un seul sens dans le plasmide, quelle(s) que soi(en)t la ou les
enzymes que l’on utilise pour l’insertion.
B. Pour sélectionner les bactéries dans lesquelles un plasmide s’est inséré, on peut utiliser la
pénicilline (antibiotique).
C. On peut utiliser les enzymes PaeI et NlaIII sur le plasmide puis PaeI et Acc651 sur l'insert pour
insérer l’insert dans le plasmide.
D. Les bactéries de couleur bleue en présence de X-galactose possèdent un plasmide recombinant.
E. Après amplification dans la bactérie et utilisation de détergent puis ultracentrifugation, l’ARN
formé est le moins dense des acides nucléiques.

 

Pour celui-ci, j'ai vu un sujet qui portait sur la question mais je ne comprenais pas la réponse, par ailleurs, je ne suis pas sûre d'avoir compris le raisonnement du coup un peu d'aide serait bienvenue !

Merci d'avance

Edited February 29, 2020 by Rebelle

[Metallica]

Il y a 1 heure, Rebelle a dit :

Je ne comprends pas ce qui fait que cet item est faux et puisqu'il n'y a pas de correction, je pose directement la question ici

 

Tu n'as la qcm dans sa totalité (je sais que c'est pas forcément utile vu l item mais c'est mieux pour visualiser) ?

 

Il y a 1 heure, Rebelle a dit :

Pour celui-ci, j'ai vu un sujet qui portait sur la question mais je ne comprenais pas la réponse, par ailleurs, je ne suis pas sûre d'avoir compris le raisonnement du coup un peu d'aide serait bienvenue !

 

Quand un insert s'insere dans les deux sens ça sous-entend que les sites générés par les 2 ER agissant sur l insert sont compatibles entre eux.Du coup il faut juste comparer les sites des ER situé en amont de l'insert avec ceux situés en aval de celui-ci. Autrement dit, il va falloir comparer NcoI avec AccII et PaeI d'un côté et d'un autre côté Acc651 avec AccII et Pae1. Si une seules des combinaison permet la compatibilité des sites générés alors l'insert pourra théoriquement s'insérer dans les deux sens (a condition bien sur que les sites crées sur les plasmides soient compatibles avec ceux de l'insert). 

 

On peut déjà éliminer AccII qui génère des extrémités non cohesives (pas de compatibilité avec les 3 autres sites sur l'insert qui présentent des bouts cohesifs). 

 

En testant les possibilités entre Pae1/Acc51 et Pae1/NcoI on remarque qu aucune de ces combinaisons ne marchent ce qui nous donne la preuve que le plasmide ne pourra dans tous les cas pas s insérer dans les 2 sens. 

 

Je sais pas si c'est clair mais en tt cas c'est la méthode la plus rapide , elle evite de tester toutes les combinaisons entre les sites de l'insert et du vecteur 

 

 

 

 

Edited February 29, 2020 by Metallica

[Rebelle]

Il y a 1 heure, Metallica a dit :

Tu n'as la qcm dans sa totalité (je sais que c'est pas forcément utile vu l item mais c'est mieux pour visualiser) ?

Mince je n'avais pas fait attention voilà la première partie de l'énoncé : On souhaite insérer un fragment de DNA de 1kb (obtenu par coupure de DNA génomique par EcoRI) dans un plasmide recombinant de 5kb (qui servira à amplifier ce DNA après transfection dans une bactérie). Il existe dans ce plasmide un site EcoRI (G/AATTC) unique

Il y a 1 heure, Metallica a dit :

En testant les possibilités entre Pae1/Acc51 et Pae1/NcoI on remarque qu aucune de ces combinaisons ne marchent ce qui nous donne la preuve que le plasmide ne pourra dans tous les cas pas s insérer dans les 2 sens.

Alors autant j'ai compris tout le début de l'explication, autant là, je bugue un peu. Ici l'item est compté faux, pourtant d'après ce que tu as l'air de dire, il serait vrai ? _{(je suis totalement perdue désolée)}

 

[Metallica]

il y a 13 minutes, Rebelle a dit :

Alors autant j'ai compris tout le début de l'explication, autant là, je bugue un peu. Ici l'item est compté faux, pourtant d'après ce que tu as l'air de dire, il serait vrai ? _{(je suis totalement perdue désolée)}

 

Ah oui pardon j'ai dit qu'il ne pouvait pas s'insérer dans les deux sens mais ça ne veut pas dire pour autant qu'il s'insère systématiquement dans un seul sens il peut simplement ne pas s'insérer du tout d'où le fait qu'il soit faux (c'était assez simple au final)

 

il y a 18 minutes, Rebelle a dit :

Mince je n'avais pas fait attention voilà la première partie de l'énoncé : On souhaite insérer un fragment de DNA de 1kb (obtenu par coupure de DNA génomique par EcoRI) dans un plasmide recombinant de 5kb (qui servira à amplifier ce DNA après transfection dans une bactérie). Il existe dans ce plasmide un site EcoRI (G/AATTC) unique

 

Est ce que la E est comptée vraie ?

 

[Rebelle]

il y a 56 minutes, Metallica a dit :

Est ce que la E est comptée vraie ?

Oui en effet !

 

Pour en revenir à l'autre item, la correction _{(que j'avais du mal à comprendre initialement)} dit ceci : si on utilise PaeI sur l’insert et le plasmide et Acc651 sur l’insert et SunI sur le plasmide, l’insert s’insère dans un sens. Si on utilise PaeI sur l’insert et NlaIII sur le plasmide et Acc651 sur l’insert et SunI sur le plasmide, l’insert s’insère dans l’autre sens.

Avec tes précédentes explications, j'ai pu beaucoup mieux la comprendre mais du coup, pour aboutir à cette conclusion faut-il passer au "cas par cas" ?

 

 

Edited February 29, 2020 by Rebelle

[Théophylline]

Salut @Rebelle !! 

 

Premier QCM : (je remets l'énoncé dans l'ordre pour que ce soit plus clair)

Il y a 23 heures, Rebelle a dit :

On souhaite insérer un fragment de DNA de 1kb (obtenu par coupure de DNA génomique par EcoRI) dans un plasmide recombinant de 5kb (qui servira à amplifier ce DNA après transfection dans une bactérie). Il existe dans ce plasmide un site EcoRI (G/AATTC) unique

 

Le 29/2/2020 à 14:20, Rebelle a dit :

Lors de la construction de ce plasmide on effectue une électrophorèse (qui permet de
vérifier la taille des fragments) après linéarisation.

 

Comme dit l'item A, on aura 3 bandes après électrophorèse : 

- 1 bande de 1 kb qui correspond à l'ADN génomique qu'on veut insérer dans le plasmide 

- 1 bande de 5 kb qui correspond au plasmide vide dans lequel on veut insérer l'ADN génomique 

- 1 bande de 6 kb qui correspond au plasmide dans lequel on a inséré l'ADN génomique (donc le vecteur qu'on cherche à obtenir) 

 

Le 29/2/2020 à 14:20, Rebelle a dit :

D. En supposant que l’on dispose d’une sonde marquée spécifique génomique, elle s’hybriderait (en
southern) avec les fragments de 5 kb.

 

Donc non, si on utilise une sonde reconnaissant l'ADN génomique elle ne s'hybriderait pas avec les fragments de 5 kb car ils correspondent au plasmide vide. 

 

 

Deuxième QCM : 

Puisque tu as déjà tout compris (merci @Metallica ) je vais pas le réexpliquer mais pour répondre à ta dernière question : 

Il y a 22 heures, Rebelle a dit :

pour aboutir à cette conclusion faut-il passer au "cas par cas" ?

 

Oui, il faut passer au cas par cas ! 

 

 

J'espère que ça t'aide 

[Rebelle]

Merci beaucoup pour toutes vos réponses vraiment ! @Théophylline @Metallica