Protéines & Cie

[Rebelle]

Bonjour tutoweb !

J'ai aujourd'hui quelques questions à propos des protéines et plus particulièrement donc sur des QCMs du poly de Noël (merci d'ailleurs à tous les tuteurs qui les ont compilés, même si ce ne sont pas des annales, je n'ai pas l'impression qu'on puisse arriver totalement perdu face à notre futur sujet grâce à vous)(sauf si professeur Ausseil nous plante le taux de purification, là ce sera moins marrant)

Bref.

J'avais donc 3 petites questions, la première portant sur ce QCM : https://www.noelshack.com/2020-01-7-1578212201-capture-d-ecran-2020-01-05-a-09-14-23.png

En fait, je ne comprends pas comment on peut aboutir à la séquence Met-Glu-Cys-Val pour le peptide (a) alors que dans l'énoncé on nous dit qu'on libère un PTH-Met, puis Glu puis Val ou alors je n'ai pas compris le fonctionnement du phénylisothyocynate.

Deuxième question : https://www.noelshack.com/2020-01-7-1578212205-capture-d-ecran-2020-01-05-a-09-14-39.png

Pour celui-ci, j'avais exactement les idées données par la correction (en gros, combien de peptides de 330 Da, les 2 des 440 reliés par des ponts S-S...) sauf que je n'ai pas réussi à "disposer" mon ensemble de peptides entre eux, en gros je me retrouvais mon mélange de peptides et je n'arrivais pas à placer correctement mes AA, bref le bazar. Je ne comprends donc pas comment aboutir au début de structure donnée par la correction. Ce serait donc vraiment gentil si on pouvait reprendre le raisonnement ici.

Et enfin, la question bête du jour : la Phe, elle absorbe bien à 260 nm ? Parce qu'il me semblait être tombée dans le piège du "tous les AA aromatiques absorbent à 280" --> FAUX sauf que le qcm 9 en vrac du poly dit que l'action d'une carboxypeptidase libère un AA absorbant à 280 nm --> VRAI. Sauf que cet AA c'est la Phe. Du coup, que faut-il retenir pour le concours ?

Merci d'avance !

 

PS : encore désolée si je fais doublon

 

 

[marie-a81]

Salut !! 

 

Pour ta première question, il s'agit pour moi d'un errata ! Ton raisonnement semble bon, je pense qu'i y a eu un souci dans le QCM.. oops 

 

Concernant ta 2nd question, je reviens vers toi dans quelques instants pour t'expliquer le raisonnement ! 

 

Pour ta 3° question, tu as raison cette année M. Ausseil dit que la Phe absorbe à 260nm tandis que la Tyr et le Trp à 280nm ! Or c'est vrai que M. Perret considérait que tous les AA aromatiques absorbaient à 280 nm donc il s'agit d'une coquille dans le QCM... sorry ! 

[marie-a81]

Je reviens vers toi pour t'expliquer comment on trouve le début de la structure ! 

 

En fait ce qui fallait réussir à comprendre +++ c'était le fait que l'on avait un pont S-S INTER-Chaine ! 

 

D'après ce que tu me dit, tu as bien réussi à comprendre le "découpage" du peptide selon l'action des différentes enzymes, mais si on récapitule on a :

 

Trypsine (seule) → 330 + 330 + 880 (on a 2 sites de coupure). Vu que l'on met en évidence qu'un peptide de 330, il fallait comprendre en fait qu'il y en avait 2 mais de la même composition en AA, car sinon, on n'avait pas le bon poids moléculaire ! Pep I : 330 Da et Pep II : 880 

 

Trypsine + ß-ME  → 330 (x2) + 440 (x2). Les 2 peptides de 330 et de 440 ont respectivement la même composition en AA. A cette étape, c'est là que tu remarques que ton peptide de 880 Da est clivé en 2 grâce à l'action du ß-ME. C'est là qu'il faut remarquer le pont INTER-CHAINE ! 

 

Chlorure de danoyl → Révèle le 1er AA de pep I, qui est Asp.

 

Chymotrypsine → sans effet donc l'AA aromatique Tyr est forcément en bout de chaine.  

 

DNFB : révèle l'AA Nter du peptide RANGUEIL → Ala. Sauf que vu que tu sais que ton peptide = 2 chaines reliées par un pont S-S, alors tu auras Ala comme premier AA sur les 2 chaînes !

 

Placement des AA : 

 

- Ala est ton premier AA sur tes 2 chaines : 

 

Ala — — — — — —

Ala — — — — — —

 

- Tyr est ton dernier AA sur les 2 chaines : 

 

Ala — — — — — Tyr

Ala — — — — — Tyr

 

- Pep I = 330 Da et débute par Asp, donc tu peux en conséquence déterminer la position de Asp et Arg, puisque la trypsine aura coupé juste avant Asp.

 

Ala — — Arg ↓Asp — Tyr

 Pont S-S

Ala — — Arg↓ Asp — Tyr

 

J'espere que cette explication t'aura aidée, si jamais n'hésite pas !

 

 

 

 

 

 

[Rebelle]

Wouah merci beaucoup pour cette explication hyper complète j'ai tout compris ! Et je prends en note les autres remarques, vraiment merci beaucoup !

[marie-a81]

Ouff je suis contente que tu ai compris car j'avais pas l'impression que ce soit si clair que ca ce que je racontais !! 

 

Avec grand plaisir, bon courage pour le concours !