Réplication DNA

[OxyGenS]

Bonjour,

 

- Les fragments d’Okazaki est le nom donné aux fragments d’ADN synthétisé « par vague » sur le brin retardé c’est bien ça ? Et je visualise pas bien le fait que la DNApol III revienne en arrière. Qqun peut me l’expliquer svp ?

 

- Chez les eucaryotes, les DNApol agissent de la même manière (mis à part le fait qu'une débute et l'autre prend le relais) ?

 

- A partir de chaque extrêmité des 2 fourches de réplication il y a 2 DNA pol qui agissent (1 sur brin avancé et l’autre sur brin retardé) ?

 

- Je ne comprends pas bien le système de couplage et le paragraphe associé

https://zupimages.net/viewer.php?id=19/52/vwyc.png

 

- Chez E.coli c’est la DNApol I qui a la fct proof reading ?

 

- Je comprends pas bien la différence entre exonucléase 3’-5’ et 5’-3’

 

Merci

[Liliputienne]

1 - Les fragments d'Okazaki se trouvent bien sur le brin retardé, oui. Ce sont des fragments constitués de l'amorce de RNA (synthétisée par la primase) et d'une partie de DNA (synthétisée par la DNA pol I) 

 

La DNA pol III ne revient pas en arrière sur ces fragments. En réalité elle lie le brin de 3'-5' et synthétise de 5'-3'. Le fait que le brin retardé soit orienté de 3'-5' fait que la DNA pol III ne peut synthétiser que des mini-bouts petit à petit puisque le fragment se "révèle" à chaque fois. Bon, ça c'est l'explication théorique, et c'est pas forcément évident à comprendre. Je te laisse cette vidéo pour comprendre le mécanisme, c'est suffisamment clair et tu n'as pas besoin d'en savoir plus pour cette année  (ce qui t'intéresse commence à 1'30) 

 

2 - Chez les eucaryotes on retrouve une quinzaine de DNA pol, et dans le cours on aborde uniquement la DNA pol α et la DNA pol δ ; alors je présume qu'elles n'agissent pas toutes de la même façon (sinon quel serait l'intérêt d'en conserver autant ?). Maintenant ce n'est qu'une supposition, et étant donné que Roro ne s'étale pas sur le sujet, il ne te posera pas de questions dessus ne t'en fais pas ! 

 

  On 12/24/2019 at 8:30 AM, OxyGenS said:

A partir de chaque extrêmité des 2 fourches de réplication il y a 2 DNA pol qui agissent (1 sur brin avancé et l’autre sur brin retardé) ?

Expand  

Là je ne comprends pas trop où tu veux en venir... Oui il y a deux fourches chez les procaryotes (E.Coli dans e cours). Sur le brin avancé c'est uniquement la DNA pol III. Sur le brin retardé DNA pol III et DNA pol I qui agissent. Je ne sais pas si c'est ça ta question 

 

4 - Concernant le système de couplage, je t'avoue que la concept m'est aussi abstrait (je visualise à peu près mais c'est pas suuuper clair quoi). Cependant si une question porte dessus, ce sera uniquement cette phrase (ou une variante à quelque chose près) qui ressortira. Parce qu'encore une fois il s'étale pas dessus, et que je pense que ce qui l'intéresse c'est surtout qu'on comprenne comment le DNA se réplique et juste qu'on sache qu'il existe un système de couplage. Son fonctionnement n'a pas vraiment à être approfondi 

 

5 - DNA pol I et DNA pol III ont la fonction Proof Reading (3'-5' exonucléasique). La DNA pol I est la seule à avoir la fonction 5'-3' exonucléasique (qui sert lors de la réparation notamment). 

 

6 - Concernant les exoncucléases : je t'ai fait un schéma. Si tu ne visualises/comprends pas avec, tu n'hésites pas et j'essayerai de reformuler au mieux 

 

En espérant que c'est plus clair pour toi ! Bon courageee 

[OxyGenS]

  On 12/24/2019 at 11:02 AM, Liliputienne said:

La DNA pol III ne revient pas en arrière sur ces fragments. En réalité elle lie le brin de 3'-5' et synthétise de 5'-3'. Le fait que le brin retardé soit orienté de 3'-5' fait que la DNA pol III ne peut synthétiser que des mini-bouts petit à petit puisque le fragment se "révèle" à chaque fois.

Expand  

(J'ai pas encore regardé la vidéo peut-être que j'aurais la réponse après)

Si j'ai bien compris du coup une 1ère DNApol III ajoute (par exemple) 10 bases puis la DNApol I termine la synthèse de cette partie et ligase intervient. Pdt ce tps la suite du brin est 'dévoilée' donc une autre DNApol III va venir faire le même boulot avec le nouveau fragment disponible. C'est bien ça ?

 

  On 12/24/2019 at 11:02 AM, Liliputienne said:

Oui il y a deux fourches chez les procaryotes (E.Coli dans e cours). Sur le brin avancé c'est uniquement la DNA pol III. Sur le brin retardé DNA pol III et DNA pol I qui agissent. Je ne sais pas si c'est ça ta question 

Expand  

Oui entre autre (haha dsl la formulation était pas géniale). Chez les eucaryotes il y a 2 fourches aussi ?

 

  On 12/24/2019 at 11:02 AM, Liliputienne said:

Cependant si une question porte dessus, ce sera uniquement cette phrase (ou une variante à quelque chose près) qui ressortira.

Expand  

Je visualise pas comment les 2 DNApol III avancent dans le même sens en fait. J'ai compris que la forme de l'ADN le permet mais spatialement j'ai du mal à me le représenter.

 

  On 12/24/2019 at 11:02 AM, Liliputienne said:

5 - DNA pol I et DNA pol III ont la fonction Proof Reading (3'-5' exonucléasique). La DNA pol I est la seule à avoir la fonction 5'-3' exonucléasique (qui sert lors de la réparation notamment). 

Expand  

C'est valable également pour les eucaryotes ça ?

 

  On 12/24/2019 at 11:02 AM, Liliputienne said:

DNA pol I et DNA pol III ont la fonction Proof Reading (3'-5' exonucléasique)

Expand  

Cela a certainement été dit en cours mais font-elles pour corriger ? Elles enlèvent la partie pas bonne et resynthétisent à partir du brin complémentaire (ça c'est ok à moins que je vienne de dire une bêtise) mais en fait elles repassent dans le sens inverse une fois qu'elles ont fini la synthèse du brin complémentaire ?

 

Vraiment merci bcp @Liliputienne, bon courage à toi aussi !

[Liliputienne]

Zérepartiii !

 

1- Hmmm non pas vraiment. Regarde ce que je t'ai envoyé, parce que je peux te pondre un pavé, mais ça sera vraiment indigeste en comparaison à une vidéo. Maintenant si après l'avoir vu ça reste flou, on fera un récaaap 

 

2 - Pour les eucaryotes c'est plus compliqué (sinon c'est pas drôle). Tu as plusieurs origines de réplications mais 2 fourches par origines. Donc on ne peut pas vraiment dire qu'il y ait uniquement 2 fourches. Il y a 2 fourches par origine, avec de multiples origines.  

 

3 - Le système de couplage permet d'enrouler "dans l'autre sens" (c'est pas fameux comme formulation mais c'est grosso modo ça l'idée). Mais vraiment, te prends pas le chou avec ça, retiens sa phrase de façon bête et méchante. Il te demandera jamais comment ça se passe dans le système de couplage !

(Après si tu veux vraiment comprendre sûrement que @Moumou ou @Lilette pourront plus t'aider pour le fonctionnement du système de couplage) 

 

4 - Les DNApol I et DNA pol III c'est uniquement chez E.Coli 

 

  On 12/24/2019 at 12:02 PM, OxyGenS said:

Cela a certainement été dit en cours mais font-elles pour corriger ? Elles enlèvent la partie pas bonne et resynthétisent à partir du brin complémentaire (ça c'est ok à moins que je vienne de dire une bêtise) mais en fait elles repassent dans le sens inverse une fois qu'elles ont fini la synthèse du brin complémentaire ?

Expand  

La DNApol III n'a que la fonction 3'-5' exonuclésique (Proof Reading) : c'est à dire qu'elle va synthétiser le complémentaire du brin matrice. Si elle voit que ça ne correspond pas, elle enlève simplement la dernière base, et elle continue ainsi. 

 

La DNA pol I effectue la même chose avec sa fonction Proof Reading. Maintenant pour la réparation, il ne me semble pas qu'on l'aborde (ou en tout cas je maitrise pas assez le sujet). Donc encore une fois si nos RM passent par là, elles pourront sûrement être plus aidantes 

 

Voili voilouuu, bonne soirée, j'espère que c'est un peu mieux pour toi !

 

[OxyGenS]

C'est bon j'ai capté !!

Merci bcp @Liliputienne et bon courage

[Lilette]

Coucou!

Effectivement il ne donne pas beaucoup de détails sur le système de couplage. En fait c'est juste que le brin retardé fait une boucle pour que les 2 ADN polymérases puissent avancer dans le même sens en même temps (ça économise de l'énergie).

Bon courage et joyeux noël

[OxyGenS]

Merci @Lilette

Joyeux Noël à toi aussi !