Questions poly M.Salvayre

[OxyGenS]

Bonjour,

 

- la PRPP au niv moléculaire, c'est quoi ? Un ribose et 3 phosphates ?

- pq le Tm diminue lorsqu'il y a des misappariements svp ?

- (attention tenez vous bien) vous pouvez me redire ce qu'est le DNA non génique (j'ai un doute) ? ^^

- diap 36 : je crois que je n'ai pas bien compris le mécanisme de réutilisation des bases puriques --> Pu-RP c'est par exemple AMP et PPi ce sont les phosphates et ?

 

Merci

[SJr]

  On 12/20/2019 at 9:48 AM, OxyGenS said:

DNA non génique

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c'est ni un intron ni un exon par exemple une séquence Alu 

 

 

  On 12/20/2019 at 9:48 AM, OxyGenS said:

la PRPP au niv moléculaire, c'est quoi ? Un ribose et 3 phosphates ?

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tu prends un NDP, tu coupe la base azotée, tu lui mets un photphate ça fait un PRPP et le mécanisme non montré fait des base purines mais aussi des pyrimidines, c'est comme ça que la cellule synthétise le DNA de novo mais y'a un apport amimentaire aussi peut être ?? quand tu mange des prot des trucs comme ça tu manges des cellules tu manges le noyau tu manges le DNA ça doit participer à ce truc là je pense 

 

 

  On 12/20/2019 at 9:48 AM, OxyGenS said:

pq le Tm diminue lorsqu'il y a des misappariements svp ?

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ça c'est excellent en fait on a vu deux cas pour répondre à cette question, ou la stat de Maxwell Boltzmann en UE3  ou alors les liaisons hydrogènes en UE1 et leur rapport avec la température d'ébullition ou de fusion selon quantité et intra ou inter moléculaire (viguerie)

 

en fait la bonne réponse c'est surement un mix des deux concepts, mais à mon avis c'est pas facile à comprendre ce truc ...

voici une piste via UE3 Lagarde 

 

bon appariement =>stable => énergie interne du système à une certaine valeur

mauvais appariement => instable, perturbation => augmentation du désordre => comment faire pour rétablir l'équilibre ? il faut diminuer l'énergie libre ?

statistique de maxwell boltzmann => vu que tu as des missapariment plus énergétique qui augmente on en déduit des truc qui doivent se passer et globalement ça doit diminuer la melting température 

 

mais bon ...

Edited December 20, 2019 by SJr

[OxyGenS]

  On 12/20/2019 at 11:29 AM, SJr said:

c'est ni un intron ni un exon

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C'est les zones non transcrites (intergéniques) ?

 

  On 12/20/2019 at 11:29 AM, SJr said:

tu prends un NDP, tu coupe la base azotée, tu lui mets un photphate ça fait un PRPP

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Ok merci

 

  On 12/20/2019 at 11:29 AM, SJr said:

les liaisons hydrogènes en UE1 et leur rapport avec la température d'ébullition ou de fusion selon quantité et intra ou inter moléculaire (viguerie)

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J'ai compris merci

 

  On 12/20/2019 at 9:48 AM, OxyGenS said:

diap 36 : je crois que je n'ai pas bien compris le mécanisme de réutilisation des bases puriques --> Pu-RP c'est par exemple AMP et PPi ce sont les phosphates et ?

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Tu as la réponse à celle-ci stp ?

[SJr]

"C'est les zones non transcrites (intergéniques) ?"

 

Certainement pas un intron est non transcrit, pourtant il est génique, cf. Editing apoB100 apob48 

 

 

 

Pour les alpha beta gamma faut visualiser la molécule tu prends ton ribose tu lui mets 3 phosphate bien liés en anhydre dacide*, on a donc DEUX liaisons anhydres d'acide et 3 Phosphate 

 

Faut comprendre que le phosphate sur une base il reste souvent comme tel la plus petite structure c'est NMP

 

La plus grosse et la plus instable c'est NTP dont les super stars sont ATP et GTP 

Pu-rp ca veut dire purine ribophosphate donc oui tu as très bien compris  le phénomène 

Pourquoi R-P ? Parce que je pense que la cellule elle utilise rarement des acide nucleiques qui sont pas phosphaté au minimum par au moins 1 phosphate 

L'exemple qui vient en tête c'est le AMPc on voit bien dans le cytoplasme que même là dedans (donc différent du noyau) un acide nucleiques qui n'est pas lié a la prod d'énergie mais a l'info est tout de même phosphaté au minimum

La raison est sans doute thermodynamique

 

 

*Comme tous les biochimistes/genomiste le Pr Salvayre n'est pas très rigoureux du point de vue de la nomenclature internationale des chimiste en fait il faudrait dire liaison Phosphate anhydrides d'acide ou quelque chose comme ça mais bon peu importe le tout c'est de se comprendre et ce qu'il faut retenir c'est le caractère ++++++ énergétique

 

 

Edited December 20, 2019 by SJr

[OxyGenS]

@SJr Merci pour ta réponse dvpée.

Encore une petite question : peut-on dire que le DNA non génique correspond aux régions régulatrices alors ?

[SJr]

Entre autre oui mais tu vois, les gènes ancestraux de la globine ils sont pas régulateurs pas géniques pour autant mais je sais plus si on les considère pseudogene ou quoi ou qu'est-ce  ?

 

Cependant les zone regulatrices c'est ambigu parce que tu peux avoir des enhancer après le promoteur donc je sais pa

[OxyGenS]

Ok merci. Peut-être qu'un tuteur/RM pourra nous en dire plus...

[liza]

Salut ! 

Pour les gènes de la globine, ils sont situés sur les chromosomes 11 et 16 chez l'homme et sur ces chromosomes on retrouve aussi des pseudo-gènes appartenant à la famille de la globine. 

Ensuite les zones régulatrices appartiennent à l'ADN non génique mais elles ne le constituent pas entièrement, puisqu'on retrouve aussi dans l'ADN non génique, les pseudogènes. 

C'est plus clair ?  

[OxyGenS]

  On 12/20/2019 at 9:53 PM, liza said:

Ensuite les zones régulatrices appartiennent à l'ADN non génique mais elles ne le constituent pas entièrement, puisqu'on retrouve aussi dans l'ADN non génique, les pseudogènes. 

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Ok merci