Séquences palindromiques

[jaimelespates]

Bonjour dans un qcm on me dit que cette séquence est palindromique:

5'...ACCCGGT...3'

3'...TGGGCCA...5'

Mais je ne comprends pas, pour moi elle aurait été palindromique si on avait eu 3'...TGGCCCA...5'

Du coup je veux bien qu'on m'explique! Mercii

[CamPsille]

Salut! 

Est-ce que tu aurais la photo? 

C'est un qcm du poly d'annales? Du tutorat?

[Moumou]

Salut @jaimelespates,

Pour moi, les deux séquences (3' TGGGCCA 5' et 3' TGGCCCA 5') sont des séquences palindromiques avec un nombre de bases impair (donc on ne se préoccupe pas de la base du centre). Sauf que là, dans ton QCM on dirait qu'on te donne déjà une séquence palindromique qui est 3' ACCCGGT 5' donc la séquence en 3' 5' sera son complémentaire (3' TGGGCCA 5' du coup).

Une séquence palindromique est une séquence particulière qui est identique sur les deux brins. Là tu vois que dans ton énoncé on te dit 3' TGGGCCA 5', si tu le retourne en 5'3' ça te donne 5' ACCGGGT 3' soit exactement la séquence juste au dessus. Avec la séquence que tu proposes on aurait eu 5' ACCCGGT 3' qui est donc différente de la séquence du dessus mais qui reste une séquence palindromique, ce n'est juste pas la même que celle de l'énoncé. 

Je sais pas si c'est très clair mais si jamais avec le QCM sous les yeux ce serait peut être plus facile à comprendre.

[jaimelespates]

voilà le qcm:

QCM  15  :  SexAI  est  une  enzyme  de  restriction  de  classe  II  (qui  existe  pour  de  vrai  et  qui  a  un   joli  nom,  c’est  vrai  !)  qui  reconnaît  une  séquence  de  type  palindromique  de  sept  paires  de  bases  (uniquement)  et  induit  une  coupure  entre  le  premier  et  le  deuxième  nucléotide  de  la  séquence.  Après   coupure   sur   une   séquence   d’ADN,   on   retrouve   entre   autre   le   fragment   suivant   : 5’…A 
 3’…TGGACC   D’après  ces  informations  et  vos  connaissances  sur  les  enzymes  de  restriction,  quelle(s)             séquence(s)  parmi  les  suivantes  ne  pourra(ont),  selon  toute  hypothèse,  en  aucun  cas  être   reconnue(s)   et   coupée(s)   par   l’enzyme   SexAI   : 
 A.   5’…ACCTGGA…3’   3’…TGGACCT…5’

B.   5’…ACCAGGT…3’  3’…TGGTCCA…5’

C.   5’…ACCCGGT…3’   3’…TGGGCCA...5’ 

 D.   5’…CCTGG…3’      3’…GGACC…5’  

 E.   5’…ACCXGGT…3’      3’…TGGYCCA…5’

(où   
 X   représente   une   base 
parmi   A,C,T,G   et   Y   sa   base 
   complémentaire) 

il y a 19 minutes, Moumou a dit :

Salut @jaimelespates,

Pour moi, les deux séquences (3' TGGGCCA 5' et 3' TGGCCCA 5') sont des séquences palindromiques avec un nombre de bases impair (donc on ne se préoccupe pas de la base du centre). Sauf que là, dans ton QCM on dirait qu'on te donne déjà une séquence palindromique qui est 3' ACCCGGT 5' donc la séquence en 3' 5' sera son complémentaire (3' TGGGCCA 5' du coup).

Une séquence palindromique est une séquence particulière qui est identique sur les deux brins. Là tu vois que dans ton énoncé on te dit 3' TGGGCCA 5', si tu le retourne en 5'3' ça te donne 5' ACCGGGT 3' soit exactement la séquence juste au dessus. Avec la séquence que tu proposes on aurait eu 5' ACCCGGT 3' qui est donc différente de la séquence du dessus mais qui reste une séquence palindromique, ce n'est juste pas la même que celle de l'énoncé. 

Je sais pas si c'est très clair mais si jamais avec le QCM sous les yeux ce serait peut être plus facile à comprendre.

Merci mais je n'ai pas compris la deuxième partie de ton explication… Pourrais-tu me réexpliquer?

[Moumou]

Il y a 1 heure, jaimelespates a dit :

Merci mais je n'ai pas compris la deuxième partie de ton explication… Pourrais-tu me réexpliquer?

 

Dans mon cours j'ai écrit ça :

Les séquences reconnues = séquence palindromiques (séquences identiques dans les deux sens => de 5’ à 3’ on lit la même chose sur les deux brins complémentaires)
En cas de palindrome en nombre impair, la base du milieu compte pas.
Il existe aussi des palindromes dans des palindromes.

En gros, ça veut dire que quand tu prends un brin et son complémentaire et que les mets dans le même sens (Soit tous les deux dans le sens 5'3' soit dans le sens 3'5', peu importe c'est juste pour vérifier la séquence), si tu te trouves face à une séquence palindromique, les séquences seront exactement les mêmes sur les deux brins. 
Ici par exemple, tu trouve dans ton exercice que la séquence palindromique c'est : 

5' A|CCTGGT 3'

3' TGGACC|A 5'

Si la deuxième séquence (3' TGGACC|A 5') tu la mets en 5'3' tu trouves 5' A|CCTGGT 3' soit exactement la même séquence que l'autre brin.

 

Après pour revenir à l'exercice, la base du milieu (5' A|CCTGGT 3')importe peu car on est sur un palindrome impair.

 

[jaimelespates]

@Moumou D'accord merci!