TD Génome 6

[Lubrachka]

Bonsoir ! Pouvez-vous m'aider sur ces quelques petits points que je ne comprends pas concernant le TD de génome 6 : 

6) E) Vrai -> Est-ce que c'est bien parce que s'il y a la mutation, on aura pas le produit de PCR? 

 

12) E/ L’absence de produits d’amplification peut traduire la présence d’une mutation ponctuelle dans l’exon 3

Faux -> Alors là je ne comprends pas parce que on peut avoir une mutation non-sens qui est une mutation ponctuelle dans l'exon 3 et on aura pas de produits d'amplification...

16) E/ Le résultat obtenu lors du second test pourrait être amélioré en réalisant une deuxième PCR (successive) avec le couples d’amorces n°3 -> Vrai 

On est pas censé prendre des amorces qui s'hybrident un peu avant la séquence à amplifier pour avoir l'amplification totale du fragment ? 

[Benoiiit]

Salut, 

6) E/ est vrai car la PCR s'effectue sur de l'ADN génomique et que l'excision de l'intron avec l'exon en cas de mutation ponctuelle se ferait lors de l’épissage

12)E/ C'est faux car une mutation ponctuelle en dehors des zones d'hybridation des amorces ou sans conséquences précisé dans l’énoncé n'affecte pas la RT-PCR. Il n'est pas question de mutation non sens car dans une PCR c'est de la réplication et non de la traduction. . 

16)E/ Tu as à faire la à une amplification parasite, du coup pour éviter cette amplification parasite tu peux sois augmenter la stringence en augmentant la température et baissant la concentration en sel ou alors réalisé une PCR niché ( ce qui t'es proposé dans l'item)

 

 

[Liliputienne]

  On 11/27/2019 at 8:07 PM, Lubrachka said:

6) E) Vrai -> Est-ce que c'est bien parce que s'il y a la mutation, on aura pas le produit de PCR? 

Expand  

C'est vrai parce qu'en PCR tu analyses le DNA ; or une mutation n'influence pas la taille du DNA (et heureusement !). Tu pourras donc voir la séquence mutée sur une taille analogue à une séquence non mutée. 

 

  On 11/27/2019 at 8:07 PM, Lubrachka said:

12) E/ L’absence de produits d’amplification peut traduire la présence d’une mutation ponctuelle dans l’exon 3

Faux -> Alors là je ne comprends pas parce que on peut avoir une mutation non-sens qui est une mutation ponctuelle dans l'exon 3 et on aura pas de produits d'amplification...

Expand  

Si tu n'as pas de produit d'amplification cela veut dire que tes amorces ne se sont pas hybridées (donc que tu as un soucis soit sur l'exon 1 ou 5). Si tu as une mutation dans l'exon 3 tu aurais quand même des produits.

 

  On 11/27/2019 at 8:07 PM, Lubrachka said:

16) E/ Le résultat obtenu lors du second test pourrait être amélioré en réalisant une deuxième PCR (successive) avec le couples d’amorces n°3 -> Vrai 

On est pas censé prendre des amorces qui s'hybrident un peu avant la séquence à amplifier pour avoir l'amplification totale du fragment ? 

Expand  

Ici c'est le principe de la PCR nichée, c'est à dire que pour spécifier un peu plus ton produit (parce que tu as des amplifications parasites par exemple) tu vas utiliser des amorces qui s'hybrident un peu plus à l'intérieur de ton couple d'amorce initial. 

 

Est-ce que tu veux que j'approfondisse certains points ou c'est tout bon ?  

[Lubrachka]

  On 11/27/2019 at 8:31 PM, Liliputienne said:

C'est vrai parce qu'en PCR tu analyses le DNA ; or une mutation n'influence pas la taille du DNA (et heureusement !). Tu pourras donc voir la séquence mutée sur une taille analogue à une séquence non mutée.

Expand  

Merci @Liliputienne pour tes réponses! Ah oui c'est vrai merci

 

  On 11/27/2019 at 8:31 PM, Liliputienne said:

Si tu n'as pas de produit d'amplification cela veut dire que tes amorces ne se sont pas hybridées (donc que tu as un soucis soit sur l'exon 1 ou 5). Si tu as une mutation dans l'exon 3 tu aurais quand même des produits.

Expand  

Je suis d'accord avec toi mais ce qui me pose problème c'est que si on a apparition d'un codon stop, on aura pas d'exon 3 et tout ce qui suit après donc on aura pas de produits... 

 

  On 11/27/2019 at 8:31 PM, Liliputienne said:

Ici c'est le principe de la PCR nichée, c'est à dire que pour spécifier un peu plus ton produit (parce que tu as des amplifications parasites par exemple) tu vas utiliser des amorces qui s'hybrident un peu plus à l'intérieur de ton couple d'amorce initial. 

Expand  

Ah oui en fait j'avais mal compris l'item.. 

  On 11/27/2019 at 8:27 PM, Benoiiit said:

12)E/ C'est faux car une mutation ponctuelle en dehors des zones d'hybridation des amorces ou sans conséquences précisé dans l’énoncé n'affecte pas la RT-PCR. Il n'est pas question de mutation non sens car dans une PCR c'est de la réplication et non de la traduction. . 

Expand  

Oooook merci @Benoiiit!! Dsl j'avais pas vu ta réponse !

[SJr]

coucou tlm je vous tag j'ai une question sur la RT pcr 

 

@Liliputienne

@Moumou et Alce aussi mais j'ai oublié son pseudo 

 

j'ai repéré certaines annales/Td je sais plus où en fait des fois faut enlever l'amorce à la fin d'une RTPCR par exemple on a une amorce de 20 pb, sur un exon de 120 on a donc à la fin un 120-10 mais des fois c'est le cas des fois non, je crois que le Pr Langin aime ce genre de détail mais pas le Pr Levade du coup est ce qu'il y a une règle systèmatique ou alors il faut "sentir le QCM" parce que je trouve que des fois c'est ambigu si c'est 100pb PILE ET PRECIS ou alors environ 100pb

 

edit question précise: Quand faut-il soustraire l'amorce au résultat de la RT PCR ?

 

gros bisous j'vous kif les filles 

Edited November 27, 2019 by SJr
edit précision (comme une PCR niché mdr mdr mdr lolz)

[Moumou]

  On 11/27/2019 at 9:50 PM, SJr said:

coucou tlm je vous tag j'ai une question sur la RT pcr 

 

@Liliputienne

@Moumou et Alce aussi mais j'ai oublié son pseudo 

 

j'ai repéré certaines annales/Td je sais plus où en fait des fois faut enlever l'amorce à la fin d'une RTPCR par exemple on a une amorce de 20 pb, sur un exon de 120 on a donc à la fin un 120-10 mais des fois c'est le cas des fois non, je crois que le Pr Langin aime ce genre de détail mais pas le Pr Levade du coup est ce qu'il y a une règle systèmatique ou alors il faut "sentir le QCM" parce que je trouve que des fois c'est ambigu si c'est 100pb PILE ET PRECIS ou alors environ 100pb

 

edit question précise: Quand faut-il soustraire l'amorce au résultat de la RT PCR ?

 

gros bisous j'vous kif les filles 

Expand  

 

Salut,  le pseudo d'Alice c'est @Lilette si jamais tu en as besoin.

Pour moi tu ne dois pas supprimer les amorces parce que lors de ta PCR ou RT-PCR elles ont participé à la synthèse du brin donc la séquence a "intégré" l'amorce.

J'ai jamais fait attention à ce que faisait Mr Langin par rapport à ça (ou en tout cas ça ne m'a pas marqué) mais je ne pense pas qu'il y ait de piège.

Si on te montre un exon de 100p, qu'une de tes amorces s'hybride avec le début et l'autre avec la fin de l'exon ne te prends pas la tête, considère que ça doit faire 100pb (que ce soit environ ou pile poil peut importe, il faut juste que tu puisses faire la différence entre cet exon et un autre élément) 

Par exemple si tu es sur une PCR avec 2 couples d'amorces : a/b (hybridation avec la fin de l'intron 2 et le début de l'intron 3) et c/d (début et fin de l'exon situé entre l'intron 2 et 3). Les amplicons avec le premier couple seront plus longs que ceux obtenus avec le deuxième couple mais si on ne te précise pas les tailles exactes des amorces, des exons,... tu ne pourras pas connaître pile poil la taille des amplicons de toi même.

Fin c'est pas des choses sur lesquelles les professeurs s'attardent trop en QCM, ne te prends pas la tête tqt !

 

Bon courage 

[Lilette]

Coucou @SJr!

Je suis assez d'accord avec @Moumou, je rajouterai juste qu'il arrive que parfois on te demande une taille exacte d'un amplicon et que les amorces soient un peu à l'extérieur de l'exon ou de l'intron comme dans le schéma en dessous (c'est moi qui l'ai fait c'est pas une annale):

 

Et dans ce cas on peut te dire que l'amplicon fait aux alentours de 140-150pb parce qu'il y a les séquences des amorces qui font une vingtaine de paires de base chacune.

Mais dans tous les cas non on ne soustrait pas la taille des amorces car elles font partie de l'amplification puisqu'elles marquent son débuté sa fin (tu amplifies ce qu'il y a entre les amorces).

 

Voilà j'espère que ça t'éclaire, bon courage! 

[SJr]

oh yeah merci grosse bises et bon courage pour vos partiels