Blocage de l'elongation de l'ADN

[Mpi]

Bonjour , j'aurais des questions sur le cours de Génome concernant l'elongation de l'ADN

 

Tout d'abord est-ce qu'une élongation ne concerne que l'ADN ou ça concerne aussi l'ARN ? Et une élongation par exemple de l'ADN c'est le fait d'incorporer dans l'ADN des desoxyribonucleiques ?

Dans le cours sur la structure de l'ADN la diapositive 31 , le professeur nous dit que l'elongation de l'ADN dans cette séquence est bloquer car on la presence d'un Hydrogène mais avant il nous avait dit que l'elongation se bloque lors qu'il y'a absence du groupement OH en 3' alors pourquoi ici dans cette séquence d'ADN elle est bloqué et cette Hydrogène qui bloque l'elongation elle est situé sur quel groupement ? Sur cette diapositive est-ce que le nom des molecules est correct soit : dTMP , dCMP , ATP

Ensuite je comprends pas trop non plus la lecture de l'ADN (sur la diapositive 32)  il est dit que l'ADN est orienté de l'extrémité 5' toujours phosphorylée vers le extrémité 3' non phosphorilé je vois pas ce que ça veut dire.

 

Ps : J'ai mis les diapositives en pièce jointe

Ah j'allais aussi oublier une liaison ester monophosphorique se fait en génerale qu'avec l'Alcool situé en 5' non ? Est-il possible d'avoir deux liaisons ester diphosphorique ?

[GeorgeR]

Salut, en effet le terme d'élongation n'est pas réserve à l'ADN. Si tu veux on parle d'élongation parce qu’on rallonge le brin/amorce dans le sens 5'->3' en utilisant une matrice, ceci est valide qu'on utilise des ribonucléotides (élongation de l'ARN) ou des désoxyribonucléotides (élongation de l'ADN).

Par contre à propos du diapo 31 je ne vois pas en quoi l'élongation serait bloqué, en effet il faut la perte de la fonction OH en 3'.. 
Et pour le nom des "molécules" c'est bien ça, même si on ne parle pas vraiment de molécule car l'ADN est une molécule. 

Pour ce qui est de la lecture du diapo 32 je ne comprends pas trop ou tu as du mal.. Aufet c'est comme la diapo 31 mais schématisé puis tourné à - 90°. L'extrémité 5' est bien phosphorylée, et l'extrémité 3' est non phosphorylée avec son extrémité OH libre donc prêt à être élongé par la DNApol à condition qu'il existe une matrice.  

J'ai pas super bien compris ce que tu veux dire à la fin, mais je pense que tu fais référence à la liaison phosphodiester (on ne parle pas de liaison ester di-phosphorique), soit une liaison ester monophosphate 3'-P et une P-5'. 

Good Luck

George

[Mpi]

Salut George ,  merci pour ta reponse!

 

Alors du coup pour la definition de l'élongation j'ai compris et je pense que concernant la diapositive 31 j'ai peut être fait une erreur (je le verifirais avec un ami si il a marqué la même chose , car ça me semblait aussi pas logique ce que j'avais marqué )

 

Pour la diapo 32 ce que je comprends c'est que quand on lit les brins d'ADN par exemple sur l'Adenine donc l'extrémité 5' elle est phosphorylé mais le 3' est aussi reliés à un Phosphate non ? Mais on la compte pas comme phosphorylée ? Et la dernière base T (à l'extremité 3') (toujours sur la diapositive 32) pourquoi on a le trait avec le groupement OH ?

 

Est-ce que parlé de liaison ester monophosphorique c'est la même chose que dire "liaison phosphomonoester"

 

Pour la fin c'est bien de ça que je parlais merci en tout cas pour ces petites précisions !

[GeorgeR]

Aufet pour bien comprendre il faut connaitre le processus (suce) de réplication. Ce sont des nucléotides tri-phosphates (on parle ici de dNTP pour désoxy) qui sont utilisés, par exemple : 

Ils sont rajoutés un par un au groupe OH en 3' du nucléotide précédant, en coupant la liaison entre le phosphate alpha (le plus à droite) et béta (celui du milieu).
On voit donc que le phosphate appartient à la base au nucléotide qui se situe après lui. D'ou la chaine commence par du phosphate et fini par du OH.. ça ne peut pas se faire autrement. 

Donc pour répondre à ta question, l'adénine en 5' est bien phosphorylé puis relié en 3' au nucléotide monophosphate (NMP) suivant, et le dernier NMP as son extrémité OH libre, non relié au NMP suivant. You see what I mean?   

Et liaison phosphomonoester j'ai jamais entendu ça, c'est original 
 

[Mpi]

D'accord ! Je comprends mieux! Du coup lors d'une elongation normale lors qu'on arrive au codant STOP le dernier OH celui de l'extémité 3' non phosphorylé va se faire transformé en H2O et ainsi arrêter la traduction ?

 

Phosphomonoester je l'ai appris lors de la pré-rentrée 

 

Ps ; Je viens de comprendre ta signature c'est pas mal hahah

[GeorgeR]

Ah, j'ai l'impression que tu confonds plusieurs choses, le terme de codon STOP s'applique pour la traduction des ARNm en protéines, soit UAG, UAA ou UGA.. Elle permet de virer la protéine à la fin de sa synthèse.

Par contre pour ce qui est la fin de l'élongation de l'ADN c'est plus compliqué, il y a 2 possibilités :

• Soit la fin se marque par le moment où 2 fourches de réplication se rencontrent. C'est surtout pour les procaryotes qui ont un ADN circulaire.
• Soit par un signal de terminaison de réplication, et ces signaux je saurais pas t'en dire plus, c'est obscur, compliqué et innutile pour la PACES (et pour tout les gens normaux j'imagine) 

Donc cet histoire de codon STOP je ne sais pas ce qu'il fait là   

Maintenant pour tes questions sur à quoi ressemble la fin d'une molécule d'ADN linéaire, c'est assez compliqué, c'est pas la DNApolymérase qui synthétise la fin, mais la télomérase qui synthétise des répétitions nucléotidiques non codantes (TTAGGG) qui ensuite se replient sur eux même pour former des complexes au bout des chromatides. Je pense que ça tu le veras quand même vers la fin des cours de génome ou alors en biocell peut-être. 

Pour cet histoire de 3'-OH qui se transforme en H2O je ne vois pas comment c'est possible.. A moins de lier un autre groupe phosphore et dans ce cas il libère du H2O par condensation. On parle de 3'-OH libre, il reste comme ça, tranquille, pépère. 

Bref, phosphomonoester j'aime pas et oui ma signature est magique   


PS : j'ai peut-être répondu à côté de la plaque, tu as dis des choses plutôt incohérents en parlant d'élongation pendant la traduction (donc ici ça serait l'élongation des protéines) puis en parlant d'OH et de P et ça c'est l'élongation pendant la réplication (donc pour l'ADN). Il faut vraiment maîtriser tout ces termes parce qu'on te piège là dessus, par exemple : 
La traduction de l'ADN permet de dupliquer l'information génétique? FAUX, c'est la réplication d'ADN qui permet ça. 
Si tu ne maîtrises pas ces termes à 100% tu risques de rapidement te faire piéger. 

[Mpi]

D'accord ! C'est noté , je vais faire rentrée tout ça de suite in my head!!!! Transcription = ADN en ARNm , Traduction = ARNm en Proteines !

 

Pour l'histoire du 3'-OH qui se transforme en molécules c'est moi qui ait un peu rien compris (mélange les termes effectivement )  , mais du coup tu as raison j'ai un peu melangé les termes et j'ai compris mon erreur (enfin je crois) . Pour la molecule d'eau ce que j'ai dans mon cours c'est que lors de la traduction (quand on passe de ARNm en Proteines) a un moment donnée on aura les codons Stop qui ne correspondent pas à des A.A  et à ce moment là on a ajout de H2O qui va stopper la traduction pour dire que la proteine fait la bonne taille .

 

Merci encore pour tes réponses!!!

[GeorgeR]

C'est bien ça, t'as tout compris maintenant C'est les RF (releasing factors / facteurs de terminaison) qui forcent le peptidyl-transferase de la grande sous unité du ribosome à utiliser une molécule d'eau pour faire l'hydrolyse du complexe peptide-ARNt, ce faisant il libère la prot. 

Mais ne t'inquiète pas, tu vas le revoir ça en plusieurs matières, dont la biocell (vol. 3 je pense).

 

Courage !
George

[Mpi]

Encore merci ! Bonne journée!

[Kaleyrah]

Je profite de ce sujet pour une question qui me taraude depuis quelques temps : qu'est-ce que l'hydrolyse ? Est-ce le phénomène qui fait que lors de la formation d'une liaison entre un phosphate ou un autre ou bien entre un ribose et une base aminée de l'eau est "relâchée" ?

[Mpi]

L'hydrolyse c'est me semble t-il (d'ailleurs j'en suis sure et certaine) c'est quand on rajoute une molecule d'H2O dans une autre molécule pour casser cette molécule enfin les liaisons de cette molécule. Pour la suite de ta phrase je te repondrais que non car lors d'une formation de liaison entre un P et un Ribose on a élimination d'une molécule d'H2O  par formation de la liason ester monophosphorique (dû au groupement OH qui a une fonction alcool et qui va rencontrer un H du P qui est un acide car "Un ester peut se faire entre un acide (fournissant -H) et un alcool (fournissant (-OH) avec élimination d’eau. C'est pas parce que t'as pas de fonction "-COOH" que c'est pas considéré comme un acide, au contraire ton phosphate en solution se note H₂PO₄^- c'est donc considéré comme un acide." par Mouton (dans un autre sujet) drôle de pseudo qui est plutôt marrant bref revenons à l'Hydrolyse) je crois que c'est la même chose entre deux P la difference est qu'on pas de liaison ester entre deux P mais plutot une liaison anhydride (car encore on a élimination d'une molécule H2O) donc on a pas d'hydrolyse lors d'une formation de liaison entre deux P ou un P avec un nucleoside.

 

Par contre tu auras une hydrolyse de la liaison anhydride phosphoriques d'un ATP (dans ce cas on casse la liaison entre deux P une liaison très énergetique en passant ) pour le transformé en ADP

 

Voilà si y'a un truc que t'a pas compris dis le moi ou peut-être que George saura mieux t'expliquer

 

Ps : On parle de liaison anhydride phosphoriques dans un ATP car les P pour se lier entrer eux on a élimation de molécule d'H2O. Et j'ai mais P pour phosphate ça va plus vite ainsi

[GeorgeR]

Là c'est pas trop du génome mais de la chimie : 

- Hydrolyse c'est quand tu casses une liaison avec une molécule d'eau.. OH part d'un coté, H de l'autre. 

- Condensation c'est quand tu formes une liaison en utilisant une molécule d'eau en prenant OH d'un coté et H de l'autre. 

Petit exemple : 


Tout ce qu'as dit Mpi est juste après, l'exemple d'hydrolyse aussi : ATP + H₂O --> ADP + Pi. 
C'est rien de bien compliqué une fois qu'on l'as compris! 

[Mpi]

Mon dieu c'est l'extase quand je comprends haha !